El primer pas per a mesurar la qualitat d'un ecosistema és obtenir una bona cartografia. En aquest cas treballen amb mapes a escala 1.10.000, escala bastant precisa si es té en compte que Urdaibai compta amb 22.000 hectàrees. A més, utilitzen fotografies aèries o fotogrames de la Diputació Foral de Bizkaia. Amb aquestes fotos es dibuixen les taques sobre el mapa. Aquestes taques es caracteritzen pel seu color i cada color correspon a un tipus de vegetació. Per a identificar i caracteritzar aquestes taques és necessari acudir directament a elles. Per descomptat, estudiar totes les taques és gairebé impossible, ja que estudiar 22.000 hectàrees és una tasca molt laboriosa.
Una vegada realitzada la cartografia es planifica el mostreig òptim de l'ecosistema, és a dir, es determina quin percentatge mínim de la superfície total s'ha d'analitzar perquè el mostreig sigui representatiu. Per a això utilitzen tècniques estadístiques.
S'aproximen per GPS als punts de mostreig seleccionats. En ell es mesuren mostres (diàmetre, altura, densitat), espècies a les quals pertanyen, etc. Si no coneixen l'espècie, recullen la mostra i identifiquen en el laboratori.
Per exemple, l'índex Shannon és el més utilitzat en ecologia. Com més gran és el seu valor, millor és la qualitat de l'ecosistema en general. No obstant això, la qualitat d'un ecosistema no es basa únicament en índexs. També s'analitzarà la presència d'espècies representatives en l'ecosistema. Algunes espècies garanteixen una bona qualitat de l'ecosistema. Es considera que la qualitat de l'ecosistema és bona quan presenta alts índexs de biodiversitat i espècies representatives.
Segons els resultats obtinguts fins al moment, la situació actual dels alzinars en Urdaibai és bastant bona, mentre que en el cas de les rouredes és difícil. I és que, almenys pel que fa als boscos, les rouredes són, sens dubte, els més afectats per l'acció humana. Són escassos i molt dispersos, en perill d'extinció.
Així mateix, l'abundància de pinedes genera problemes ecològics. A més de reduir la biodiversitat, el sòl s'empobreix molt, la terra perd fertilitat.
L'activitat del sòl és molt important perquè un ecosistema sigui productiu. Precisament per això, s'està investigant en els enzims del sòl d'Urdaibai amb un equip d'investigadors del centre de recerca Neiker. Els enzims informen del funcionament o activitat del sòl. A més, els investigadors consideren que els enzims presents en el sòl estan directament relacionades amb la diversitat de l'ecosistema.
Un altre dels objectius de la recerca és comparar la situació actual amb la de fa 20 anys, com ha evolucionat un mateix ecosistema. I clar que si hi ha hagut canvis, volen saber quins han estat les seves causes i per què.