Mentre en les seves ribes s'acumulaven gruixuts dipòsits detrítics, en el centre es van anar formant capes d'evaporites a causa de les característiques dels mitjans sedimentaris salins. Durant el Miocè, quan el riu Ebre va perforar la serra costanera catalana, aquest gran llac es va buidar, quedant petites llacunes i llacunes endorreiques en depressions sense drenatge natural.
Aquest és l'origen de nombrosos aiguamolls endorreics situats en la depressió de l'Ebre. No obstant això, hi ha uns altres que s'han format més tard com a conseqüència del desgast de materials tous que duros.
Són llacunes circulars o el·líptiques d'aigües salines succintes. Els marges són de suau pendent i a nivell de l'aigua el talús està rebaixat. Pel fet que aquests sistemes endorreics són poc profunds, en la columna d'aigua no es produeix un procés d'estratificació i una petita ratxa de vent és suficient per a barrejar tota la massa d'aigua. En certa manera, pot dir-se que les característiques dels marges s'estenen a tota la superfície de l'aiguamoll, ja que no existeixen zones pelàgiques ben diferenciades (zona d'aigües obertes) ni zones bentòniques (fons profunds i poc lluminoses).
Aquestes tolles descansen sobre substrats formats per areniscas, argiles i llots impermeables, que normalment s'emplenen amb aigua d'escolament i són estacionals, és a dir, s'emplenen amb aigua de pluja hivernal, però a l'estiu, en evaporar-se l'aigua, es buiden. L'aigua és transparent i molt mineralizada, ja que abans d'arribar a les tolles l'aigua de pluja neta el substrat amb abundant sal. A l'estiu, a causa de l'aridesa d'aquestes regions, l'aigua s'evapora, llavors les sals s'acumulen en crostes blanques i la zona de les tolles adquireix un cridaner color blanc.
Les fluctuacions del citat nivell d'aigua i l'elevada salinitat del substrat són condicions insostenibles per a la majoria dels éssers vius. No obstant això, poques espècies s'han adaptat a viure en aquestes dures condicions de vida. A causa de les sorprenents adaptacions fisiològiques i morfològiques que han desenvolupat aquestes espècies per a poder viure en aquests mitjans salins, es considera que són espècies d'alt valor ecològic. Desgraciadament, la gran especialització que suposa l'obtenció d'aquestes adaptacions les ha convertit en espècies molt sensibles al desastre del lloc de residència. Aquesta estricta relació amb el lloc de residència i les transformacions que l'ésser humà ha experimentat des de fa temps per a poder utilitzar les aigües d'aquests aiguamolls han fet que la situació de les llacunes endorreiques i de les comunitats d'éssers vius que les habiten sigui realment preocupant.
Com s'ha comentat anteriorment, les plantes que habiten en les tolles endorreiques han de fer front a les dures condicions de vida que imposa el nivell de l'aigua i, sobretot, la salinitat de l'aigua i del substrat. Aquestes condicions són molt similars a les de les ries, per la qual cosa, encara que sembli mentida, en les llacunes i cubetes endorreiques de la comarca més àrida del País Basc i en els marenys costaners es desenvolupen comunitats vegetals molt similars. No obstant això, com ocorre en els marenys, no totes aquestes plantes tenen la mateixa tolerància a les fluctuacions de l'aigua i a la salinitat, per la qual cosa s'organitzen en anells vegetals des del centre cap a l'exterior de les tolles.
Si les llacunes tenen alguna zona sempre submergida, pot aparèixer una comunitat vegetal composta principalment per algues Chara foetida i espigues de flors roses que salin de l'aigua, Polygonum amphibium.
Alguna cosa més amunt es troba la zona amb alts nivells freàtics i tolles salobres. En ella es troba l'anell vegetal halohigrófilo format principalment per Salicornia ramosisima i plantes espremudes de l'any Suaedo esplendis.
El següent anell vegetal es desenvolupa en la zona en la qual la immersió és efímera i està format per plantes de fusta sostenibles, la qual cosa facilita la seva detecció. En aquesta comunitat vegetal predomina l'espècie Suaeda vora.
En les ribes de les tolles, però en una zona molt estranya sota l'aigua, es troba una comunitat formada principalment per espècies vegetals halòfiles de Limonium viciosoi, Limonium ruizii i Inula crithmoides. Entre aquestes dues últimes comunitats, a causa de la major concentració de sal del substrat, habita en els clars que habitualment es detenen una comunitat especial composta per espècies vegetals halòfiles anuals. En aquesta comunitat existeix una major diversitat vegetal. Entre les espècies més abundants es troben: Frankenia pulvurulenta, Sphenopus divaricatus, Parapholis incurva, Spergularia diandra, Hymenolobus procumbens, Hordeum marinum...
A partir d'aquí la salinitat del substrat és nul·la i l'aigua gairebé mai aconsegueix aquest nivell, però el nivell freàtic es manté bastant alt. En aquestes zones la vegetació potencial està formada principalment per les milícies de les espècies arbustives Tamarix canadiensis i Tamarix africana. Desgraciadament, en aquestes zones la pressió agrícola és molt elevada i en la majoria dels casos s'ha arribat a la part que hauria de complir el cultiu d'aquests miracles.
Finalment, cal destacar el desenvolupament de canyissars compactes en les ribes de diverses llacunes endorreiques, normalment alterades per l'acció humana o que reben algun cabal d'aigua dolça. Aquests canyissars, a més de l'espècie de canyís Phragmites australis, estan formats per Scirpus maritimus, Juncus maritimus, Atriplex hastata, Puccinellia festuciformes, Cladium mariscus, etc.
La precarietat, la relativa terbolesa, l'elevada mineralització i la gran variabilitat estacional que caracteritzen a les llacunes endorreiques fan que es desenvolupin en elles comunitats singulars i molt interessants del zooplancton. Dins d'aquestes comunitats els crustacis tenen gran importància. Entre elles destaquen les següents espècies: Els copèpodes Mixodiaptomus incrassatus i Metacyclops minutus, els cladoceros Daphnia atkinsoni i Moina brachiata i l'anostráceo Branchipuz schaefferi.
Quant als peixos, si bé la precarietat de les llacunes endorreiques conservades en estat natural i l'escassa profunditat de l'aigua impedeixen el desenvolupament de comunitats piscícoles, en zones humanitzades per petites preses, habiten diverses espècies de peixos. Uns pocs (anguila, barb comú i loina septentrional) poden provenir dels rius adjacents, però la resta (truita arc de Sant Martí, tenca, zamo comú, perca americana, zamo comuna i lucio) són espècies exòtiques introduïdes per l'home.
D'altra banda, no podem oblidar que aquestes tolles es troben en zones de gran fragilitat, ja que nombroses espècies animals d'aquestes zones es converteixen en veritables oasis. En el cas dels vertebrats, les tolles endorreiques juguen un paper fonamental en el manteniment de les poblacions d'amfibis, ja que, a pesar que la precarietat provoca una elevada mortalitat entre les larves dels amfibis, són gairebé les úniques zones que troben en aquestes regions per a poder reproduir-se. Entre les espècies d'amfibis que es reprodueixen en les tolles endorreiques d'Euskal Herria destaquen el tritó marmolaire, la granota d'arbres comú, el gripau clapejat, el gripau pintat, el gripau espolón, el txantxikua i el gripau corredor.
La reproducció fora de l'aigua ha fet que molts rèptils s'hagin adaptat per a viure en zones àrides. No obstant això, per a espècies amb certa dependència o afició a l'aigua, la importància de les tolles endorreiques en aquestes zones és important. Sens dubte, la serp vespra amb vida aquàtica és el rèptil més abundant d'aquestes tolles, però no sol ser difícil observar, amagats entre les plantes de les ribes, altres espècies de cert caràcter higròfil, com la serp corbata o la serp nord llisa.
No obstant això, com ocorre en la majoria dels aiguamolls, en les tolles endorreiques, els ocells, a més de formar part de la fauna amb major diversitat, constitueixen l'aspecte més cridaner. La diversitat d'ocells no és la mateixa durant tot l'any. De fet, com a conseqüència de les migracions d'ocells ja comentats, segons l'època de l'any, la composició de l'ornitofauna que s'observa en les tolles endorreiques és bastant variable. Les majors abundàncies i diversitat es donen a la tardor. Llavors, moltes dels ocells aquàtics que estan realitzant una migració postnupcial aprofiten per a descansar i alimentar-se de les tolles oasis d'aquestes terres àrides. En aquesta època de l'any és fàcil observar en grans grups nombroses espècies d'ocells associats a ecosistemes aquàtics (limícoles, ardeidos, anátidas, ocells canyissars...). A la primavera, quan els ocells realitzen una migració prenupcial, aquest fenomen és menys acusat a causa de les condicions climatològiques més adequades, que acceleren la migració de retorn.
A l'estiu, tant l'abundància com la diversitat descendeixen molt, però en el seu lloc, algunes espècies bastant estranyes com a nidificants al País Basc nidifiquen en aquestes tolles. Entre ells es troben el Txilimporta-Txiki i el Txilindi Lepabeltza; l'Amiltxori Txikia, l'Amiltxori Comú, l'Ocell Toro Comú i el Garceta Vermella; el Galliner Comú i el Xanquer; l'Ànec Comú, l'Ànec Comú i el Cruixent; l'el. Cal destacar la importància que tenen per als ocells esteparis les llacunes i cubetes endorreiques que apareixen en les Bardenas de Navarra, figura típica de l'estiu en les ribes del qual es veuen les voltes de creueria, les cubetes, els llindars, alguns exemplars de la petita i gran bosquete en perill d'extinció i altres espècies d'ocells esteparis.
Finalment, cal destacar que nombroses espècies d'anátidas i xanquers trien aquestes tolles endorreiques per a hivernar. Entre les primeres, destaquen la cerceta comuna, l'ànec argilenc, l'ànec txistulari i el porró emplomallat, mentre que entre les xanqueres destaquen la fredeluga, l'agachón comú i el petit, el gran zarapito, el daurat comú o l'alzinar fosc.