Cependant, nettoyer l'eau utilisée à la maison ou dans l'atelier est plus difficile que de laver le costume de carnaval. L'industrie du papier et celle qui fabrique des pots de conserve ne salit pas l'eau de la même manière. La première génère une pollution chimique et la deuxième pollution organique. Chaque type d'industrie nécessite un système de débogage adapté à sa nature. L'explication de tous prendra fin et, par conséquent, nous ne mentionnerons que les principaux cadavres, même si nous laissons plusieurs choses sur le chemin. Cependant, en raison de son caractère plus général, nous nous référerons en premier lieu à l'épuration des eaux usées urbaines.
Les principales impuretés des eaux usées urbaines sont les minéraux et la matière organique, transportés en suspension ou dissolution. La caractéristique la plus importante des eaux usées urbaines est leur biodégradabilité, c'est-à-dire leur nettoyage par des traitements biologiques. Cependant, avant de réaliser ces traitements biologiques, il existe d'autres processus à suivre :
Les stations d'épuration de notre environnement peuvent être similaires à celles mentionnées ci-dessus, plus simples ou plus complexes. Le degré d'épuration souhaité et les caractéristiques spécifiques des eaux usées déterminent le fonctionnement du débogueur. Parfois, les eaux usées sont soumises à un troisième traitement pour éliminer les composés organiques restants et les sels dissous. Pour ce faire, les adsorts, l'échange d'ions ou l'osmose inverse sont utilisés, mais étant coûteux techniques, leur utilisation est très réduite dans les épurateurs. Un prétraitement et un premier et deuxième traitement des eaux usées urbaines sont généralement effectués.
Les eaux usées industrielles sont du type d'activité industrielle. Cependant, la pollution générée par l'industrie dans l'eau est ponctuelle et est résolue par un épurateur spécifique pour chaque type d'industrie. Les industries agraires et alimentaires produisent une pollution organique élevée et leurs eaux usées sont épurées principalement par des traitements biologiques. Ces eaux ont un traitement similaire à celui décrit pour les eaux usées urbaines.
L'industrie du papier, quant à elle, génère beaucoup de déchets qui ne se dissolvent pas dans l'eau, comme les fibres perdues dans le processus de fabrication et les composants qui améliorent la qualité du papier (carbonate de calcium, silice, amidon...). Par conséquent, les eaux usées générées par cette activité sont nettoyées par épuration physico-chimique, c'est-à-dire par cycles de floculation/décantation. Les principaux polluants sont les hydrocarbures dans les raffineries et dans l'industrie pétrolière. À côté d'eux, les eaux usées versées comprennent la matière organique, les acides, les composés de soufre et de matière en suspension. Toute cette matière est séparée par décantation d'abord et par floculation ensuite. Une épuration biologique peut ensuite être effectuée, mais l'eau ne peut contenir ni métaux ni sulfures. Le processus de débogage mentionné est logiquement valable pour les déversements contrôlés. Malheureusement, le pétrole pollue davantage par des accidents ou par l'utilisation de produits dérivés.
Chaque activité industrielle dispose d'une méthode de débogage spécifique, mais en général ce sont des combinaisons des méthodes mentionnées pour les eaux usées urbaines. Comme la source de pollution est connue et géographiquement ponctuelle, il suffit d'utiliser le débogueur pour résoudre le problème. Dans l'agriculture, cependant, la source de pollution est connue mais très répandue géographiquement. Il est donc plus difficile de faire face à la pollution produite par l'agriculture, car les polluants ne rejoignent pas les rivières dans un lieu particulier, mais de manière dispersée.
Cependant, il existe certaines voies pour combattre la pollution produite par l'agriculture. L'un d'eux peut être la forêt de rivage. Les arbres absorbent les engrais et les pesticides répandus par l'agriculture et les incorporent à leurs cycles biologiques (ils les utilisent comme nourriture) et les polluants n'arrivent pas dans les rivières. L'implantation de ce type de forêts a prouvé son efficacité. Sinon, la rivière est, au moins en partie, capable de consommer et de diluer ces polluants. Cependant, au Pays basque, l'agriculture ne produit pas de pollution extrême. Les eaux usées industrielles et domestiques sont vraiment préoccupantes. Plusieurs fois, des mesures ont été prises, mais il reste encore à faire.