En primer lloc, es va analitzar la variabilitat genètica d'aquestes poblacions per a veure si les races locals tenien la diversitat genètica suficient per a avançar davant una possible malaltia. Per a això, es van seleccionar com a primer marcador les microsatèl·lits --regions d'ADN de característiques especifiques-.
Les microsatèl·lits són, a més, molt útils per a la identificació, per la qual cosa poden formar una empremta digital per a cada cavall. És a dir, serveixen per a identificar al pare i a la mare amb una certesa igual o superior al 90%.
Es van analitzar un total de 417 animals: 147 pottokas, 163 cavalls de muntanya del País Basc, 62 cavalls de Navarra i 45 cavalls d'Auritz. Dues races són cavalls de carn, pesats (el cavall de Navarra i el d'Auritz/Burguete), i les altres dues són lleugers.
Els resultats indiquen que els cavalls de carn estan barrejats amb races foranes per a ser més grans, sobretot s'han utilitzat mascles forans per a cobrir les femelles. Així, sembla que entre les nostres races hi ha un gradient; el pottoka és el que menys influència exterior ha tingut i el cavall d'Auritz més gran.
D'altra banda, s'observa que les races basques són més variables que les altres en el cas de les microsatèl·lits. Això té una explicació: les races autòctones solen estar lliures en la muntanya i són més els mascles els que cobreixen a cada femella, per la qual cosa la variabilitat és major en comparació amb altres races.
Posteriorment, els investigadors van triar com a segon marcador un SNP (canvi de nucleòtid únic) d'un gen relacionat amb la morfologia dels cavalls. A la vista que aquestes quatre races de cavalls són morfològicament diferents, volien veure si existia aquesta diferència genètica.
Segons els estudis, les pottokas presenten una determinada variació d'aquest SNP en molt poques ocasions, mentre que a mesura que augmenta l'efecte exterior, aquesta variant és més freqüent. Sobre la base d'això, es confirma que en aquest cas l'impacte extern ha estat menor.
El marcador final ha estat l'ADN mitocondrial, l'ADN que només es rep de la seva mare. L'ADN mitocondrial ha permès establir relacions filogenètiques entre les quatre races analitzades. A més, l'ADN mitocondrial serveix per a establir la seva relació i procedència amb altres poblacions de cavalls.
Quant als resultats, les quatre races locals es relacionen entre si, especialment relacionades geogràficament: la pottoka amb el cavall de muntanya del País Basc i el cavall de Navarra amb el d'Auritz. A més, han vist que tenen relació amb altres països europeus i mundials, però encara existeixen molts buits geogràfics per a establir relacions filogenètiques entre races equines europees.
I hi ha resultats cridaners: una variant de l'ADN mitocondrial apareix aquí i només a Anglaterra.
Per tant, s'han extret d'aquests estudis molts dades interessants i significatives. Sembla, a més, que a Europa i, més concretament, en la península ibèrica, encara queda molt per investigar sobre la domesticació de cavalls.