En general, si el medicament es pren amb el menjar i les begudes, l'absorció del medicament s'alenteix, per la qual cosa és molt més difícil aconseguir la concentració necessària per a curar en sang. Per exemple, si es prenen medicaments L-dopa i penicil·lina quan l'estómac està ple, queden inactius per l'àcid clorhídric de l'estómac. Altres medicaments s'absorbeixen amb major facilitat si l'estómac està ple, com la nitrofurantoína o l'hidralacina.
Els nutrients que poden existir en l'aparell digestiu influeixen en l'absorció del fàrmac; per exemple, si la tetraciclina antimicrobiana s'uneix al calci, es forma una estructura no absorbible. Per tant, la tetraciclina no ha de prendre's juntament amb la llet, els lactis o els complements que contenen calci. Alguna cosa semblança ocorre amb els medicaments tetraciclina, penicilamina, metilopo i tiroxina i el ferro, per la qual cosa no han de prendre's alhora.
A l'hora de prendre antibiòtics és molt important cuidar l'intestí. L'antibiòtic actua sobre tots els bacteris intestinals, beneficioses i nocives, eliminant totes. Per a recuperar al més aviat possible els bacteris favorables, és de gran ajuda prendre aliments amb bifidobacterias.
Altres fàrmacs actuen sobre la membrana intestinal, afectant l'absorció de molts nutrients. Entre ells es troben els laxants i antiinflamatoris. D'altra banda, els laxants acceleren el moviment intestinal i els nutrients passen menys temps en l'intestí, la qual cosa dificulta la seva absorció. Això afecta principalment a les vitamines A i D i als minerals de calci i fòsfor.
D'altra banda, existeixen medicaments que ajuden a l'eliminació de nutrients i, si es consumeixen durant molt de temps, existeix el risc que es produeixi una manca d'aquests nutrients. Per exemple, si es pren sovint, l'aspirina pot causar manques en vitamina C, potassi i ferro. Per a prevenir la manca, als qui consumeixen molta aspirina els convé prendre fruites i verdures riques en vitamina C i potassi.
Els corticoides també influeixen en l'equilibri de líquids i electròlits i en el nivell de vitamina D. Per això, convé prendre aliments amb vitamina D. En els tractaments prolongats també s'ha de parar esment al calci, ja que la vitamina D és necessària per a absorbir el calci.
Els diürètics també dificulten l'absorció del calci en el ronyó. Així mateix, contribueixen a l'eliminació dels minerals de potassi, sodi, magnesi i zinc, amb el risc que el seu consum prolongat ocasioni manques.
Els antiàcids redueixen l'absorció d'àcid fòlic i ferro, així com els medicaments que redueixen els nivells de colesterol en sang. Aquests, a més, dificulten l'absorció de les vitamines A, D, K i B12.
L'efecte dels fàrmacs no sols es detecta en l'absorció, sinó que a vegades influeix en el metabolisme dels nutrients. Per exemple, alguns medicaments utilitzats per a curar l'artitrisa afecten el metabolisme de l'àcid fòlic. El medicament utilitzat per a curar la tuberculosi, la isocianida, s'uneix a la vitamina B6 i pot causar la seva manca. En tots dos casos, convé prendre més menjar amb aquestes vitamines en els menjars que no prenguem. L'àcid fòlic el tenen principalment les verdures verdes, la fruita i la fruita seca, i la vitamina B6 principalment la carn, els llegums i l'alvocat.
En altres ocasions pot ocórrer que el metge digui que no s'han de prendre certs aliments amb certs medicaments. L'objectiu és augmentar l'efecte del fàrmac. Amb medicaments per a evitar la coagulació de la sang, per exemple, no s'han de prendre aliments rics en vitamina K: familiars de la col, julivert, espinacs... La vitamina K contribueix a la coagulació de la sang.
A més de tot això, cal tenir en compte que molts medicaments influeixen en la idea de menjar. Els antihistamínics i la cortisona augmenten la sensació de fam i el metilfenado fa el contrari. D'altra banda, un dels principals grups de risc de desnutrició ho constitueixen els pacients cancerígens, que sovint sofreixen nàusees i vòmits com a conseqüència del tractament. En l'actualitat s'estan realitzant proves amb aquests pacients mitjançant dietes compostes per aliments de poc color i olor, que esperen tenir menys nàusees i vòmits per a no empitjorar l'estat nutricional dels pacients.