En los bosques de ribera y en los bosques de ribera es difícil separar la fauna de las orillas de la del río, salvo los peces que pasan toda su vida en aguas fluviales, ya que la mayoría de los demás animales de estas zonas están íntimamente relacionados con sus orillas y con el río: unos porque viven en el río y viven en su orilla; otros porque atraviesan varias etapas de su ciclo de vida en aguas y otras en sus orillas; y otros porque periódicamente no renuncian a la explotación de los recursos del ecosistema inmediato. Es decir, las faunas de los ríos y márgenes son prácticamente inseparables.
En los meandros, en los cauces maternos, en los cauces secundarios y en las aguas estancadas dominantes en este tipo de zonas, se encuentran condiciones adecuadas para la vida de numerosas especies de invertebrados. Entre los anélidos, son abundantes los oligoquetos de los géneros Stylaria y Tubifex, así como los hirudineos como las criaturas. Los bivalvos de los géneros Sphaerium y Pisidium son la principal fuente de alimentación de numerosas especies de peces. Sin embargo, en aguas estancadas con abundante vegetación se pueden encontrar gasterópodos de género como Lymnaea, Planorbis, Ancylus, Acroloxus o Viviparus.
Sin embargo, los artrópodos son, sin duda, los ecosistemas húmedos más abundantes y con más especies. En cuanto a los crustáceos, un alto porcentaje del zooplancton está formado por entomostráceos, colepodos y otros crustáceos microscópicos.
En los fondos también abundan los ostracodos. Los más conocidos son los crustáceos macroscópicos como el cangrejo de río, las quisquillas, los isópodos del género Asellus, los anfípodos del género Gammarus...
Entre los insectos, aunque hay especies que realizan todo su ciclo de vida en el agua, son más abundantes las que realizan la fase larvaria del ciclo de vida en el agua y la fase adulta en tierra. Entre estas últimas, por su espectacular anatomía corporal, merecen especial mención los odonatos (broches y brochetas). Gomphus, Anax, Calopteryx, Sialis... son muchas las especies de género que habitan en las aguas estancadas de las riberas de los ríos y de los bosques de ribera, aunque en fase larvaria y de madurez no se alejan demasiado de estos aspectos.
Pero, además de los odonatos, hay otros insectos estrechamente relacionados con los ecosistemas de los ríos y márgenes. Las larvas acuáticas de los efemerópteros, que se caracterizan por tener un período de maduración muy corto, constituyen una parte importante de la dieta de los vertebrados de estos ecosistemas, así como las larvas de los tricópteros que se caracterizan por vivir dentro de los conductos que ellos mismos construyen o las larvas de los nematoceros (mosquitos) que deben aproximar la superficie del agua para poder respirar.
Entre los efemerópteros, algunas especies de los géneros Cloeon, Caenis, Ephemera o Heptagenia son muy visibles en nuestros ríos.
Entre los tricópteros destacan Limnophilus, Glyphotaelius, Anabolia, Crunoecia, Goera, Molanna... Entre los nematoceros destacan los géneros Culex, Corethra, Chironomus o Simulium.
Entre los que pasan todo su ciclo de vida en el agua destacan los coleópteros. Aunque los adultos recogen el aire debajo de los elípticos, tienen que subir a menudo a la superficie del agua para respirar. La mayoría de las especies, tanto en fase larvaria como adulta, son carnívoros y hábiles nadadores y buceadores. Entre los coleópteros acuáticos destacan varias especies de los géneros Acilius, Dytiscus, Platambus, Gyrinus y Hydrous.
En cuanto a los vertebrados, estos bosques húmedos presentan una riqueza y diversidad inmensa. Entre los anfibios, los más abundantes son el tritón marmolaire, la rana común y el sapo común y el corredor, pero en la región mediterránea, a los que hay que sumar el txantxikua, el sapo espolón y el sapo pintado ibérico.
En cuanto a los reptiles, además de las especies de serpientes nadadoras (serpiente víspera y serpiente alomada), se puede observar en estas zonas un galápago encharcado y corriente en los bosques de ribera al sur del territorio, así como un dragón común.
Entre los mamíferos, los más conocidos son la nutria, el visón acuático y la cola común, lo que no significa que sean los más grandes, ya que los micromamíferos son muchos más. Numerosas especies de sargos, sargos, topos, ratones y ratas explotan la gran cantidad de recursos tróficos que les ofrece estos bosques de agua y tierra. Además, existen otros mamíferos que, sin pertenecer a estos ecosistemas, son frecuentes en los mismos, como el tejón, el zorro, la gineta, la garduña o el gato montés.
Sin embargo, como ocurre en la mayoría de los otros tipos de humedales, las aves son las más abundantes entre los vertebrados, ya que además de la mayor parte de las especies de aves adaptadas a vivir en ecosistemas húmedos y acuáticos, en los árboles de los bosques y bosques de ribera de las riberas y en las zonas de vegetación densa conviven numerosas especies terrestres. En el sur de Euskal Herria, además, para las citadas aves terrestres, estos bosques son de gran importancia, ya que las grandes explotaciones agrarias de esta comarca han hecho que el resto de los tipos de bosques se conviertan en un vacío, por lo que los bosques de ribera son las únicas zonas en las que se encuentran estas aves para vivir.
En los ríos de la región eurosiberiana, el mirlo acuático, el martín pescador, el madroño y la lavandera amarilla son los más dependientes del agua, ya que allí se alimentan. En las alisedas que se forman en las orillas de los citados ríos se pueden observar numerosos paseriformes, como chisecos, refractarios, claveles y amillitas, zorzales y mirlos, txepetxas, pajaritos, etc.
En los bosques de ribera de la región mediterránea, además de las alisedas mencionadas, en las proximidades del agua, habitan aves como los brezos y las bucas; varias especies de pato; cigüeñas; garcetas, garcetas y pájaros; gallinas y foces...
Sin embargo, en los escarpes erosivos que genera la dinámica de los ríos en el exterior de los meandros, aves como la cornisa o el diluvio encuentran las condiciones adecuadas para nidificar. Por otra parte, en los carrizales que se desarrollan con frecuencia en los cauces maternos o secundarios, habitan aves como carrizales, carrizales, juncos, verdinas o requisos.
Sin embargo, la mayor riqueza de aves se encuentra en los macizos y choperas de los bosques de ribera: pájaros, cucos, urretxoris, tórtolas, lentejas, antzandobias, pseudo-pájaros, brezos, colchones, halcones grandes, milanos negros, alimoches, pequeños águila, maravillosos pantanos, etc.