Igual que en la resta d'aiguamolls, al País Basc no trobem llacunes endorreiques de gran grandària. No obstant això, els d'escassa entitat i profunditat són bastant abundants en el sud d'Euskal Herria, sobretot en la Ribera navarresa i en menor mesura a la Rioja Alabesa. No obstant això, malgrat l'abundància d'aiguamolls d'aquest tipus existents al País Basc, són pocs els que s'han mantingut sense cap transformació fins avui, ja que la majoria d'ells han conegut transformacions provocades per l'home que han alterat notablement les seves característiques naturals a causa de l'alta pressió agrícola i a la gran fragilitat de la zona. Entre aquestes transformacions es poden distingir dos tipus principals: les provocades directament en les tolles i les provocades en els terrenys circumdants. Entre les primeres, destaquen la construcció de dics, canals i canals; la destrucció dels marges per sobreextensión de terres agrícoles; i l'assecat de cubetes endorreiques per a l'obtenció de noves terres agrícoles. Entre els efectes indirectes es troben els processos d'eutrofització derivats de l'augment de l'ús de fertilitzants i matèria orgànica i la contaminació per productes químics utilitzats en terres de cultiu.
Tenint en compte tot això, es pot afirmar que la situació de les llacunes endorreiques del País Basc és bastant preocupant. D'una banda, encara que al llarg de la història no és possible conèixer el nombre d'aiguamolls que han desaparegut per influència humana, es pot sospitar que moltes de les llacunes endorreiques que en el seu moment apareixien en cubetes de petita grandària van ser drenades per a l'obtenció de terres de cultiu. Sense anar més lluny, fa poc es van assecar amb aquest objectiu de dues llacunes endorreiques, la Balpertuna, pròxima a la localitat d'Ablitas en la Ribera de Navarra, i la Llacuna del Musc, situada en terrenys de Laguardia a la Rioja Alabesa.
No obstant això, la majoria de les llacunes endorreiques s'han convertit en llacunes de reg o embassaments a través de petites preses. Aquesta modificació suposa un augment de la profunditat de les tolles i la desaparició de l'assecat a l'estiu, la qual cosa ha alterat notablement les característiques naturals de les basses. No obstant això, aquesta última modificació és més àgil que l'anterior, ja que amb el pas del temps aquestes llacunes han sofert interessants processos de naturalització, convertint-se en un dels aiguamolls més importants del País Basc. En l'actualitat, els exemples més significatius de les tolles endorreiques que es troben en aquesta situació són la tolla de Pitillas i l'embassament de les Canyes. Ambdues són Reserves Naturals dins dels espais protegits de Navarra i estan incloses en la llista del Conveni Ramsar que reuneix els aiguamolls més importants del món. Però no són les úniques, ja que en el sud de Navarra existeixen nombroses llacunes i embassaments de menor superfície que abans eren llacunes endorreiques. Entre ells destaquen: la Reserva Natural del Pulguer, prop de Tudela, la Llacuna dels Dos Regnes en terrenys de Figarol, la Llacuna de Lor al costat de Cascante, la Llacuna de Badina Escudero prop d'Alesbes o l'embassament de Cortines en les Bardenas.
Com a conseqüència de tot això, a Euskal Herria són molt poques les tolles endorreiques que han romàs inalterades i totes elles suporten una forta pressió agrícola, ja que les terres de cultiu s'han emportat fins a l'últim extrem d'elles. A més de les petites cubetes endorreiques disperses en el sud del País Basc i, sobretot, en les Bardenas de Navarra, les llacunes endorreiques que han mantingut fins avui les característiques naturals originals són: A la Rioja Alabesa, les llacunes de Carralogroño i Carravalseca pròximes a Laguardia, i la tolla del mateix nom situada en els terrenys de Nabaridas; a Navarra, la Llacuna de la Jonquera de Tafalla, la Llacuna d'Aigua Salada dels terrenys de Tudela i la Llacuna de la Mueda, pròxima a Aibar. Entre aquests, Carralogroño i Carravalseca estan protegits per la figura de Biòtop de Protecció del País Basc i figuren en la relació del Conveni de Ramsar. El Govern de Navarra ha declarat els Medis naturals de la Jonquera i de l'Aigua Salada. Les altres dues, desgraciadament, encara no compten amb cap protecció.