La première étape pour mesurer la qualité d'un écosystème est d'obtenir une bonne cartographie. Dans ce cas, ils travaillent avec des cartes à l'échelle 1:10.000, échelle assez précise si l'on considère qu'Urdaibai compte 22.000 hectares. De plus, ils utilisent des photographies aériennes ou des images de la Députation Forale de Biscaye. Avec ces photos, vous dessinez les taches sur la carte. Ces taches sont caractérisées par leur couleur et chaque couleur correspond à un type de végétation. Pour identifier et caractériser ces taches, vous devez vous y rendre directement. Bien sûr, étudier toutes les taches est presque impossible, car étudier 22.000 hectares est une tâche très laborieuse.
Une fois la cartographie réalisée, l'échantillonnage optimal de l'écosystème est planifié, c'est-à-dire quel pourcentage minimum de la surface totale doit être analysé pour que l'échantillonnage soit représentatif. Pour cela, ils utilisent des techniques statistiques.
Ils se rapprochent par GPS des points d'échantillonnage sélectionnés. On y mesure des échantillons (diamètre, hauteur, densité), espèces auxquelles ils appartiennent, etc. S'ils ne connaissent pas l'espèce, ils recueillent l'échantillon et identifient dans le laboratoire.
Par exemple, l'indice Shannon est le plus utilisé en écologie. Plus sa valeur est élevée, meilleure est la qualité de l'écosystème en général. Cependant, la qualité d'un écosystème ne repose pas uniquement sur des indices. La présence d'espèces représentatives dans l'écosystème sera également analysée. Certaines espèces garantissent une bonne qualité de l'écosystème. La qualité de l'écosystème est considérée comme bonne lorsqu'elle présente des taux élevés de biodiversité et des espèces représentatives.
Selon les résultats obtenus jusqu'à présent, la situation actuelle des encinares à Urdaibai est assez bonne, alors que dans le cas des chênes est difficile. Et c'est que, du moins en ce qui concerne les forêts, les chênes sont sans doute les plus touchés par l'action humaine. Ils sont rares et très dispersés, en danger d'extinction.
De même, l'abondance des pinèdes engendre des problèmes écologiques. En plus de réduire la biodiversité, le sol s'appauvrit beaucoup, la terre perd sa fertilité.
L'activité des sols est très importante pour qu'un écosystème soit productif. C'est précisément pour cela que l'on étudie dans les enzymes du sol d'Urdaibai avec une équipe de chercheurs du centre de recherche Neiker. Les enzymes indiquent le fonctionnement ou l'activité du sol. En outre, les chercheurs considèrent que les enzymes présentes dans le sol sont directement liées à la diversité de l'écosystème.
Un autre objectif de la recherche est de comparer la situation actuelle à celle d'il y a 20 ans, comment un même écosystème a évolué. Et bien sûr, s'il y a eu des changements, ils veulent savoir quelles ont été leurs causes et pourquoi.