Nos bosques de ribeira e nos bosques de ribeira é difícil separar a fauna das beiras da do río, salvo os peixes que pasan toda a súa vida en augas fluviais, xa que a maioría dos demais animais destas zonas están intimamente relacionados coas súas beiras e co río: uns porque viven no río e viven na súa beira; outros porque atravesan varias etapas do seu ciclo de vida en augas e outras nas súas beiras; e outros porque periodicamente non renuncian á explotación dos recursos do ecosistema inmediato. É dicir, as faunas dos ríos e marxes son practicamente inseparables.
Nos meandros, nas canles maternas, nas canles secundarias e nas augas estancadas dominantes neste tipo de zonas, atópanse condicións adecuadas paira a vida de numerosas especies de invertebrados. Entre os anélidos, son abundantes os oligoquetos dos xéneros Stylaria e Tubifex, así como os hirudineos como as criaturas. Os bivalvos dos xéneros Sphaerium e Pisidium son a principal fonte de alimentación de numerosas especies de peces. Con todo, en augas estancadas con abundante vexetación pódense atopar gasterópodos de xénero como Lymnaea, Planorbis, Ancylus, Acroloxus ou Viviparus.
Con todo, os artrópodos son, sen dúbida, os ecosistemas húmidos máis abundantes e con máis especies. En canto aos crustáceos, unha alta porcentaxe do zooplancton está formado por entomostráceos, colepodos e outros crustáceos microscópicos.
Nos fondos tamén abundan os ostracodos. Os máis coñecidos son os crustáceos macroscópicos como o cangrexo de río, as quisquillas, os isópodos do xénero Asellus, os anfípodos do xénero Gammarus...
Entre os insectos, aínda que hai especies que realizan todo o seu ciclo de vida na auga, son máis abundantes as que realizan a fase larvaria do ciclo de vida na auga e a fase adulta en terra. Entre estas últimas, pola súa espectacular anatomía corporal, merecen especial mención os odonatos (broches e brochetas). Gomphus, Anax, Calopteryx, Sialis... son moitas as especies de xénero que habitan nas augas estancadas das ribeiras dos ríos e dos bosques de ribeira, aínda que en fase larvaria e de madurez non se afastan demasiado destes aspectos.
Pero, ademais dos odonatos, hai outros insectos estreitamente relacionados cos ecosistemas dos ríos e marxes. As larvas acuáticas dos efemerópteros, que se caracterizan por ter un período de maduración moi curto, constitúen una parte importante da dieta dos vertebrados destes ecosistemas, así como as larvas dos tricópteros que se caracterizan por vivir dentro dos condutos que eles mesmos constrúen ou as larvas dos nematoceros (mosquitos) que deben aproximar a superficie da auga paira poder respirar.
Entre os efemerópteros, algunhas especies dos xéneros Cloeon, Caenis, Ephemera ou Heptagenia son moi visibles nos nosos ríos.
Entre os tricópteros destacan Limnophilus, Glyphotaelius, Anabolia, Crunoecia, Goera, Molanna... Entre os nematoceros destacan os xéneros Culex, Corethra, Chironomus ou Simulium.
Entre os que pasan todo o seu ciclo de vida na auga destacan os coleópteros. Aínda que os adultos recollen o aire debaixo dos elípticos, teñen que subir a miúdo á superficie da auga paira respirar. A maioría das especies, tanto en fase larvaria como adulta, son carnívoros e hábiles nadadores e mergulladores. Entre os coleópteros acuáticos destacan varias especies dos xéneros Acilius, Dytiscus, Platambus, Gyrinus e Hydrous.
En canto aos vertebrados, estes bosques húmidos presentan una riqueza e diversidade inmensa. Entre os anfibios, os máis abundantes son o tritón marmolaire, a ra común e o sapo común e o corredor, pero na rexión mediterránea, aos que hai que sumar o txantxikua, o sapo espolón e o sapo pintado ibérico.
En canto aos réptiles, ademais das especies de serpes nadadoras (serpe véspera e serpe alomada), pódese observar nestas zonas un galápago encharcado e corrente nos bosques de ribeira ao sur do territorio, así como un dragón común.
Entre os mamíferos, os máis coñecidos son a nutria, o visón acuático e a cola común, o que non significa que sexan os máis grandes, xa que os micromamíferos son moitos máis. Numerosas especies de sargos, sargos, topos, ratos e ratas explotan a gran cantidade de recursos tróficos que lles ofrece estes bosques de auga e terra. Ademais, existen outros mamíferos que, sen pertencer a estes ecosistemas, son frecuentes nos mesmos, como o tejón, o raposo, a gineta, a garduña ou o gato montés.
Con todo, como ocorre na maioría dos outros tipos de humidais, as aves son as máis abundantes entre os vertebrados, xa que ademais da maior parte das especies de aves adaptadas a vivir en ecosistemas húmidos e acuáticos, nas árbores dos bosques e bosques de ribeira das ribeiras e nas zonas de vexetación densa conviven numerosas especies terrestres. No sur de Euskal Herria, ademais, paira as citadas aves terrestres, estes bosques son de gran importancia, xa que as grandes explotacións agrarias desta comarca fixeron que o resto dos tipos de bosques convértanse nun baleiro, polo que os bosques de ribeira son as únicas zonas nas que se atopan estas aves paira vivir.
Nos ríos da rexión eurosiberiana, o merlo acuático, o martín pescador, o madroño e a lavandeira amarela son os máis dependentes da auga, xa que alí aliméntanse. Nas alisedas que se forman nas beiras dos citados ríos pódense observar numerosos paseriformes, como chisecos, refractarios, caraveis e amillitas, zorzales e merlos, txepetxas, pajaritos, etc.
Nos bosques de ribeira da rexión mediterránea, ademais das alisedas mencionadas, nas proximidades da auga, habitan aves como os brezos e as bucas; varias especies de pato; cegoñas; garcetas, garcetas e paxaros; galiñas e foces...
Con todo, nos escarpes erosivos que xera a dinámica dos ríos no exterior dos meandros, aves como a cornixa ou o diluvio atopan as condicións adecuadas paira nidificar. Por outra banda, nos carrizales que se desenvolven con frecuencia nas canles maternas ou secundarias, habitan aves como carrizales, carrizales, juncos, verdinas ou requisos.
Con todo, a maior riqueza de aves atópase nos macizos e choperas dos bosques de ribeira: paxaros, cucos, urretxoris, tórtolas, lentellas, antzandobias, pseudo-paxaros, brezos, colchóns, falcóns grandes, milanos negros, alimoches, pequenos aguia, marabillosos pantanos, etc.