En el Departament d'Immunologia, Microbiologia i Parasitologia de la UPV-EHU es van adonar en 2002 de la necessitat de desenvolupar mètodes més ràpids de detecció de Salmonel·la en aliments, i es va posar en marxa un projecte de recerca en col·laboració amb l'empresa alabesa Laboratoris Bromatológicos Llaurava i el centre tecnològic Leia.
Es va començar a investigar en el camp dels mètodes genètics. Per a això és imprescindible conèixer bé el genoma del bacteri. Afortunadament, diversos ceps de Salmonel·la estan perfectament seqüenciades. També saben que hi ha gens de Salmonel·la que no apareixen en altres bacteris o éssers vius. Per tant, si es detecten aquests gens, es pot observar clarament on està el bacteri de Salmonel·la. Encara que no es detecti tot el microorganisme, trobaríem el seu ADN.
Investigant l'ADN del bacteri, els investigadors han desenvolupat diferents tècniques que detecten la presència de Salmonel·la en els aliments durant 24 hores. No obstant això, aquests mètodes basats en la detecció d'ADN tenen un problema: La molècula d'ADN és molt estable. Precisament per això es pot analitzar l'ADN de les persones mortes molts anys abans. Una cosa semblant pot ocórrer en els bacteris. És a dir, és possible que s'estigui estudiant l'ADN del bacteri mort en pasteurització i/o esterilització. Per tant, per a detectar Salmonel·la no n'hi ha prou amb estudiar l'ADN, ja que d'aquesta manera no es pot saber si el bacteri està viu o morta.
Per això, els investigadors de la UPV han utilitzat un altre marcador més específic que indicarà si el bacteri està viu o no. Aquesta molècula és un ARN missatger. Es tracta d'una molècula inestable, fàcilment degradable. Només apareix quan el bacteri està viu. Una vegada morta el bacteri desapareix juntament amb el bacteri. Conscients d'això, investigadors de la UPV han desenvolupat la detecció de l'ARN. D'una banda, s'ha dissenyat un procés d'extracció d'ARN en els aliments i, per un altre, s'ha estudiat com convertir aquest ARN en ADN. Les tècniques de detecció treballen amb ADN.
Treballar amb ARN amb gran precisió i rapidesa. En cas contrari, és possible que els resultats no siguin correctes i que els aliments en els quals es troba el bacteri Salmonel·la rebin resultats inversos a causa de la degradació de la molècula. Per això, el procés d'extracció de l'ARN és tan bàsic com important.
Una vegada extret el missatger de l'ARN, el converteixen en ADN mitjançant el procés denominat transcripció inversa. En aquest procés se sintetitza una còpia de l'ADN. Per a detectar la seqüència d'ADN específica de Salmonel·la s'ha utilitzat el PCR en temps real. Aquesta còpia de l'ADN és detectada per vàries sondes. Les sondes són cadenes auxiliars de l'ADN de Salmonel·la i estan marcades per un compost fluorescent. Si en aquesta tècnica es combina la còpia de l'ADN amb la cadena auxiliar, aquest compost fluorescent emet un senyal. Aquest aparell permet a més quantificar la reacció, és a dir, mostra el nombre de cèl·lules de Salmonel·la presents en l'aliment. Els resultats del PCR s'analitzen mitjançant gràfics i es realitza una interpretació.
En definitiva, investigadors de la UPV combinen diferents tècniques. D'una banda, utilitzen tècniques d'extracció, per un altre, dissenyen sondes i, finalment, detecten molècules d'ADN i ARN. L'ús d'aquestes últimes tècniques permet accelerar la detecció del bacteri Salmonel·la i augmentar la seguretat alimentària.