La presó va tornar a portar dues veles com el dia anterior. Amb un li va dir que tenia suficient, era estiu i s'enfosquia tard. No obstant això, el carceller li va aconsellar que el guardés, tal vegada li vinguessin bé per a les llargues nits d'hivern. Llavors es va adonar que Diderot no va ser detingut per a dos dies i que podia passar molt de temps a la presó. El seu disgust. Quant hauria d'esperar per a poder continuar amb el projecte de l'enciclopèdia que acabava de posar en marxa?
En 1728, quan va arribar a París als 16 anys, pocs pensava que Denis Diderot es convertiria en tan revolucionari. Va néixer en Langres, fill d'un cuchillero, i, seguint el desig dels seus pares, la seva intenció inicial era convertir-se en sacerdot. Però a París les coses comencen a canviar. Va començar una vida bohemi, els llibres que prenia de la biblioteca eren cada vegada més heterodoxos i, juntament amb els llibres, va canviar de pensament Diderot.
Va decidir ser escriptor i es va dedicar a la traducció. Va traduir obres d'autors anglesos. I en 1746 va publicar de manera anònima Penseés Philosophiques (Pensaments filosòfics). En ell criticava el catolicisme i la fe i reivindicava el deisme. Lloava les obres de Newton, Muschenbroek, Hartzoeker i Nieuwentit: "gràcies al treball d'aquests homes el món ja no és un déu; és una màquina amb les seves rodes, corda, corriola, molls i càrregues". Aquest llibre va ser condemnat pel Parlament.
Aquest mateix any, un editor va encarregar la traducció de la reeixida enciclopaedia anglesa d'Ephraim Chambers. Va ser un treball d'un parell d'anys, si Diderot no hagués imaginat que una simple traducció no era suficient. En el seu lloc, va decidir realitzar una enciclopèdia que recollís tot el coneixement de l'època. Cada tema de l'Encyclopédie serà redactat pel millor expert i finançat per subscripció. A més, se centraria en el pensament crític i escèptic.
Com ell no tenia gran reputació, per a donar solidesa al projecte va ser coeditor el prestigiós matemàtic Jean-Baptiste d'Alembert i membre de l'Acadèmia de Ciències. Entre tots dos ràpid van arribar a un munt de col·laboradors apassionats: escriptors, científics i fins i tot sacerdots... El pla de Diderot estava en marxa.
Però res més començar el projecte, en 1749, va ser detingut. Ja tenia denúncies. En 1747 el rector Hardy Llevaré va dir a la policia: "Els comentaris que fa Diderot deixen clar que és deísta, si no és una mica pitjor. Gireu-vos sobre Jesucrist i la Verge, coses que no m'atreveixo a posar per escrit... Mai he parlat amb aquest jove i no el conec directament, però m'han dit que té un talent increïble i que la seva conversa és molt entretinguda. En una xerrada el Parlament va reconèixer que fa dos anys va ser condemnat i autor d'una de les dues obres cremades. M'han contat que ha treballat durant més d'un any una altra obra, més perillosa per a la religió".
Aquella arriscada obra era Lettre sud els aveugles à l'usage de ceux qui voient (Carta sobre cecs per a ús dels quals poden veure). En aquest breu escrit va escriure sobre la possibilitat d'ensenyar als cecs a llegir a través del tacte (la mateixa idea que Braille hauria desenvolupat un segle després). Però, sobretot, a partir de diverses experiències de cecs (o excuses), va llançar idees contràries a un Déu invisible i va afirmar que el coneixement s'aconsegueix a través dels sentits i no de la revelació celeste. Tot això va suposar per al rei una provocació suficient per a empresonar a Diderot.
Va passar unes setmanes dins i res més sortir va reprendre el projecte de l'enciclopèdia. Hauria d'estar molt atent, ja que tenia clara la seva amenaça, però va mantenir ferma la idea d'ampliar el coneixement basat en la ciència i no en les Sagrades Escriptures, mentre feia el camí del deisme a l'ateisme. A més, després de passar per la presó, es va convertir en un petit heroi per a molts. Va rebre els elogis de Voltaire i es van obrir les portes dels salons de París. En aquests salons es reunien els més progressistes librepentsalistas i intel·lectuals de l'època entorn dels deliciosos plats per a parlar del que no es podia parlar al carrer. I Diderot es va convertir en un dels ponents més actius i apassionats d'aquells salons.
Diderot tenia clares les coses. L'estructura de l'enciclopèdia seria trencadora. Les entrades anaven en ordre alfabètic estricte, no com en els diccionaris de l'època, on s'ordenaven per temes, prevalent la teologia, l'església i la noblesa. I no s'inclouria la biografia perquè no fossin presos per grans homes de la història, sinó per idees, coneixements objectius, manualitats i oficis.
També va trobar maneres de lluitar contra l'església i la religió. Els censors no podien negar, per exemple, l'estudi detallat d'alguns temes bíblics. Per exemple, en l'article escrit pel sacerdot Edme Mallet sobre l'arca de Noè, calcula quantes espècies d'animals hi havia en la Terra, quantes aigües, palles i ovelles (per a carnívors) caldria embarcar, com caldria repartir als animals per a evitar la bolcada del vaixell, quants excrements hauria d'expulsar diàriament Noe i els seus dos fills, etc. En l'entrada "Eucaristia" hi ha una nota que envia al "canibalisme". Etc.
En 1752, quan estaven publicats els dos primers volums de l'enciclopèdia, el Consell Real va prohibir continuar publicant-se. Però gràcies a l'ajuda de Madame Pompadour va poder seguir. En 1759, no obstant això, el Parlament de París, coincidint amb l'església, el va prohibir de nou. D'Alembert, espantat, va abandonar el projecte. Per part seva, Diderot va aconseguir continuar publicant en semiclandestinidad. En 1772, 26 anys després de l'inici del projecte, es va publicar l'últim volum, el 28. En total, l'enciclopèdia es va convertir en el símbol de la Il·lustració amb 20 milions de paraules i 2.885 il·lustracions.
Va tenir molt d'èxit, van vendre 4.000 enciclopèdies. I no era barat: valia un any de salari d'un mestre artesà. Abans de finalitzar el segle s'anaven a imprimir altres 25.000.