Analyse continue de la ribonucléase A
Xabier Lopez de la faculté de chimie de l'UPV a été immergé dans un projet depuis 5 ans. Il est récemment retourné à la faculté de chimie de Saint-Sébastien pour poursuivre la recherche. Nous avons eu l'occasion de parler avec lui et son ancien professeur Jesús Ugalde sur ce projet qui traite de la question des protéines.
Les protéines, les enzymes, sont les catalyseurs des réactions. Sa fonction d'agent de réaction est directement liée aux maladies. Par conséquent, en comprenant comment ils travaillent, il est possible d'éviter ou de freiner ces maladies.
Xabier travaille avec l'enzyme A ribonucléase (A RNasa). Le rôle de cette importante enzyme est de briser la chaîne aérienne. Le transmetteur d'information génétique, ARN, est divisé en nucléotides une fois utilisé. Pour ce faire, A RNasa coupe la chaîne aérienne.
Bien que la structure de la ribonucléase A ait été connue il y a 30 ans, ils n'ont pas encore trouvé la clé de son fonctionnement. Sur ce chemin, la découverte du génome humain a été une étape, mais ce qui suit est de savoir ce qui se passe avec cette séquence. “From the secuence to the conséquence”, de la séquence à la conclusion.
Dans le cas de A RNasa est encore connue la structure cristalline, la structure statique. «Nous ne savons pas comment il bouge, ni quelle structure il a quand il travaille», affirme Xabier.
Méthodes d'étude
Toutes ces protéines sont analysées par spectroscopie ou méthode RMN. La méthode RMN connue sert uniquement à l'étude des petites protéines. La spectroscopie par diffraction des rayons X ne peut étudier que la structure cristalline. Pour connaître le comportement des protéines en mouvement, il faudrait une spectroscopie très rapide, capable de prendre un grand nombre de photos en peu de temps. Malheureusement, malgré les progrès réalisés, cette technique n'est pas actuellement développée.
Ce processus, qui commence expérimentalement, analyse toutes les étapes de la réaction, en considérant la géométrie et les niveaux énergétiques des protéines. D'autre part, théoriquement, se pose l'équation de l'énergie en fonction des voies de réaction possibles. Il s'agit d'un processus qui n'est pas parfait, plusieurs hypothèses sont faites et à la fin on vérifie si ces propriétés ont été remplies ou non. Ainsi, les résultats de la partie expérimentale et théorique coïncident sur un “feedback”.
Ce projet, qui combine instinct chimique, physique et informatique, aura certainement un long suivi.
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