Los hábitats y comunidades de la columna de agua se caracterizan principalmente por su salinidad. Por lo tanto, en la parte superior del estuario pueden aparecer hábitats fluviales y en la parte inferior hábitat marino, pero a medida que se mezclan agua dulce y salada, se establecerán hábitats salobres o específicamente estuarinos.
En el hábitat oligohalino (0.5-5‰) se flocean las partículas más pequeñas y los coloides transportados por el agua del río, aumentando la turbidez del agua. Por ello, aunque la concentración de alimentos inorgánicos en el rango oligohalino es muy elevada, la producción de fitoplancton (algas planctónicas) está limitada por la falta de luz. Sin embargo, la presencia de sustancias orgánicas procedentes de las aguas del río permite una comunidad heterótrofa importante. Por lo tanto, el zooplancton (animales planctónicos) es abundante, pero la diversidad de especies es reducida, predominando en los estuarios del hemisferio norte los copépodos del género Eurytemora.
En hábitats mesohalinos (5-18‰) y polihalinos (18-30‰), a medida que el porcentaje de agua marina es más elevado, la concentración y turbidez de las partículas es menor. Por ello, en el intervalo mesohalino, al mantener la concentración de nutrientes a alto nivel y aumentar la disponibilidad lumínica, se suele dar el máximo desarrollo de algas fitoplanctónicas. En la comunidad de salinidad media correspondiente a estos hábitats, el fitoplancton está compuesto principalmente por diatomeas, dinoflagelados y nanoflagelados. Entre los animales planctónicos predominan los copépodos (principalmente del género Acartia) y las larvas de algunas especies bentónicas (moluscos, poliquetos, etc.).
El hábitat euhalino (30‰) se asemeja más al hábitat marino, con concentraciones cada vez más bajas de alimentos disueltos y particulados. El desarrollo del fitoplancton en las aguas euhalinas va disminuyendo. La biomasa del zooplancton es más baja, pero la diversidad es mucho mayor, ya que es la zona a la que se extienden la mayoría de los grupos y especies marinas. Copépodos marinos del género Calanus, Paracalanus, Acartia, Temora y Oithona, entre otros, cladoceros, apendiculariáceos, ketognatos, medusas y sifonoforos.
En la zona bentónica, los hábitats de sustrato blando se caracterizan por el tamaño, exposición y salinidad de las partículas del sedimento. En general, los hábitats del sustrato arenoso exterior son inestables y bien oxigenados. En estos sustratos, el desarrollo de microfitobentosas (algas unicelulares) es bajo y los residuos orgánicos no se acumulan debido a la alta corriente.
La comunidad biótica, por tanto, está formada por heterótrofos y organismos filtrantes y móviles. La diversidad suele ser alta, pero la biomasa es baja. Destacan los pequeños crustáceos, sobre todo los anfípodos, los poliquetos como Nephtys cirrosa y las eremitas de cangrejo como Pagurus spp.
En sustratos fangosos profundos la producción de microfitobentosa está limitada por la luz y bajo la superficie del sedimento la zona se convierte en anóxica debido a la descomposición de la materia orgánica acumulada. En esta situación, la densidad animal y la biomasa son pequeñas, siendo la mayoría de las especies sedimentarias. En este hábitat destacan el bivalvo (Abra alba por ejemplo), el policeto y los erizos perforantes de mar ( Echinocardium cordatum ) en el interior del sedimento, mientras que en la superficie destacan la estrella de mar Ophiura y el gastrópodo Philine.
La llanura intermareal y los hábitats del sustrato submareal superficial se desarrollan principalmente en estuarios y estuarios de barra de la llanura costera. En estas zonas la producción biológica es muy alta, sobre todo si son fangosos. La producción de microalgas y la biomasa de consumidores (meiofauna y macrofauna) son elevadas, aunque la diversidad de especies no es elevada. En la comunidad de arena fangosa los organismos más importantes son algunos policetos y bivalvos como el cerastoderma edule o berberecho. En las comunidades de arena fangosa de salinidad variable predomina el gusano estuarino Arenicola marina, otras especies de poliquetos, bivalvos ( Cerastoderma , Macoma ) y gastrópodos ( Hydrobia ulvae ) también abundan en la zona intermareal.
En las comunidades de fango de salinidad variable y/o baja, los bivalvos ( Scrobicularia plana ) se limitan a las zonas intermareales, predominando los poliquetos ( Hedistes diversicolor ). En el límite de influencia marina, la comunidad de fangos de baja salinidad está formada por oligoquetos y gusanos tubícolas en el interior del sedimento y en la superficie intermareal se puede observar frecuentemente la cubierta de algas verde-azules (cianofeos) y diatomeas. A esta zona de muy baja salinidad se pueden añadir algunos invertebrados de agua dulce.
En ocasiones, en los sedimentos blandos exteriores se establece una importante comunidad de macroalgas superficiales compuesta principalmente por grandes algas Sargassum muticum invasoras de Laminaria, chorda o estuarios europeos. También es frecuente el desarrollo de pastos de hierba marina Zostera en estuarios: Z. marina en zonas de alta salinidad y Z. noltii y Z. angustifolia en zonas de menor salinidad.
La distribución de especies de los hábitats de sustrato duro o roca está limitada por la salinidad y la exposición y, en general, por su importancia en las rías, fiordos y fiardos. Los habitantes más comunes de la comunidad exterior son los gasterópodos ( Littorina spp) y los cirrípedos ( Chthamalus spp) en la parte superior intermareal, los mejillones ( Mytilus spp) y las lapas ( Patella spp) en el centro y las algas rojas ( Corallinacea ) en la inferior.
Las algas pardas (Fucus, Ascophyllum y Laminaria) también abundan en las zonas medias y bajas de estas zonas. En la comunidad de salinidad variable se reduce la diversidad de especies y se aprecia la importancia de algunas algas pardas como Ascophyllum y Fucus. Entre las especies típicas de estas comunidades. hay varios cirrípedos ( Semibalanus y Elminius ), briozoos, anfipodos y algas verdes ( Enteromorpha spp). Si bien la presencia de algas pardas en la comunidad de baja salinidad (Fucus vesiculosus y F. ceranoides principalmente) es evidente, en la parte superior predominan las algas verdes Blindigia y Rhizoclonium. En la región de muy baja salinidad no es posible la implantación de la mayoría de las especies de origen marino, ya que reduce la salinidad y la superficie aparece colonizada por cianofíceos y diatomeas firmes.
En relación a las crecidas del nivel del agua, en las proximidades de los estuarios se encuentran humedales singulares como las marismas en latitudes templadas y los manglares en los trópicos.
Las marismas, al igual que los estuarios, son comunidades jóvenes, ya que la mayor parte de la actualidad comenzó a aparecer hace unos 3 mil años debido al último aumento del nivel del mar. Se desarrollan principalmente en zonas de lodos protegidas del oleaje. En los estuarios macromareales aparecen grandes marismas y en los micromareales pequeñas apariciones. En estos sistemas la gramínea más extendida es la del género Spartina, siendo las habituales las de los géneros Salicornia, Halimione, Juncus y Plantago. En las zonas altas del estuario y en la transición a las aguas dulces, la comunidad marismeña está formada por Typha, Scirpus, Cyperus y Phragmites, en lugar de estas especies.
La comunidad de Mangladi está formada por arbustos y/o árboles halofíticos de 12 o géneros, lo que se asemeja a la selva tropical. Debido a que las raíces de estas plantas se encuentran en el sustrato salino y anaeróbico, han desarrollado adaptaciones morfológicas, anatómicas y fisiológicas específicas que, además de reducir el efecto nocivo de la sal, permiten obtener el oxígeno necesario para la respiración de las raíces. Ligada a la vegetación, existe una fauna con una gran riqueza de especies; la mayor diversidad específica se ha observado en los manglares de Asia Meridional.
En estas dos comunidades expuestas a la marea, la producción primaria es muy alta, pero la mayor parte de la biomasa producida por las plantas no es consumida por los herbívoros y queda para el aprovechamiento de detritorios y descomponedores. Además, gran parte de los detritus generados en las marismas o manglares son transportados por las mareas a otros lugares donde se convierten en la base de las cadenas alimenticias detríticas.
Los peces de mar abierto no necesitan demasiado fondo, pero en los estuarios hay pocas especies de peces totalmente independientes del fondo. La mayoría de las especies viven cerca del fondo o sobre el sustrato, aunque en ocasiones pueden aparecer en la columna de agua.
Los peces de estuarios se suelen clasificar en cuatro grupos. El grupo más numeroso lo forman los migrantes marinos. Estas especies viven y fecundan en el mar, pero el estuario es muy apropiado para los jóvenes como lugar de cría. El número de especies de este grupo va aumentando desde latitudes altas hasta trópicos; los más conocidos son los salmonetes ( Mullus sp), las anchoas ( Engraulis sp), los peces planos y los lengorados ( Soleidae ).
Anadromo de pescado, salmón ( Salmo ), esturión ( Acipenser ), codificación ( Alosa ) y lanproie ( Petromyzontidae ) migran del mar a través de las rías para su posterior reproducción en agua dulce. Estas especies anádromo son muy importantes en los estuarios fríos del norte. Los catádromo de pescado son más escasos y los más conocidos son las anguilas ( Anguilla spp). Éstos, tras reproducirse en profundidad, vuelven a los ríos. Los egoiles del estuario, es decir, las especies que dan todo su ciclo de vida en el estuario, presentan en general un tamaño reducido y un escaso valor para la economía humana, pero muy importantes en la red trófica del estuario. Dentro de este grupo destacan los zarbos (gobiidae), los avellanos (atheriniidae) y algunos clupeidos.
Las aves también son consumidores eficaces en estuarios, sobre todo en estuarios de latitudes altas y medias. En ellas, además de las poblaciones perennes (gaviotas, cormoranes, algunos patos y gallinas de marisma), pueden aparecer especies migratorias (aves achatarradas, gansos y algunos patos), lo que genera una comunidad de aves rica y cambiante a lo largo del año.
A la hora de clasificar las aves de los estuarios, se suele tomar como criterio la comida, los hábitos alimenticios y la actividad alimentaria con la marea. En el grupo de las aves zancadas se encuentran las que se alimentan de peces, cangrejos y pequeños gasterópodos como garzas, garcetas y ibis. Las aves marginales (tobogán y chorlitejos, kurlintas, pedriscos, etc.) se alimentan principalmente de conchas pequeñas y lombrices, y las medusas marinas de bivalvos.
En general, todos ellos obtienen alimento en zonas intermareales planas y sustratos superficiales en bajamar. Aunque las aves pesqueras (cormoranes, charranes, golondrinas, etc.) se alimentan de peces, también capturan grandes pelágicos de cáscara que consumen gran cantidad de comida diferente, incluida la basura. Para los patos, las plantas son el principal nutriente, pero a los pequeños animales bentónicos no les desprecian a la hora de completar su dieta. En la comunidad de aves de la marisma, algunas especies son arraigadas y alevines, pero la mayor parte de ellas, como las gallinas de la marisma, se alimentan de gasterópodos, conchas e insectos del sustrato.