Horien artean Roger Bacon aipatu behar dugu. Berak egindako kritika gaurko ikuspegitik zuzena izan arren garai hartako giroarekiko aurreratuegia zenez gero, ez zuen eragin handirik izan. Alderdi horretatik garrantzi handiagoa du ia XIV. mendearen hasieran Duns Scoto-k (1265-1308) egindakoa. Honek Oxford-en eta Parisen erakutsi zuen eta aquinotarraren ustez arrazoiaren demostrazioetatik kanpo zegoen teologiaren eremua zabaldu zuen. Scotoren eritziz kristautasunaren funtsezko doktrinak Jainkoaren edonolako borondatean dauka oinarria eta gizakiaren dohai nagusia, arrazoia bera baino askoz nagusiagoa, aukeramena zen.
Hau dela eta, nolabait filosofiaren esparrua eta teologiarena elkarrekiko askatu egiten ziren eta filosofia ez zen berriro “teologiaren mirabe” izango. Askatze honek ezagupenaren garapena eta libertatea ekarriko zuen eta filosofiaren eremuan esperimentazioa sartzean gaur egun ezagutzen dugun zientziaren oinarria ipini zen. Hala ere, hori ez zen egunetik egunera lortu. XIII. mendearen bukaeran eta XIV.aren hasieran filosofiaren eta teologiaren munduak aquinotarren eta scototarren artean zeuden banatuta.
Duns Scotok hasitako bidearen jarraitzaile sutsua Ockham-eko Gilermo izan zen. Honen eritziz teologiaren inolako emaitzarik ez zen arrazoiaren bitartez frogatu ahal izango. Are gehiago, Elizak erakusten duen zenbait adierazpenen arrazionaltasunaren ezintasuna agerterazi zuen. Aita Santuaren gailentasunaren doktrinaren aurka borrokatu zuen eta frantziskotarrek Juan XXII.a Aita Santuaren kontra zeramaten gudan buruzagi izan zen. Guzti horregatik heresetzat hartua eta giltzaperatua izan zen. Baina espetxetik ihes egin ondoren Bavariako Luis Enperadorearen babespean jarri zen eta honek Aita Santuaren aurka zeukan eztabaida luzeari laguntza eman zion.
Ockham-ek egiaren bi aurpegiak edo motak onartzen zituen; egia dogmatikoa (hots, fedearen bitartez onartzen dena) eta egia filosofikoa (arrazoiaren bitartez ikertu behar dena). Jarrera hau nominalismoaren berpizkundearekin uztartu zen. Honen arabera, dagoen errealitate bakarra gauza partikularrena da. Ideia unibertsalak, aldiz, izen hutsak edo adimenaren kontzeptuak baino ez dira. Aquinotarrak edo “errealistak” unibertsaletik partikularrera etorreraztean abstrakzioz abstrakzio zihoazen. Aldiz, nominalismoaren berpizkundeari esker, zentzuen bitartez atzeman ditzakegun objektuen gainean jarri zen atentzioa eta, bide batez, abstrakzioei mesfidantza osoz begiratzen zitzaien. Denbora aurrera joan ahala, honek behaketa zuzena, esperimentazioa eta indukzio bidezko ikerketa ekarriko zituen.
Elizak nominalismo berria arbuiatu eta debekatu egin zuzen eta Pariseko Unibertsitateak Ockham-en idazkiak kondenatu egin zituen. Unibertsitate hartan 1473an, hau da, Errenazimentu garaian, berriro ere errealismoa jarri nahi zuten doktrina ofizialtzat. Baina, Ockham-en ideiak guztiz errotuta zeuden eta berean jarraitu zuten. Ockham-en lanak Erdi Aroko eskolastikaren lehentasunaren bukaera ekarri zuen. Harez gero, filosofiak teologiak erakusten zituen ondorioetara ez zuen nahitaez iritsi beharrik, eta burua libre ikusiz, bere gaien ikerketara jo ahal izan zuen.
Eskolastikaren aurka borrokatu zuen beste pentsalaria, Cusa-ko Nikolas (1401-1464) dugu. Honen eritziz giza-ezagupen guztia konjeturala da, nahiz eta Jainkoak esistitzen den guztia ulertu. Hori intuizio mistikoaren bidez adi daiteke. Eritzi hauek Cusa nolabaiteko panteismora eraman zuten. Panteismo hau gero Brunok hartuko zuen beretzat. Ezagupenari buruzko ideiak alde batera utzirik, Cusak fisika eta matematika aurrera eraman zituen: landareek haztean airearen pisuaren parte bat hartzen zutela demostratu zuen balantzaren bitartez, egutegiaren berregituraketa proposatu zuen, zirkuluaren karraduraketaz bortizki arduratu zen, Ptolomeoren sistema arbuiatuz Lurraren biraketaren teoria defendatu zuen. Kopernik-i bidea irekiz Brunok, Novara astronomoarekin, higidura berez erlatiboa dela eta absolutu dagoen bakarra zenbakia denaren teoria plazaratu zuen.
Zientziaren arloan Matematikaren esparruan erpin bat azpimarratu beharko balitz, zifra arabiarren onarpena eta beraien bidez lortzen den kalkuluen erraztasuna izango litzateke. Hasieran zifra hauek “apice”tan, hots, adarrezko fitxetan idazten ziren, Gerberto-ren (X. mendea) abakoan erabiltzeko. Zifra berri hauek berehala hautsez estalitako oholetan idatziak izan ziren.
Horrela, eramaten zena eta behin-behineko emaitzak garbi eta zuzen zitezkeen: XII. eta XIII. mendeetan “algoritmoek” erabilera hori erakusten zuten. Gero papera merkeagotu zenean eta bere erabilpena hedatu zenean, kalkulu idatziak bere burua ezabatu gabe egin ahal izateko gaur egun erabiltzen dugun erarantz abiatuz egokitu behar zuen. Aritmetika merkatalgoan behar beharrezkoa zen eta 1340. urteaz gero partida bikoitzeko kontaduria ezaguna zen Genoan.
Aritmetikan, geometriarekin batera (hau da, algebran), bigarren mailako ekuazioa plazaratzen hasi zen. Orain baino lehen ikusitako Fibonaccirekin batera XIV. mendearen bukaeran hildako Oresme-ko Nikolas aipatu behar dugu arlo honetan. Honek lorpenen katea luzeari beste maila bat erantsi zion. Serieen batura, geometria analitikoaren lehen oinarriak eta berretzaileen asmakizuna zor zaizkio besteak beste. Oresme-ko Nikolas dinamikari buruz ere arduratu zen eta honela Lurraren biraketaren alde azaldu zen, zeren “nahiz eta zeruak egunez higitu egiten direla eta Lurra ez behaketaren bidez frogatzerik izan ez” Lurraren biraketaren teoria errazagoa eta perfektuagoa bait da.
Fisikaren arloan matematikak ekarri zuen aldaketa handienetakoa zera izan zen: diferentzia erreal guztiak kantitateen arteko diferentzia bihur zitezkeenaren teoria. Crombie-k dioen bezala, koalitate baten intentsitatea (beroa, adibidez) kantitate baten magnitudearen antzera neur zitekeen. Aristotelesen fisika koalitatiboaren eta XVI. mendeko fisika matematikoaren arteko desberdintasuna, aldaketa honetan datza.
XIII. mendetik aurrera Fisikak bultzada handia jasan zuen: estatikak Jordanus Nemorarius-en eskutik, magnetismoak iparrorratzaren agerpenarekin, optikak Oxfordeko eskolan, bereziki, Freiberg-eko Thierry-n, etab. Erdi Aroaren aldi hau behar bezala epaitzeko zeuden bitartekoak eta egoera eduki beharko genituzke kontutan eta, agian, Beaujonan-en hitzek egingo digute:
Ptolomeo, Aristoteles eta Galeno erraldoi izugarri bezala agertzen ziren. Beren lanak gotorleku ikaragarrien antzera altxata zeuden. Erdi Aroko gizonak harresi haietan urradura batzuk ireki zituen, baina barnean gelditu zen itxita. Geroak zera egiaztatuko zuen: hemen eta han kritika bat edo bes egin beharrean birrintze osoa zela bidea. Iraultza bat egin behar zen: Ptolomeoren aurka Kopernik-ena, Aristotelesen aurka Galileorena eta Galenoren aurka Harveyrena.