Els hàbitats i comunitats de la columna d'aigua es caracteritzen principalment per la seva salinitat. Per tant, en la part superior de l'estuari poden aparèixer hàbitats fluvials i en la part inferior hàbitat marí, però a mesura que es barregen aigua dolça i salada, s'establiran hàbitats salobres o específicament estuarinos.
En l'hàbitat oligohalino (0.5-5‰) es flocean les partícules més petites i els col·loides transportats per l'aigua del riu, augmentant la terbolesa de l'aigua. Per això, encara que la concentració d'aliments inorgànics en el rang oligohalino és molt elevada, la producció de fitoplàncton (algues planctòniques) està limitada per la falta de llum. No obstant això, la presència de substàncies orgàniques procedents de les aigües del riu permet una comunitat heteròtrofa important. Per tant, el zooplancton (animals planctònics) és abundant, però la diversitat d'espècies és reduïda, predominant en els estuaris de l'hemisferi nord els copèpodes del gènere Eurytemora.
En hàbitats mesohalinos (5-18‰) i polihalinos (18-30‰), a mesura que el percentatge d'aigua marina és més elevat, la concentració i terbolesa de les partícules és menor. Per això, en l'interval mesohalino, en mantenir la concentració de nutrients a alt nivell i augmentar la disponibilitat lumínica, se sol donar el màxim desenvolupament d'algues fitoplanctónicas. En la comunitat de salinitat mitjana corresponent a aquests hàbitats, el fitoplàncton està compost principalment per diatomees, dinoflagelados i nanoflagelados. Entre els animals planctònics predominen els copèpodes (principalment del gènere Acartia) i les larves d'algunes espècies bentòniques (mol·luscos, poliquetos, etc.).
L'hàbitat euhalino (30‰) s'assembla més a l'hàbitat marí, amb concentracions cada vegada més baixes d'aliments dissolts i particulados. El desenvolupament del fitoplàncton en les aigües euhalinas va disminuint. La biomassa del zooplancton és més baixa, però la diversitat és molt major, ja que és la zona a la qual s'estenen la majoria dels grups i espècies marines. Copèpodes marins del gènere Calanus, Paracalanus, Acartia, Temora i Oithona, entre altres, cladoceros, apendiculariáceos, ketognatos, meduses i sifonoforos.
En la zona bentònica, els hàbitats de substrat tou es caracteritzen per la grandària, exposició i salinitat de les partícules del sediment. En general, els hàbitats del substrat arenós exterior són inestables i ben oxigenats. En aquests substrats, el desenvolupament de microfitobentosas (algues unicel·lulars) és baix i els residus orgànics no s'acumulen a causa de l'alt corrent.
La comunitat biòtica, per tant, està formada per heteròtrofs i organismes filtrants i mòbils. La diversitat sol ser alta, però la biomassa és baixa. Destaquen els petits crustacis, sobretot els anfípodos, els poliquetos com Nephtys cirrosa i les eremitas de cranc com Pagurus spp.
En substrats fangosos profunds la producció de microfitobentosa està limitada per la llum i sota la superfície del sediment la zona es converteix en anòxica a causa de la descomposició de la matèria orgànica acumulada. En aquesta situació, la densitat animal i la biomassa són petites, sent la majoria de les espècies sedimentàries. En aquest hàbitat destaquen el bivalve (Obri alba per exemple), el policeto i els eriçons perforants de mar ( Echinocardium cordatum ) a l'interior del sediment, mentre que en la superfície destaquen l'estrella de mar Ophiura i el gastrópodo Philine.
La plana intermareal i els hàbitats del substrat submareal superficial es desenvolupen principalment en estuaris i estuaris de barra de la plana costanera. En aquestes zones la producció biològica és molt alta, sobretot si són fangosos. La producció de microalgas i la biomassa de consumidors (meiofauna i macrofauna) són elevades, encara que la diversitat d'espècies no és elevada. En la comunitat de sorra fangosa els organismes més importants són alguns policetos i bivalves com el cerastoderma edule o escopinya. En les comunitats de sorra fangosa de salinitat variable predomina el cuc estuarino Arenicola marina, altres espècies de poliquetos, bivalves ( Cerastoderma , Macoma ) i gastrópodos ( Hydrobia ulvae ) també abunden en la zona intermareal.
En les comunitats de fang de salinitat variable i/o baixa, els bivalves ( Scrobicularia plana ) es limiten a les zones intermareals, predominant els poliquetos ( Hedistes diversicolor ). En el límit d'influència marina, la comunitat de fangs de baixa salinitat està formada per oligoquetos i cucs tubícolas a l'interior del sediment i en la superfície intermareal es pot observar sovint la coberta d'algues verda-blaves (cianofeos) i diatomees. A aquesta zona de molt baixa salinitat es poden afegir alguns invertebrats d'aigua dolça.
A vegades, en els sediments tous exteriors s'estableix una important comunitat de macroalgas superficials composta principalment per grans algues Sargassum muticum invasores de Laminaria, chorda o estuaris europeus. També és freqüent el desenvolupament de pastures d'herba marina Zostera en estuaris: Z. marina en zones d'alta salinitat i Z. noltii i Z. angustifolia en zones de menor salinitat.
La distribució d'espècies dels hàbitats de substrat dur o roca està limitada per la salinitat i l'exposició i, en general, per la seva importància en les ries, fiords i fiardos. Els habitants més comuns de la comunitat exterior són els gasteròpodes ( Littorina spp) i els cirrípedos ( Chthamalus spp) en la part superior intermareal, els musclos ( Mytilus spp) i les llepasses ( Patella spp) en el centre i les algues vermelles ( Corallinacea ) en la inferior.
Les algues marrons (Fucus, Ascophyllum i Laminaria) també abunden en les zones mitjanes i baixes d'aquestes zones. En la comunitat de salinitat variable es redueix la diversitat d'espècies i s'aprecia la importància d'algunes algues marrons com Ascophyllum i Fucus. Entre les espècies típiques d'aquestes comunitats. hi ha varis cirrípedos ( Semibalanus i Elminius ), briozoos, anfipodos i algues verdes ( Enteromorpha spp). Si bé la presència d'algues marrons en la comunitat de baixa salinitat (Fucus vesiculosus i F. ceranoides principalment) és evident, en la part superior predominen les algues verdes Blindigia i Rhizoclonium. A la regió de molt baixa salinitat no és possible la implantació de la majoria de les espècies d'origen marí, ja que redueix la salinitat i la superfície apareix colonitzada per cianofíceos i diatomees fermes.
En relació a les crescudes del nivell de l'aigua, en les proximitats dels estuaris es troben aiguamolls singulars com els marenys en latituds temperades i els manglars en els tròpics.
Els marenys, igual que els estuaris, són comunitats joves, ja que la major part de l'actualitat va començar a aparèixer fa uns 3 mil anys a causa de l'últim augment del nivell de la mar. Es desenvolupen principalment en zones de llots protegides de l'onatge. En els estuaris macromareales apareixen grans marenys i en els micromareales petites aparicions. En aquests sistemes la gramínia més estesa és la del gènere Spartina, sent les habituals les dels gèneres Salicornia, Halimione, Juncus i Plantago. En les zones altes de l'estuari i en la transició a les aigües dolces, la comunitat marismeña està formada per Typha, Scirpus, Cyperus i Phragmites, en lloc d'aquestes espècies.
La comunitat de Mangladi està formada per arbustos i/o arbres halofíticos de 12 o gèneres, la qual cosa s'assembla a la selva tropical. Pel fet que les arrels d'aquestes plantes es troben en el substrat salí i anaeròbic, han desenvolupat adaptacions morfològiques, anatòmiques i fisiològiques específiques que, a més de reduir l'efecte nociu de la sal, permeten obtenir l'oxigen necessari per a la respiració de les arrels. Lligada a la vegetació, existeix una fauna amb una gran riquesa d'espècies; la major diversitat específica s'ha observat en els manglars d'Àsia Meridional.
En aquestes dues comunitats exposades a la marea, la producció primària és molt alta, però la major part de la biomassa produïda per les plantes no és consumida pels herbívors i queda per a l'aprofitament de detritorios i descomponedors. A més, gran part dels detritus generats en els marenys o manglars són transportats per les marees a altres llocs on es converteixen en la base de les cadenes alimentoses detrítiques.
Els peixos de mar oberta no necessiten massa fons, però en els estuaris hi ha poques espècies de peixos totalment independents del fons. La majoria de les espècies viuen prop del fons o sobre el substrat, encara que a vegades poden aparèixer en la columna d'aigua.
Els peixos d'estuaris se solen classificar en quatre grups. El grup més nombrós el formen els migrants marins. Aquestes espècies viuen i fecunden en la mar, però l'estuari és molt apropiat per als joves com a lloc de cria. El nombre d'espècies d'aquest grup va augmentant des de latituds altes fins a tròpics; els més coneguts són els rogers ( Mullus sp), les anxoves ( Engraulis sp), els peixos plans i els lengorados ( Soleidae ).
Anadromo de peix, salmó ( Salm ), esturió ( Acipenser ), codificació ( Alosa ) i lanproie ( Petromyzontidae ) migren de la mar a través de les ries per a la seva posterior reproducció en aigua dolça. Aquestes espècies anádromo són molt importants en els estuaris freds del nord. Els catádromo de peix són més escassos i els més coneguts són les anguiles ( Anguilla spp). Aquests, després de reproduir-se en profunditat, tornen als rius. Els egoiles de l'estuari, és a dir, les espècies que donen tot el seu cicle de vida en l'estuari, presenten en general una grandària reduïda i un escàs valor per a l'economia humana, però molt importants en la xarxa tròfica de l'estuari. Dins d'aquest grup destaquen els zarbos (gobiidae), els avellaners (atheriniidae) i alguns clupeidos.
Els ocells també són consumidors eficaços en estuaris, sobretot en estuaris de latituds altes i mitjanes. En elles, a més de les poblacions perennes (gavines, corbs de mar, alguns ànecs i gallines de mareny), poden aparèixer espècies migratòries (ocells achatarradas, oques i alguns ànecs), la qual cosa genera una comunitat d'ocells rica i canviant al llarg de l'any.
A l'hora de classificar els ocells dels estuaris, se sol prendre com a criteri el menjar, els hàbits alimentosos i l'activitat alimentària amb la marea. En el grup dels ocells gambades es troben les que s'alimenten de peixos, crancs i petits gasteròpodes com a garses, garcetas i ibis. Els ocells marginals (tobogan i chorlitejos, kurlintas, pedres, etc.) s'alimenten principalment de petxines petites i cucs, i les meduses marines de bivalves.
En general, tots ells obtenen aliment en zones intermareals planes i substrats superficials en baixamar. Encara que els ocells pesquers (corbs de mar, charranes, orenetes, etc.) s'alimenten de peixos, també capturen grans pelàgics de pela que consumeixen gran quantitat de menjar diferent, inclosa les escombraries. Per als ànecs, les plantes són el principal nutrient, però als petits animals bentònics no els menyspreen a l'hora de completar la seva dieta. En la comunitat d'ocells del mareny, algunes espècies són arrelades i alevins, però la major part d'elles, com les gallines del mareny, s'alimenten de gasteròpodes, petxines i insectes del substrat.