En primer lugar, se analizó la variabilidad genética de estas poblaciones para ver si las razas locales tenían la diversidad genética suficiente para avanzar ante una posible enfermedad. Para ello, se seleccionaron como primer marcador las microsatélites --regiones de ADN de características especificas-.
Las microsatélites son, además, muy útiles para la identificación, por lo que pueden formar una huella digital para cada caballo. Es decir, sirven para identificar al padre y a la madre con una certeza igual o superior al 90%.
Se analizaron un total de 417 animales: 147 pottokas, 163 caballos de montaña del País Vasco, 62 caballos de Navarra y 45 caballos de Auritz. Dos razas son caballos de carne, pesados (el caballo de Navarra y el de Auritz/Burguete), y las otras dos son ligeros.
Los resultados indican que los caballos de carne están mezclados con razas foráneas para ser más grandes, sobre todo se han utilizado machos foráneos para cubrir las hembras. Así, parece que entre nuestras razas hay un gradiente; el pottoka es el que menos influencia exterior ha tenido y el caballo de Auritz más grande.
Por otro lado, se observa que las razas vascas son más variables que las otras en el caso de las microsatélites. Esto tiene una explicación: las razas autóctonas suelen estar libres en el monte y son más los machos los que cubren a cada hembra, por lo que la variabilidad es mayor en comparación con otras razas.
Posteriormente, los investigadores eligieron como segundo marcador un SNP (cambio de nucleótido único) de un gen relacionado con la morfología de los caballos. A la vista de que estas cuatro razas de caballos son morfológicamente diferentes, querían ver si existía esa diferencia genética.
Según los estudios, las pottokas presentan una determinada variación de este SNP en muy pocas ocasiones, mientras que a medida que aumenta el efecto exterior, esta variante es más frecuente. En base a ello, se confirma que en este caso el impacto externo ha sido menor.
El marcador final ha sido el ADN mitocondrial, el ADN que sólo se recibe de su madre. El ADN mitocondrial ha permitido establecer relaciones filogenéticas entre las cuatro razas analizadas. Además, el ADN mitocondrial sirve para establecer su relación y procedencia con otras poblaciones de caballos.
En cuanto a los resultados, las cuatro razas locales se relacionan entre sí, especialmente relacionadas geográficamente: la pottoka con el caballo de monte del País Vasco y el caballo de Navarra con el de Auritz. Además, han visto que tienen relación con otros países europeos y mundiales, pero todavía existen muchos huecos geográficos para establecer relaciones filogenéticas entre razas equinas europeas.
Y hay resultados llamativos: una variante del ADN mitocondrial aparece aquí y sólo en Inglaterra.
Por tanto, se han extraído de estos estudios muchos datos interesantes y significativos. Parece, además, que en Europa y, más concretamente, en la península ibérica, todavía queda mucho por investigar sobre la domesticación de caballos.