Mientras en sus orillas se acumulaban gruesos depósitos detríticos, en el centro se fueron formando capas de evaporitas debido a las características de los medios sedimentarios salinos. Durante el Mioceno, cuando el río Ebro perforó la sierra costera catalana, este gran lago se vació, quedando pequeñas lagunas y lagunas endorreicas en depresiones sin drenaje natural.
Este es el origen de numerosos humedales endorreicos situados en la depresión del Ebro. Sin embargo, hay otros que se han formado más tarde como consecuencia del desgaste de materiales blandos que duros.
Son lagunas circulares o elípticas de aguas salinas someras. Las márgenes son de suave pendiente y a nivel del agua el talud está rebajado. Debido a que estos sistemas endorreicos son poco profundos, en la columna de agua no se produce un proceso de estratificación y una pequeña racha de viento es suficiente para mezclar toda la masa de agua. En cierta medida, puede decirse que las características de las márgenes se extienden a toda la superficie del humedal, ya que no existen zonas pelágicas bien diferenciadas (zona de aguas abiertas) ni zonas bentónicas (fondos profundos y poco luminosas).
Estas charcas descansan sobre sustratos formados por areniscas, arcillas y lodos impermeables, que normalmente se rellenan con agua de escorrentía y son estacionales, es decir, se rellenan con agua de lluvia invernal, pero en verano, al evaporarse el agua, se vacían. El agua es transparente y muy mineralizada, ya que antes de llegar a las charcas el agua de lluvia limpia el sustrato con abundante sal. En verano, debido a la aridez de estas regiones, el agua se evapora, entonces las sales se acumulan en costras blancas y la zona de las charcas adquiere un llamativo color blanco.
Las fluctuaciones del citado nivel de agua y la elevada salinidad del sustrato son condiciones insostenibles para la mayoría de los seres vivos. Sin embargo, pocas especies se han adaptado a vivir en estas duras condiciones de vida. Debido a las sorprendentes adaptaciones fisiológicas y morfológicas que han desarrollado estas especies para poder vivir en estos medios salinos, se considera que son especies de alto valor ecológico. Desgraciadamente, la gran especialización que supone la obtención de estas adaptaciones las ha convertido en especies muy sensibles al desastre del lugar de residencia. Esta estricta relación con el lugar de residencia y las transformaciones que el ser humano ha experimentado desde hace tiempo para poder utilizar las aguas de estos humedales han hecho que la situación de las lagunas endorreicas y de las comunidades de seres vivos que las habitan sea realmente preocupante.
Como se ha comentado anteriormente, las plantas que habitan en las charcas endorreicas deben hacer frente a las duras condiciones de vida que impone el nivel del agua y, sobre todo, la salinidad del agua y del sustrato. Estas condiciones son muy similares a las de las rías, por lo que, aunque parezca mentira, en las lagunas y cubetas endorreicas de la comarca más árida del País Vasco y en las marismas costeras se desarrollan comunidades vegetales muy similares. Sin embargo, como ocurre en las marismas, no todas estas plantas tienen la misma tolerancia a las fluctuaciones del agua y a la salinidad, por lo que se organizan en anillos vegetales desde el centro hacia el exterior de las charcas.
Si las lagunas tienen alguna zona siempre sumergida, puede aparecer una comunidad vegetal compuesta principalmente por algas Chara foetida y espigas de flores rosas que salen del agua, Polygonum amphibium.
Algo más arriba se encuentra la zona con altos niveles freáticos y charcas salobres. En ella se encuentra el anillo vegetal halohigrófilo formado principalmente por Salicornia ramosisima y plantas exprimidas del año Suaedo esplendis.
El siguiente anillo vegetal se desarrolla en la zona en la que la inmersión es efímera y está formado por plantas de madera sostenibles, lo que facilita su detección. En esta comunidad vegetal predomina la especie Suaeda vera.
En las orillas de las charcas, pero en una zona muy rara bajo el agua, se encuentra una comunidad formada principalmente por especies vegetales halófilas de Limonium viciosoi, Limonium ruizii e Inula crithmoides. Entre estas dos últimas comunidades, debido a la mayor concentración de sal del sustrato, habita en los claros que habitualmente se detienen una comunidad especial compuesta por especies vegetales halófilas anuales. En esta comunidad existe una mayor diversidad vegetal. Entre las especies más abundantes se encuentran: Frankenia pulvurulenta, Sphenopus divaricatus, Parapholis incurva, Spergularia diandra, Hymenolobus procumbens, Hordeum marinum...
A partir de aquí la salinidad del sustrato es nula y el agua casi nunca alcanza ese nivel, pero el nivel freático se mantiene bastante alto. En estas zonas la vegetación potencial está formada principalmente por las milicias de las especies arbustivas Tamarix canadiensis y Tamarix africana. Desgraciadamente, en estas zonas la presión agrícola es muy elevada y en la mayoría de los casos se ha llegado a la parte que debería cumplir el cultivo de esos milagros.
Por último, cabe destacar el desarrollo de carrizales compactos en las orillas de varias lagunas endorreicas, normalmente alteradas por la acción humana o que reciben algún caudal de agua dulce. Estos carrizales, además de la especie de carrizo Phragmites australis, están formados por Scirpus maritimus, Juncus maritimus, Atriplex hastata, Puccinellia festuciformes, Cladium mariscus, etc.
La precariedad, la relativa turbidez, la elevada mineralización y la gran variabilidad estacional que caracterizan a las lagunas endorreicas hacen que se desarrollen en ellas comunidades singulares y muy interesantes del zooplancton. Dentro de estas comunidades los crustáceos tienen gran importancia. Entre ellas destacan las siguientes especies: Los copépodos Mixodiaptomus incrassatus y Metacyclops minutus, los cladoceros Daphnia atkinsoni y Moina brachiata y el anostráceo Branchipuz schaefferi.
En cuanto a los peces, si bien la precariedad de las lagunas endorreicas conservadas en estado natural y la escasa profundidad del agua impiden el desarrollo de comunidades piscícolas, en zonas humanizadas por pequeñas presas, habitan diversas especies de peces. Unos pocos (anguila, barbo común y loina septentrional) pueden provenir de los ríos adyacentes, pero el resto (trucha arco iris, tenca, zamo común, perca americana, zamo común y lucio) son especies exóticas introducidas por el hombre.
Por otro lado, no podemos olvidar que estas charcas se encuentran en zonas de gran fragilidad, ya que numerosas especies animales de estas zonas se convierten en verdaderos oasis. En el caso de los vertebrados, las charcas endorreicas juegan un papel fundamental en el mantenimiento de las poblaciones de anfibios, ya que, a pesar de que la precariedad provoca una elevada mortalidad entre las larvas de los anfibios, son casi las únicas zonas que encuentran en estas regiones para poder reproducirse. Entre las especies de anfibios que se reproducen en las charcas endorreicas de Euskal Herria destacan el tritón marmolaire, la rana de árboles común, el sapo moteado, el sapo pintado, el sapo espolón, el txantxikua y el sapo corredor.
La reproducción fuera del agua ha hecho que muchos reptiles se hayan adaptado para vivir en zonas áridas. Sin embargo, para especies con cierta dependencia o afición al agua, la importancia de las charcas endorreicas en estas zonas es importante. Sin duda alguna, la serpiente víspera con vida acuática es el reptil más abundante de estas charcas, pero no suele ser difícil observar, escondidos entre las plantas de las orillas, otras especies de cierto carácter higrófilo, como la serpiente corbata o la serpiente norte lisa.
Sin embargo, como ocurre en la mayoría de los humedales, en las charcas endorreicas, las aves, además de formar parte de la fauna con mayor diversidad, constituyen el aspecto más llamativo. La diversidad de aves no es la misma durante todo el año. De hecho, como consecuencia de las migraciones de aves ya comentadas, según la época del año, la composición de la ornitofauna que se observa en las charcas endorreicas es bastante variable. Las mayores abundancias y diversidad se dan en otoño. Entonces, muchas de las aves acuáticas que están realizando una migración postnupcial aprovechan para descansar y alimentarse de las charcas oasis de estas tierras áridas. En esta época del año es fácil observar en grandes grupos numerosas especies de aves asociadas a ecosistemas acuáticos (limícolas, ardeidos, anátidas, pájaros carrizales...). En primavera, cuando las aves realizan una migración prenupcial, este fenómeno es menos acusado debido a las condiciones climatológicas más adecuadas, que aceleran la migración de retorno.
En verano, tanto la abundancia como la diversidad descienden mucho, pero en su lugar, algunas especies bastante raras como nidificantes en el País Vasco nidifican en estas charcas. Entre ellos se encuentran el Txilimporta-Txiki y el Txilindi Lepabeltza; el Amiltxori Txikia, el Amiltxori Común, el Pájaro Toro Común y el Garceta Roja; el Gallinero Común y el Zancudo; el Pato Común, el Pato Común y el Crujiente; el el. Cabe destacar la importancia que tienen para las aves esteparias las lagunas y cubetas endorreicas que aparecen en las Bardenas de Navarra, figura típica del verano en cuyas orillas se ven las bóvedas de crucería, las cubetas, los umbrales, algunos ejemplares de la pequeña y grande bosquete en peligro de extinción y otras especies de aves esteparias.
Por último, hay que destacar que numerosas especies de anátidas y zancudos eligen estas charcas endorreicas para invernar. Entre las primeras, destacan la cerceta común, el pato arcilloso, el pato txistulari y el porrón moñudo, mientras que entre las zancudas destacan la avefría, el agachón común y el pequeño, el gran zarapito, el dorado común o el encinar oscuro.