En els boscos de ribera i en els boscos de ribera és difícil separar la fauna de les ribes de la del riu, excepte els peixos que passen tota la seva vida en aigües fluvials, ja que la majoria dels altres animals d'aquestes zones estan íntimament relacionats amb les seves ribes i amb el riu: uns perquè viuen en el riu i viuen en la seva riba; uns altres perquè travessen diverses etapes del seu cicle de vida en aigües i unes altres en les seves ribes; i uns altres perquè periòdicament no renuncien a l'explotació dels recursos de l'ecosistema immediat. És a dir, les faunes dels rius i marges són pràcticament inseparables.
En els meandres, en els llits materns, en els llits secundaris i en les aigües estancades dominants en aquesta mena de zones, es troben condicions adequades per a la vida de nombroses espècies d'invertebrats. Entre els anèl·lids, són abundants els oligoquetos dels gèneres Stylaria i Tubifex, així com els hirudineos com les criatures. Els bivalves dels gèneres Sphaerium i Pisidium són la principal font d'alimentació de nombroses espècies de peixos. No obstant això, en aigües estancades amb abundant vegetació es poden trobar gasteròpodes de gènere com Lymnaea, Planorbis, Ancylus, Acroloxus o Viviparus.
No obstant això, els artròpodes són, sens dubte, els ecosistemes humits més abundants i amb més espècies. Quant als crustacis, un alt percentatge del zooplancton està format per entomostráceos, colepodos i altres crustacis microscòpics.
En els fons també abunden els ostracodos. Els més coneguts són els crustacis macroscòpics com el cranc de riu, les quisquillas, els isópodos del gènere Asellus, els anfípodos del gènere Gammarus...
Entre els insectes, encara que hi ha espècies que realitzen tot el seu cicle de vida en l'aigua, són més abundants les que realitzen la fase larvària del cicle de vida en l'aigua i la fase adulta en terra. Entre aquestes últimes, per la seva espectacular anatomia corporal, mereixen especial esment els odonatos (fermalls i broquetes). Gomphus, Anax, Calopteryx, Sialis... són moltes les espècies de gènere que habiten en les aigües estancades de les riberes dels rius i dels boscos de ribera, encara que en fase larvària i de maduresa no s'allunyen massa d'aquests aspectes.
Però, a més dels odonatos, hi ha altres insectes estretament relacionats amb els ecosistemes dels rius i marges. Les larves aquàtiques dels efemerópteros, que es caracteritzen per tenir un període de maduració molt curt, constitueixen una part important de la dieta dels vertebrats d'aquests ecosistemes, així com les larves dels tricópteros que es caracteritzen per viure dins dels conductes que ells mateixos construeixen o les larves dels nematoceros (mosquits) que han d'aproximar la superfície de l'aigua per a poder respirar.
Entre els efemerópteros, algunes espècies dels gèneres Cloeon, Caenis, Ephemera o Heptagenia són molt visibles en els nostres rius.
Entre els tricópteros destaquen Limnophilus, Glyphotaelius, Anabolia, Crunoecia, Goera, Molanna... Entre els nematoceros destaquen els gèneres Culex, Corethra, Chironomus o Simulium.
Entre els quals passen tot el seu cicle de vida en l'aigua destaquen els coleòpters. Encara que els adults recullen l'aire sota els el·líptics, han de pujar sovint a la superfície de l'aigua per a respirar. La majoria de les espècies, tant en fase larvària com adulta, són carnívors i hàbils nedadors i bussejadors. Entre els coleòpters aquàtics destaquen diverses espècies dels gèneres Acilius, Dytiscus, Platambus, Gyrinus i Hydrous.
Quant als vertebrats, aquests boscos humits presenten una riquesa i diversitat immensa. Entre els amfibis, els més abundants són el tritó marmolaire, la granota comuna i el gripau comú i el corredor, però a la regió mediterrània, als quals cal sumar el txantxikua, el gripau espolón i el gripau pintat ibèric.
Quant als rèptils, a més de les espècies de serps nedadores (serp vespra i serp esquenuda), es pot observar en aquestes zones una tortuga entollada i corrent en els boscos de ribera al sud del territori, així com un drac comú.
Entre els mamífers, els més coneguts són la llúdria, el visó aquàtic i la cua comuna, la qual cosa no significa que siguin els més grans, ja que els micromamíferos són molts més. Nombroses espècies de sards, sards, talps, ratolins i rates exploten la gran quantitat de recursos tròfics que els ofereix aquests boscos d'aigua i terra. A més, existeixen altres mamífers que, sense pertànyer a aquests ecosistemes, són freqüents en aquests, com el teixó, la guineu, la gineta, la garduña o el gat muntès.
No obstant això, com ocorre en la majoria dels altres tipus d'aiguamolls, els ocells són les més abundants entre els vertebrats, ja que a més de la major part de les espècies d'ocells adaptats a viure en ecosistemes humits i aquàtics, en els arbres dels boscos i boscos de ribera de les riberes i en les zones de vegetació densa conviuen nombroses espècies terrestres. En el sud d'Euskal Herria, a més, per als citats ocells terrestres, aquests boscos són de gran importància, ja que les grans explotacions agràries d'aquesta comarca han fet que la resta dels tipus de boscos es converteixin en un buit, per la qual cosa els boscos de ribera són les úniques zones en les quals es troben aquests ocells per a viure.
En els rius de la regió eurosiberiana, la merla aquàtica, el blauet, l'arboç i la bugadera groga són els més dependents de l'aigua, ja que allí s'alimenten. En les alisedas que es formen en les ribes dels citats rius es poden observar nombrosos passeriformes, com chisecos, refractaris, clavells i amillitas, tords i merles, txepetxas, ocellets, etc.
En els boscos de ribera de la regió mediterrània, a més de les alisedas esmentades, en les proximitats de l'aigua, habiten ocells com els brucs i les bucas; diverses espècies d'ànec; cigonyes; garcetas, garcetas i ocells; gallines i foces...
No obstant això, en els escarpes erosius que genera la dinàmica dels rius en l'exterior dels meandres, ocells com la cornisa o el diluvi troben les condicions adequades per a nidificar. D'altra banda, en els canyissars que es desenvolupen amb freqüència en els llits materns o secundaris, habiten ocells com a canyissars, canyissars, joncs, verdinas o requisos.
No obstant això, la major riquesa d'ocells es troba en els massissos i choperas dels boscos de ribera: ocells, bufons, urretxoris, tórtores, llenties, antzandobias, pseudo-ocells, brucs, matalassos, falcons grans, milans negres, aufranys, petits àguila, meravellosos pantans, etc.