Os hábitats e comunidades da columna de auga caracterízanse principalmente pola súa salinidade. Por tanto, na parte superior do estuario poden aparecer hábitats fluviais e na parte inferior hábitat mariño, pero a medida que se mesturan auga doce e salgada, estableceranse hábitats salobres ou especificamente estuarinos.
No hábitat oligohalino (0.5-5‰) se flocean as partículas máis pequenas e os coloides transportados pola auga do río, aumentando a turbidez da auga. Por iso, aínda que a concentración de alimentos inorgánicos no rango oligohalino é moi elevada, a produción de fitoplancto (algas planctónicas) está limitada pola falta de luz. Con todo, a presenza de sustancias orgánicas procedentes das augas do río permite una comunidade heterótrofa importante. Por tanto, o zooplancton (animais planctónicos) é abundante, pero a diversidade de especies é reducida, predominando nos estuarios do hemisferio norte os copépodos do xénero Eurytemora.
En hábitats mesohalinos (5-18‰) e polihalinos (18-30‰), a medida que a porcentaxe de auga mariña é máis elevado, a concentración e turbidez das partículas é menor. Por iso, no intervalo mesohalino, ao manter a concentración de nutrientes a alto nivel e aumentar a dispoñibilidade lumínica, adóitase dar o máximo desenvolvemento de algas fitoplanctónicas. Na comunidade de salinidade media correspondente a estes hábitats, o fitoplancto está composto principalmente por diatomeas, dinoflagelados e nanoflagelados. Entre os animais planctónicos predominan os copépodos (principalmente do xénero Acartia) e as larvas dalgunhas especies bentónicas (moluscos, poliquetos, etc.).
O hábitat euhalino (30‰) aseméllase máis ao hábitat mariño, con concentracións cada vez máis baixas de alimentos disoltos e particulados. O desenvolvemento do fitoplancto nas augas euhalinas vai diminuíndo. A biomasa do zooplancton é máis baixa, pero a diversidade é moito maior, xa que é a zona á que se estenden a maioría dos grupos e especies mariñas. Copépodos mariños do xénero Calanus, Paracalanus, Acartia, Temora e Oithona, entre outros, cladoceros, apendiculariáceos, ketognatos, medusas e sifonoforos.
Na zona bentónica, os hábitats de substrato brando caracterízanse polo tamaño, exposición e salinidade das partículas do sedimento. En xeral, os hábitats do substrato arenoso exterior son inestables e ben oxigenados. Nestes substratos, o desenvolvemento de microfitobentosas (algas unicelulares) é baixo e os residuos orgánicos non se acumulan debido á alta corrente.
A comunidade biótica, por tanto, está formada por heterótrofos e organismos filtrantes e móbiles. A diversidade adoita ser alta, pero a biomasa é baixa. Destacan os pequenos crustáceos, sobre todo os anfípodos, os poliquetos como Nephtys cirrosa e as eremitas de cangrexo como Pagurus spp.
En substratos fangosos profundos a produción de microfitobentosa está limitada pola luz e baixo a superficie do sedimento a zona convértese en anóxica debido á descomposición da materia orgánica acumulada. Nesta situación, a densidade animal e a biomasa son pequenas, sendo a maioría das especies sedimentarias. Neste hábitat destacan o bivalvo (Abra alba por exemplo), o policeto e os ourizos perforantes de mar ( Echinocardium cordatum ) no interior do sedimento, mentres que na superficie destacan a estrela de mar Ophiura e o gastrópodo Philine.
A chaira intermareal e os hábitats do substrato submareal superficial desenvólvense principalmente en estuarios e estuarios de barra da chaira costeira. Nestas zonas a produción biolóxica é moi alta, sobre todo si son fangosos. A produción de microalgas e a biomasa de consumidores (meiofauna e macrofauna) son elevadas, aínda que a diversidade de especies non é elevada. Na comunidade de area fangosa os organismos máis importantes son algúns policetos e bivalvos como o cerastoderma edule ou berberecho. Nas comunidades de area fangosa de salinidade variable predomina o verme estuarino Arenicola mariña, outras especies de poliquetos, bivalvos ( Cerastoderma , Macoma ) e gastrópodos ( Hydrobia ulvae ) tamén abundan na zona intermareal.
Nas comunidades de lodo de salinidade variable e/ou baixa, os bivalvos ( Scrobicularia plana ) limítanse ás zonas intermareales, predominando os poliquetos ( Hedistes diversicolor ). No límite de influencia mariña, a comunidade de lodos de baixa salinidade está formada por oligoquetos e vermes tubícolas no interior do sedimento e na superficie intermareal pódese observar frecuentemente a cuberta de algas verde-azuis (cianofeos) e diatomeas. A esta zona de moi baixa salinidade pódense engadir algúns invertebrados de auga doce.
En ocasións, nos sedimentos brandos exteriores establécese una importante comunidade de macroalgas superficiais composta principalmente por grandes algas Sargassum muticum invasoras de Laminaria, chorda ou estuarios europeos. Tamén é frecuente o desenvolvemento de pastos de herba mariña Zostera en estuarios: Z. mariña en zonas de alta salinidade e Z. noltii e Z. angustifolia en zonas de menor salinidade.
A distribución de especies dos hábitats de substrato duro ou roca está limitada pola salinidade e a exposición e, en xeral, pola súa importancia nas rías, fiordos e fiardos. Os habitantes máis comúns da comunidade exterior son os gasterópodos ( Littorina spp) e os cirrípedos ( Chthamalus spp) na parte superior intermareal, os mexillóns ( Mytilus spp) e as lapas ( Patella spp) no centro e as algas vermellas ( Corallinacea ) na inferior.
As algas pardas (Fucus, Ascophyllum e Laminaria) tamén abundan nas zonas medias e baixas destas zonas. Na comunidade de salinidade variable redúcese a diversidade de especies e apréciase a importancia dalgunhas algas pardas como Ascophyllum e Fucus. Entre as especies típicas destas comunidades. hai varios cirrípedos ( Semibalanus e Elminius ), briozoos, anfipodos e algas verdes ( Enteromorpha spp). Aínda que a presenza de algas pardas na comunidade de baixa salinidade (Fucus vesiculosus e F. ceranoides principalmente) é evidente, na parte superior predominan as algas verdes Blindigia e Rhizoclonium. Na rexión de moi baixa salinidade non é posible a implantación da maioría das especies de orixe mariña, xa que reduce a salinidade e a superficie aparece colonizada por cianofíceos e diatomeas firmes.
En relación ás crecidas do nivel da auga, nas proximidades dos estuarios atópanse humidais singulares como as marismas en latitudes tépedas e os manglares nos trópicos.
As marismas, do mesmo xeito que os estuarios, son comunidades novas, xa que a maior parte da actualidade comezou a aparecer fai uns 3 mil anos debido ao último aumento do nivel do mar. Desenvólvense principalmente en zonas de lodos protexidas da ondada. Nos estuarios macromareales aparecen grandes marismas e nos micromareales pequenas aparicións. Nestes sistemas a gramínea máis estendida é a do xénero Spartina, sendo as habituais as dos xéneros Salicornia, Halimione, Juncus e Plantago. Nas zonas altas do estuario e na transición ás augas doces, a comunidade marismeña está formada por Typha, Scirpus, Cyperus e Phragmites, en lugar destas especies.
A comunidade de Mangladi está formada por arbustos e/ou árbores halofíticos de 12 ou xéneros, o que se asemella á selva tropical. Debido a que as raíces destas plantas atópanse no substrato salino e anaeróbico, desenvolveron adaptacións morfológicas, anatómicas e fisiológicas específicas que, ademais de reducir o efecto nocivo do sal, permiten obter o osíxeno necesario paira a respiración das raíces. Ligada á vexetación, existe una fauna cunha gran riqueza de especies; a maior diversidade específica observouse nos manglares de Asia Meridional.
Nestas dúas comunidades expostas á marea, a produción primaria é moi alta, pero a maior parte da biomasa producida polas plantas non é consumida polos herbívoros e queda paira o aproveitamento de detritorios e descomponedores. Ademais, gran parte dos detritus xerados nas marismas ou manglares son transportados polas mareas a outros lugares onde se converten na base das cadeas alimenticias detríticas.
Os peixes de mar aberto non necesitan demasiado fondo, pero nos estuarios hai poucas especies de peces totalmente independentes do fondo. A maioría das especies viven cerca do fondo ou sobre o substrato, aínda que en ocasións poden aparecer na columna de auga.
Os peixes de estuarios adóitanse clasificar en catro grupos. O grupo máis numeroso fórmano os migrantes mariños. Estas especies viven e fecundan no mar, pero o estuario é moi apropiado paira os mozos como lugar de cría. O número de especies deste grupo vai aumentando desde latitudes altas até trópicos; os máis coñecidos son os salmonetes ( Mullus sp), as anchoas ( Engraulis sp), os peixes planos e os lengorados ( Soleidae ).
Anadromo de peixe, salmón ( Salmo ), esturión ( Acipenser ), codificación ( Alosa ) e lanproie ( Petromyzontidae ) migran do mar a través das rías paira a súa posterior reprodución en auga doce. Estas especies anádromo son moi importantes nos estuarios fríos do norte. Os catádromo de peixe son máis escasos e os máis coñecidos son as anguías ( Anguilla spp). Estes, tras reproducirse en profundidade, volven aos ríos. Os egoiles do estuario, é dicir, as especies que dan todo o seu ciclo de vida no estuario, presentan en xeral un tamaño reducido e un escaso valor paira a economía humana, pero moi importantes na rede trófica do estuario. Dentro deste grupo destacan os zarbos (gobiidae), os avellanos (atheriniidae) e algúns clupeidos.
As aves tamén son consumidores eficaces en estuarios, sobre todo en estuarios de latitudes altas e medias. Nelas, ademais das poboacións perennes (gaivotas, corvos mariños, algúns patos e galiñas de marisma), poden aparecer especies migratorias (aves achatarradas, gansos e algúns patos), o que xera una comunidade de aves rica e cambiante ao longo do ano.
Á hora de clasificar as aves dos estuarios, adóitase tomar como criterio a comida, os hábitos alimenticios e a actividade alimentaria coa marea. No grupo das aves zancadas atópanse as que se alimentan de peixes, cangrexos e pequenos gasterópodos como garzas, garcetas e ibis. As aves marxinais (tobogán e chorlitejos, kurlintas, pedriscos, etc.) aliméntanse principalmente de cunchas pequenas e lombrigas, e as medusas mariñas de bivalvos.
En xeral, todos eles obteñen alimento en zonas intermareales planas e substratos superficiais en bajamar. Aínda que as aves pesqueiras (corvos mariños, charranes, golondrinas, etc.) aliméntanse de peixes, tamén capturan grandes pelágicos de casca que consumen gran cantidade de comida diferente, incluída o lixo. Paira os patos, as plantas son o principal nutriente, pero aos pequenos animais bentónicos non lles desprezan á hora de completar a súa dieta. Na comunidade de aves da marisma, algunhas especies son arraigadas e alevíns, pero a maior parte delas, como as galiñas da marisma, aliméntanse de gasterópodos, cunchas e insectos do substrato.