El primer paso para medir la calidad de un ecosistema es obtener una buena cartografía. En este caso trabajan con mapas a escala 1:10.000, escala bastante precisa si se tiene en cuenta que Urdaibai cuenta con 22.000 hectáreas. Además, utilizan fotografías aéreas o fotogramas de la Diputación Foral de Bizkaia. Con estas fotos se dibujan las manchas sobre el mapa. Estas manchas se caracterizan por su color y cada color corresponde a un tipo de vegetación. Para identificar y caracterizar estas manchas es necesario acudir directamente a ellas. Por supuesto, estudiar todas las manchas es casi imposible, ya que estudiar 22.000 hectáreas es una tarea muy laboriosa.
Una vez realizada la cartografía se planifica el muestreo óptimo del ecosistema, es decir, se determina qué porcentaje mínimo de la superficie total se debe analizar para que el muestreo sea representativo. Para ello utilizan técnicas estadísticas.
Se aproximan por GPS a los puntos de muestreo seleccionados. En él se miden muestras (diámetro, altura, densidad), especies a las que pertenecen, etc. Si no conocen la especie, recogen la muestra e identifican en el laboratorio.
Por ejemplo, el índice Shannon es el más utilizado en ecología. Cuanto mayor es su valor, mejor es la calidad del ecosistema en general. Sin embargo, la calidad de un ecosistema no se basa únicamente en índices. También se analizará la presencia de especies representativas en el ecosistema. Algunas especies garantizan una buena calidad del ecosistema. Se considera que la calidad del ecosistema es buena cuando presenta altos índices de biodiversidad y especies representativas.
Según los resultados obtenidos hasta el momento, la situación actual de los encinares en Urdaibai es bastante buena, mientras que en el caso de los robledales es difícil. Y es que, al menos en lo que respecta a los bosques, los robledales son, sin duda, los más afectados por la acción humana. Son escasos y muy dispersos, en peligro de extinción.
Asimismo, la abundancia de pinares genera problemas ecológicos. Además de reducir la biodiversidad, el suelo se empobrece mucho, la tierra pierde fertilidad.
La actividad del suelo es muy importante para que un ecosistema sea productivo. Precisamente por ello, se está investigando en las enzimas del suelo de Urdaibai con un equipo de investigadores del centro de investigación Neiker. Las enzimas informan del funcionamiento o actividad del suelo. Además, los investigadores consideran que las enzimas presentes en el suelo están directamente relacionadas con la diversidad del ecosistema.
Otro de los objetivos de la investigación es comparar la situación actual con la de hace 20 años, cómo ha evolucionado un mismo ecosistema. Y claro que si ha habido cambios, quieren saber cuáles han sido sus causas y por qué.