Al igual que en el resto de humedales, en el País Vasco no encontramos lagunas endorreicas de gran tamaño. Sin embargo, los de escasa entidad y profundidad son bastante abundantes en el sur de Euskal Herria, sobre todo en la Ribera navarra y en menor medida en la Rioja Alavesa. Sin embargo, a pesar de la abundancia de humedales de este tipo existentes en el País Vasco, son pocos los que se han mantenido sin ninguna transformación hasta la fecha, ya que la mayoría de ellos han conocido transformaciones provocadas por el hombre que han alterado notablemente sus características naturales debido a la alta presión agrícola y a la gran fragilidad de la zona. Entre estas transformaciones se pueden distinguir dos tipos principales: las provocadas directamente en las charcas y las provocadas en los terrenos circundantes. Entre las primeras, destacan la construcción de diques, canales y canales; la destrucción de las márgenes por sobreextensión de tierras agrícolas; y el secado de cubetas endorreicas para la obtención de nuevas tierras agrícolas. Entre los efectos indirectos se encuentran los procesos de eutrofización derivados del aumento del uso de fertilizantes y materia orgánica y la contaminación por productos químicos utilizados en tierras de cultivo.
Teniendo en cuenta todo ello, se puede afirmar que la situación de las lagunas endorreicas del País Vasco es bastante preocupante. Por un lado, aunque a lo largo de la historia no es posible conocer el número de humedales que han desaparecido por influencia humana, se puede sospechar que muchas de las lagunas endorreicas que en su día aparecían en cubetas de pequeño tamaño fueron drenadas para la obtención de tierras de cultivo. Sin ir más lejos, hace poco se secaron con este objetivo de dos lagunas endorreicas, la Balpertuna, próxima a la localidad de Ablitas en la Ribera de Navarra, y la Laguna del Musco, situada en terrenos de Laguardia en la Rioja Alavesa.
Sin embargo, la mayoría de las lagunas endorreicas se han convertido en lagunas de riego o embalses a través de pequeñas presas. Esta modificación supone un aumento de la profundidad de las charcas y la desaparición del secado en verano, lo que ha alterado notablemente las características naturales de las balsas. Sin embargo, esta última modificación es más ágil que la anterior, ya que con el paso del tiempo estas lagunas han sufrido interesantes procesos de naturalización, convirtiéndose en uno de los humedales más importantes del País Vasco. En la actualidad, los ejemplos más significativos de las charcas endorreicas que se encuentran en esta situación son la charca de Pitillas y el embalse de Las Cañas. Ambas son Reservas Naturales dentro de los espacios protegidos de Navarra y están incluidas en la lista del Convenio Ramsar que reúne los humedales más importantes del mundo. Pero no son las únicas, ya que en el sur de Navarra existen numerosas lagunas y embalses de menor superficie que antes eran lagunas endorreicas. Entre ellos destacan: la Reserva Natural de El Pulguer, cerca de Tudela, la Laguna de los Dos Reinos en terrenos de Figarol, la Laguna de Lor junto a Cascante, la Laguna de Badina Escudero cerca de Alesbes o el embalse de Cortinas en las Bardenas.
Como consecuencia de todo ello, en Euskal Herria son muy pocas las charcas endorreicas que han permanecido inalteradas y todas ellas soportan una fuerte presión agrícola, ya que las tierras de cultivo se han llevado hasta el último extremo de ellas. Además de las pequeñas cubetas endorreicas dispersas en el sur del País Vasco y, sobre todo, en las Bardenas de Navarra, las lagunas endorreicas que han mantenido hasta la fecha las características naturales originales son: En la Rioja Alavesa, las lagunas de Carralogroño y Carravalseca cercanas a Laguardia, y la charca del mismo nombre situada en los terrenos de Nabaridas; en Navarra, la Laguna del Juncal de Tafalla, la Laguna de Agua Salada de los terrenos de Tudela y la Laguna de La Mueda, próxima a Aibar. Entre estos, Carralogroño y Carravalseca están protegidos por la figura de Biotopo de Protección del País Vasco y figuran en la relación del Convenio de Ramsar. El Gobierno de Navarra ha declarado los Medios Naturales del Juncal y del Agua Salada. Las otras dos, desgraciadamente, aún no cuentan con ninguna protección.