Els primers canvis importants en el paisatge d'Euskal Herria produïts per la humanitat van tenir lloc en el neolític, amb l'arribada de la ramaderia i l'agricultura. Els ramaders van cremar les altes muntanyes i les van convertir en pastures, iniciant el procés de desforestació que va seguir almenys fins a l'Edat Moderna. En contra del que molts creuen, l'origen dels pasturatges és un fet ancestral, com s'ha pogut comprovar analitzant el pol·len de diversos jaciments, a Guipúscoa quedaven molt pocs boscos per a l'Edat del Ferro, ja que tant falgueres com bruguerars dominaven.
Amb l'eliminació del bosc també s'alteren les fonts d'energia en els rierols: la desaparició de la fullaraca que constituïa la base de la comunitat i la transformació de les algues en la farratge principal, la qual cosa va provocar una gran alteració de la fauna d'invertebrats. Sense ombra, la temperatura de l'aigua augmenta i algunes espècies d'aigua freda que només viuen en les deus es van perdre o van disminuir. A més, l'erosió va augmentar considerablement, la qual cosa va provocar una progressiva pèrdua de capacitat d'acumulació d'aigua en les conques, forts descensos dels cabals i fortes inundacions i sequeres.
Durant les pluges els rius van transportar gran quantitat de fang, provocant la inertització de l'entrada d'oxigen entre les pedres precioses del fons i la destrucció dels rules de molts peixos. Tot això va ocasionar problemes a diferents espècies, sobretot de clima fred. És el cas del salmó: El País Basc està pròxim al límit sud de la distribució d'aquesta espècie i està estretament lligat a les aigües fresques i transparents, que van començar a perdre's en el Neolític.
A pesar que en la Prehistòria i l'Antiguitat els principals modeladors del paisatge a Euskal Herria van ser els ramaders, no podem oblidar als agricultors, que també van transformar bastant les planes.
L'expansió de les terres agrícoles va ser molt lenta, depenent de l'aparició de noves tècniques, però en l'Edat de Ferro ja es conreava blat en les hortes de Guipúscoa i, per descomptat, en el sud d'Àlaba o Navarra. De fet, en alguns jaciments prehistòrics queda patent la importància de l'agricultura en zones com la Rioja. A les comarques àrides d'Euskal Herria, probablement, s'utilitzarien les extenses terres de les riberes, una vegada tallats els boscos autòctons. La importància dels boscos de ribera és important, ja que a més de ser un hàbitat imprescindible per a moltes espècies, controlen l'estructura del llit i la qualitat de les aigües. Els troncs caiguts formen preses de fusta oferint burladors per a diferents animals i, en general, augmentant la diversitat d'hàbitats. La tala d'aquests boscos anava empobrint l'estructura i les comunitats dels rius.
Un altre important canvi que van sofrir els rius d'Euskal Herria àrida en l'Antiguitat va venir de la mà dels romans, que van ser els primers a realitzar conduccions d'aigua, llargs llits, preses i aqüeductes.
La cultura dels ramaders i agricultors sorgida en el Neolític i que es va estendre per les Edats del Bronze i del Ferro va permetre incrementar la població. El creixent nombre de persones i l'eficàcia de la tecnologia van fer que Euskal Herria sofrís una gran transformació en l'Edat mitjana.
Malgrat els escassos canvis tecnològics que va sofrir el pasturatge, va créixer durant segles i va aconseguir la seva màxima esplendor a la fi de l'Edat mitjana. La llana es va convertir en el principal recurs de la Península Ibèrica, per la qual cosa els ramaders, reunits en germanors, van cobrar una gran força. Entre les restes d'aquella època es troben els seles i les vies pecuàries, però també els paisatges com les Bardenas, testimonis de la forta erosió, com el delta que es va crear en la zona de la ribera o en la desembocadura del riu Ebre a la fi de l'Edat mitjana.
Els pobles també van créixer notablement en l'Edat mitjana. La gent vivia en viles emmurallades (Baiona, Elorrio o Puente la Reina, per exemple, han mantingut l'estructura medieval en els barris antics), i com no hi havia sistemes de depuració, aquest tipus de piles va generar importants problemes de contaminació en molts llocs. No hi ha més que recordar les morts per epidèmies, moltes relacionades amb l'aigua. Des de llavors no era possible, per tant, beure aigua de qualsevol riu.
L'agricultura va conèixer un gran avanç en la vessant sud, ja que els moros van introduir importants millores en els sistemes de reg, la qual cosa va provocar un augment considerable de les collites que es podien obtenir de les àrides terres pròximes als rius principals.
La producció de gra va augmentar i els rius i rierols més escarpats es van omplir de molins, ja que la principal font d'energia era l'aigua. Tenien una gran importància estratègica i no és d'estranyar que els millors molins es defensessin a través de les cases torre, tal com mostren els exemples que queden avui dia. Els molins van tenir una gran influència en les regates, ja que la majoria dels rierols escarpats que fins llavors no havien estat prescrits van quedar coberts de barretes insuperables per a peixos. Els salmons eren abundants en l'Ánsar (molts obrers es van revoltar perquè només els donaven per a menjar), però van començar a disminuir amb rapidesa a causa de les preses, entre altres coses.
Amb el comerç s'anaven estenent noves formes de vida i costums, i una d'elles va influir bastant en les comunitats dels nostres rius lents: la carpa que creixia en els monestirs com a substitut de la carn va arribar al sud d'Europa durant l'Edat mitjana. La contaminació biològica, per tant, té profundes arrels entre nosaltres.
En l'Edat Moderna va arribar la major revolució que ha conegut l'agricultura en la vessant nord d'Euskal Herria: el caseriu. XVI. En el segle XVIII es van portar d'Amèrica el blat de moro, les mongetes, la patata i altres plantes, que van duplicar o van triplicar la fertilitat de les terres agrícoles. Gràcies a això, les terres que fins llavors eren inexplotables al País Basc humit van ser rendibles i es van crear o van enfortir les ‘bordes’, cases allunyades del poble i envoltades de camps.
Al principi la gent vivia al poble, però la superpoblació va provocar que algunes famílies es traslladessin a viure a la borda. Encara en alguns llocs de Navarra s'han repetit els noms de moltes cases (la casa Peustenea al poble i el caseriu Peustenea Borda), testimoni d'aquells temps. La desforestació de la vessant nord va conèixer el màxim nivell amb la construcció de caserius per onsevulla. En el segle XX. A més, la conversió de grans extensions de terres en camps de cultiu va permetre una forta erosió que va deixar petjada en els rius.
Els rius van cobrar cada vegada més importància com a font d'energia. Antigament només s'explotava en els molins, però amb el temps van augmentar els usos de la força d'aigua: es van instal·lar teles, cordobanas, serradores, ferrerías, etc. en qualsevol lloc on hi havia suficient pendent. A diferència del que ocorria fins llavors, la riba del riu va començar a omplir-se de construccions, convertint el canal en una presa i una cadena de cascada.
El comerç també es va enfortir en l'Edat Moderna i amb ell la importància del transport. Els rierols mitjans i els rius s'han utilitzat tradicionalment per al transport. Per a això no es va treballar molt al principi, simplement es va netejar el llit amb troncs. Amb el temps, no obstant això, s'utilitzaven embarcacions cada vegada més grans, la qual cosa va provocar problemes, ja que els rius eren molt variables i la navegació era difícil. D'aquesta manera, la majoria dels nostres grans rius van canviar radicalment: es van eliminar els meandres, es van drenar les planes d'inundació, es van assecar els aiguamolls de ribera, es van cobrir els llacs de ferradura, es va canalitzar el llit, es va dragar el fons, es van eliminar les barres de sorra, etc. Com a conseqüència d'això, aquests rius presenten una estructura molt més senzilla i de menor diversitat que antany, i a vegades canals molt artificials. És el cas d'Aturri, que en el seu moment sortia a la mar en l'Antiga Desembocadura, però en 1578 se li va fer un nou recorregut per Baiona.
La Revolució Industrial va deixar una petjada profunda a Euskal Herria. D'una banda, les antigues ferrerías i la majoria dels molins es van anar tancant a la fi del segle passat i principis d'aquest, però les centrals elèctriques van ocupar el seu lloc en els rierols més escarpats (a banda i banda del Pirineu i a Guipúscoa). A causa de la necessitat d'un gran salt en la generació d'electricitat, els llargs canals desvien la major part de l'aigua del llit i els llargs trams de molts rierols es deixen pràcticament secs.
D'altra banda, la indústria va portar amb si un enorme creixement, sobretot a Guipúscoa i Bizkaia. La indústria del paper i l'acer van omplir la major part de les planes d'inundació de fàbriques i, amb l'alegria de l'expansió econòmica, la major part dels rierols d'aquests territoris van tacar amb nivells de contaminació desconeguts en el món. A més dels peixos, la majoria dels altres éssers vius es van exiliar del riu per sempre.
No obstant això, el creixement industrial va tenir majors conseqüències. Mentre que en els grans pobles de Bizkaia i Guipúscoa el nombre d'habitants augmentava considerablement, els caserius es van buidar, canviant el pi en els antics tancaments i pasturatges. Això fa que avui tinguem la major superfície forestal que s'ha vist a Euskal Herria en els últims 4.000 anys. La gestió d'aquests boscos en molts casos és molt deficient: es construeixen massa pistes i pitjors, es realitzen grans matarrasas en zones escarpades, i a vegades es produeix una bolcada prèvia a la següent plantació, la qual cosa ha provocat una forta erosió en molts llocs. No hi ha més que mirar el fons de molts rius d'Euskal Herria, ja que l'argila és sovint el principal sediment.
A mitjan aquest segle la industrialització en les planes de Lapurdi, Navarra i Àlaba va revolucionar el cultiu gràcies a les noves màquines, abonaments químics, pesticides i tècniques. Una de les conseqüències més notables de l'agricultura moderna ha estat la concentració parcel·lària, però també l'excessiva fertilització i la contaminació dels pesticides en els rius.
Una vegada que l'abonament arriba a l'aigua, les algues augmenten molt, disminuint la qualitat de l'aigua i provocant molèsties a alguns animals. Aquesta contaminació difusa no pot ser abordada a través de depuradores, sinó que les millors solucions que es coneixen són les relacionades amb l'estructura original del riu: els boscos i aiguamolls de ribera, els llits sinuosos i divertits i els llacs de ferra confereixen als rius una enorme capacitat d'autodepuració. Una vegada desapareguts, no obstant això, és molt difícil evitar la contaminació agrícola.
Un altre element nou que aquest segle ha portat als nostres rius són els grans embassaments com els d'Aquesta, Añarbe o Uribarri. Aquests alteren substancialment l'estructura del riu i el seu règim d'aigües. Els que s'utilitzen per al subministrament d'aigua deixen un cabal molt baix però constant en el riu, mentre que els productors d'electricitat, a més de tenir forts descensos de cabal una o dues vegades al dia, generalment alliberen aigua de fons, freda i sovint pobra en oxigen.
Amb això s'ha reduït el transport de sediments i la freqüència d'inundacions, la qual cosa ha influït notablement en els sòls de les planes d'inundació. El delta de l'Ebre, per exemple, està desapareixent en les últimes dècades, ja que en els grans embassaments queden els sediments necessaris per a mantenir-lo.
L'afecció del subministrament d'aigua pot ser analitzada en un altre apartat, ja que totes les deus han estat plens de canonades, per la qual cosa els rierols porten molt menys aigua que abans i a penes tenen capacitat per a diluir la contaminació que produeixen els caserius o per a retenir els éssers vius aquàtics.
Les planes d'inundació són zones perilloses en les pluges, per la qual cosa antigament no es construïen cases. No obstant això, la ubicació de molins i ferrerías en la riba del riu ha estat imprescindible, i a poc a poc aquestes zones van ser ocupades per construccions; en els dos últims segles la riba de l'aigua ha estat el lloc triat per a construir fàbriques i cases.
En augmentar els danys de les inundacions (no la magnitud de les inundacions) els rius han estat canalitzats i dragatges a la recerca d'un funcionament hidràulic “perfecte”. No obstant això, amb això s'ha deteriorat el seu funcionament biològic, trencant la relació entre el riu i la plana d'inundació, limitant la capacitat d'autodepuració i eliminant els refugis dels éssers vius dels rius.
Entre els canvis que s'han produït en l'Edat Contemporània cal esmentar també la contaminació biològica, que, a pesar que com ja s'ha esmentat anteriorment, en l'últim segle s'ha agreujat la influència d'espècies exòtiques, impulsades per la gent (el cas del lucio i la perca americana) o no (el cocuento, el visó americà). El lucio ha tingut una gran influència en les poblacions de peixos locals i s'ha atribuït al visó americà el declivi del talp d'aigua en diversos punts de la Península. A petició dels pescadors, molts rierols s'han proveït de peixos de piscifactoria. En alguns casos s'han utilitzat espècies foranes (principalment truita arc de Sant Martí) i en altres varietats externes. En Bizkaia, per exemple, durant molts anys s'han alliberat les truites noruegues, eliminant els genotips locals adaptats als diferents rierols.
En els últims temps s'han generat noves actuacions i els nous usos del mitjà han suposat una alteració dels paisatges fluvials. La gàbia, el rafting, el turisme verd i altres activitats amb noms cada vegada més estrafolaris s'han posat de moda i molts rius s'estan adaptant a ells. Per descomptat, alguns canvis poden ser beneficiosos.
Així mateix, com a reflex de la mentalitat verda d'avui, s'han protegit alguns rius: Boscos de diverses riberes de Navarra o la zona guipuscoana del riu Leitzaran. Encara queda per veure la influència d'aquestes fórmules de protecció, però cal tenir en compte que el cabal d'aigua per a mantenir el riu sa ha de sofrir variacions, la qual cosa és molt difícil amb la forma actual d'aprofitament.
Donada l'alta capacitat de recuperació dels rius i rierols, el futur està en part a les nostres mans. És molt representatiu observar com els rius més castigats per la contaminació han estat recuperats com a conseqüència de la crisi industrial.
En Oria i Urola, per exemple, en els rius que fa vint anys només eren embornals amb males olors, avui dia hi ha peixos i altres animals. Això té gran importància en la percepció del paisatge i en la relació de la gent amb l'entorn.
Les lleis de la Unió Europea també portaran grans canvis als nostres rius i la qualitat de les aigües millorarà gràcies a la depuració de les aigües. No obstant això, el problema de la contaminació agrícola no se solucionarà amb tanta facilitat, ja que a penes hem deixat lloc per a reformar els boscos de ribera.
En altres països (Alemanya, Anglaterra i Dinamarca) s'ha començat a treballar en la millora del funcionament dels rius mitjançant la plantació d'alisedas, la reconstrucció de meandres i altres actuacions, mentre que a Euskal Herria encara s'ha fet poc.
Com s'ha esmentat anteriorment, els rius són sistemes molt dinàmics que responen als canvis que es produeixen en la conca. La societat està creant contínuament noves formes d'explotació de l'entorn i els rius seran testimonis d'aquests canvis.
És urgent utilitzar diferents usos (ex. : la combinació de la pesca, l'oci, el subministrament d'aigua, la navegació, etc., ja que moltes vegades és molt possible que reduint lleugerament l'ús principal (la producció d'electricitat, per exemple) es produeixi un augment significatiu del rendiment d'uns altres (com la pesca). L'alta variabilitat natural dels rius els permet una resposta més ràpida que la d'altres ecosistemes, la qual cosa ens permet observar els resultats positius d'una bona gestió molt abans.