Tout d'abord, on a analysé la variabilité génétique de ces populations pour voir si les races locales avaient la diversité génétique suffisante pour avancer vers une maladie possible. Pour ce faire, les microsatélites – régions ADN aux caractéristiques spécifiques – ont été sélectionnées comme premier marqueur.
Les microsatellites sont également très utiles pour l'identification, de sorte qu'ils peuvent former une empreinte numérique pour chaque cheval. Ils servent donc à identifier le père et la mère avec une certitude égale ou supérieure à 90%.
Au total, 417 animaux ont été analysés : 147 pottokas, 163 chevaux de montagne du Pays Basque, 62 chevaux de Navarre et 45 chevaux d'Auritz. Deux races sont des chevaux de chair, lourds (le cheval de Navarre et celui d'Auritz/Burguete), et les deux autres sont légers.
Les résultats indiquent que les chevaux de viande sont mélangés avec des races étrangères pour être plus grandes, en particulier les mâles étrangers ont été utilisés pour couvrir les femelles. Ainsi, il semble que parmi nos courses il y a un gradient ; le pottoka est celui qui a eu le moins d'influence extérieure et le plus grand cheval d'Auritz.
D'autre part, on observe que les races basques sont plus variables que les autres dans le cas des microsatélites. Cela a une explication: les races autochtones sont généralement libres dans la brousse et sont plus les mâles qui couvrent chaque femelle, de sorte que la variabilité est plus élevée par rapport aux autres races.
Par la suite, les chercheurs ont choisi comme deuxième marqueur un SNP (changement de nucléotide unique) d'un gène lié à la morphologie des chevaux. Vu que ces quatre races de chevaux sont morphologiquement différentes, ils voulaient voir si cette différence génétique existait.
Selon les études, les pottokas présentent une certaine variation de ce SNP très rarement, alors qu'à mesure que l'effet extérieur augmente, cette variante est plus fréquente. Sur cette base, il est confirmé que dans ce cas, l'impact externe a été moindre.
Le marqueur final a été l'ADN mitochondrial, l'ADN qui n'est reçu que de sa mère. L'ADN mitochondrial a permis d'établir des relations phylogénétiques entre les quatre races analysées. En outre, l'ADN mitochondrial sert à établir sa relation et sa provenance avec d'autres populations de chevaux.
Quant aux résultats, les quatre races locales sont liées entre elles, notamment géographiquement liées: la pottoka avec le cheval de montagne du Pays Basque et le cheval de Navarre avec celui d'Auritz. En outre, ils ont vu qu'ils ont des liens avec d'autres pays européens et mondiaux, mais il existe encore de nombreux trous géographiques pour établir des relations phylogénétiques entre races équines européennes.
Et il ya des résultats frappants: une variante de l'ADN mitochondrial apparaît ici et seulement en Angleterre.
Par conséquent, de nombreuses données intéressantes et significatives ont été tirées de ces études. Il semble en outre qu'en Europe et, plus précisément, dans la péninsule ibérique, il reste encore beaucoup à enquêter sur la domestication des chevaux.