Do mesmo xeito que no resto de humidais, no País Vasco non atopamos lagoas endorreicas de gran tamaño. Con todo, os de escasa entidade e profundidade son bastante abundantes no sur de Euskal Herria, sobre todo na Ribeira navarra e en menor medida na Rioxa Alavesa. Con todo, a pesar da abundancia de humidais deste tipo existentes no País Vasco, son poucos os que se mantiveron sen ningunha transformación até a data, xa que a maioría deles coñeceron transformacións provocadas polo home que alteraron notablemente as súas características naturais debido á alta presión agrícola e á gran fraxilidade da zona. Entre estas transformacións pódense distinguir dous tipos principais: as provocadas directamente nas charcas e as provocadas nos terreos circundantes. Entre as primeiras, destacan a construción de diques, canles e canles; a destrución das marxes por sobreextensión de terras agrícolas; e o secado de cubetas endorreicas paira a obtención de novas terras agrícolas. Entre os efectos indirectos atópanse os procesos de eutrofización derivados do aumento do uso de fertilizantes e materia orgánica e a contaminación por produtos químicos utilizados en terras de cultivo.
Tendo en conta todo iso, pódese afirmar que a situación das lagoas endorreicas do País Vasco é bastante preocupante. Por unha banda, aínda que ao longo da historia non é posible coñecer o número de humidais que desapareceron por influencia humana, pódese sospeitar que moitas das lagoas endorreicas que no seu día aparecían en cubetas de pequeno tamaño foron drenadas paira a obtención de terras de cultivo. Sen ir máis lonxe, hai pouco secáronse con este obxectivo de dúas lagoas endorreicas, a Balpertuna, próxima á localidade de Ablitas na Ribeira de Navarra, e a Lagoa do Musco, situada en terreos de Laguardia na Rioxa Alavesa.
Con todo, a maioría das lagoas endorreicas convertéronse en lagoas de rega ou encoros a través de pequenas presas. Esta modificación supón un aumento da profundidade das charcas e a desaparición do secado no verán, o que alterou notablemente as características naturais das balsas. Con todo, esta última modificación é máis áxil que a anterior, xa que co paso do tempo estas lagoas sufriron interesantes procesos de naturalización, converténdose nun dos humidais máis importantes do País Vasco. Na actualidade, os exemplos máis significativos das charcas endorreicas que se atopan nesta situación son a charca de Pitillas e o encoro das Canas. Ambas son Reservas Naturais dentro dos espazos protexidos de Navarra e están incluídas na lista do Convenio Ramsar que reúne os humidais máis importantes do mundo. Pero non son as únicas, xa que no sur de Navarra existen numerosas lagoas e encoros de menor superficie que antes eran lagoas endorreicas. Entre eles destacan: a Reserva Natural do Pulguer, preto de Tudela, a Lagoa dos Dous Reinos en terreos de Figarol, a Lagoa de Lor xunto a Cascante, a Lagoa de Badina Escudeiro preto de Alesbes ou o encoro de Cortinas nas Bardenas.
Como consecuencia de todo iso, en Euskal Herria son moi poucas as charcas endorreicas que permaneceron inalteradas e todas elas soportan una forte presión agrícola, xa que as terras de cultivo leváronse até o último extremo delas. Ademais das pequenas cubetas endorreicas dispersas no sur do País Vasco e, sobre todo, nas Bardenas de Navarra, as lagoas endorreicas que mantiveron até a data as características naturais orixinais son: Na Rioxa Alavesa, as lagoas de Carralogroño e Carravalseca próximas a Laguardia, e a charca do mesmo nome situada nos terreos de Nabaridas; en Navarra, a Lagoa do Juncal de Tafalla, a Lagoa de Auga Salgada dos terreos de Tudela e a Lagoa da Mueda, próxima a Aibar. Entre estes, Carralogroño e Carravalseca están protexidos pola figura de Biotopo de Protección do País Vasco e figuran na relación do Convenio de Ramsar. O Goberno de Navarra declarou os Medios Naturais do Juncal e da auga Salgada. As outras dúas, desgraciadamente, aínda non contan con ningunha protección.