Détection génétique de nouveaux virus pathogènes
Nous avons tous le risque de subir une transfusion sanguine de temps en temps. Nous espérons toujours que ce sang sera « propre », c'est-à-dire sans micro-organismes. Ces dernières années, de nouveaux micro-organismes sont de plus en plus identifiés, dont certains sont transportés avec une relative facilité grâce au sang. En eux, il ya certains qui produisent l'hépatite, comme le virus de l'hépatite C (CHB), le virus de l'hépatite G (GHB) et nouvellement découvert TTV ou “Transfusion-Transmitted virus”, virus nuisibles ou pathogènes pour l'homme.
D'autre part, ces virus, en plus des transfusions sanguines, peuvent être introduits à l'intérieur de l'être humain et transmis de façon humaine par des moyens liés à la voie parentérale: seringues partagées, appareils communs utilisés dans la réalisation de dialyse, équipements chirurgicaux, etc. Certaines de ces voies sont donc celles qui peuvent être à l'intérieur de l'hôpital, et il est dit que les gens qui sont ainsi infectés sont ceux qui attrapent les infections nosocomiales, car ils ont inclus l'infection à l'intérieur de l'hôpital et aussi par la même voie. D'autre part, la transmission sexuelle et la transmission de la mère à son enfant (la transmission verticale) sont également possibles. Connaître le mécanisme de transmission est donc très important pour couper ou supprimer cette voie dès que possible.
En ce qui concerne les méthodes de détection, dans le cas du CHB, son identification peut être effectuée par des tests sérologiques, c'est-à-dire par l'apparition ou non d'anticorps, mais cette information ne nous indique pas complètement l'état de ce virus, si elle est activement répliquée. Dans le cas des deux autres virus mentionnés, il n'y a actuellement aucune preuve sérologique ou la seule qui existe (dans le cas du GHB) n'est pas totalement fiable. Il faut donc chercher des méthodes agiles et efficaces pour identifier ces virus. Actuellement, la voie la plus rapide sont les méthodes qui détectent le génome lui-même. Pour ce faire, la technique de réaction enchaînée de la polymérase (PCR) amplifie une partie du génome et, par la suite, on peut visualiser la séquence de nucléotides de cette partie en utilisant le séquenceur automatique.
Le séquenceur nous permet de lire le même génome et d'analyser les génotypes qui apparaissent dans chaque virus. De même, le séquençage nous permet de détecter des changements ou des mutations dans le génome. De cette façon, vous pouvez vérifier si les virus mentionnés sont mutés ou changés quand ils sont à l'intérieur du patient ou mesurer la variabilité d'un patient à l'autre. Ces changements ont comme conséquence la distance génétique dite entre les virus internes des patients. En utilisant des programmes informatiques, on peut construire des arbres génétiques qui forment ces distances génétiques, en observant de façon malsaine l'égalité entre les virus. Plus le patient est proche de deux arbres génétiques, plus les virus qui se trouvent à l'intérieur sont semblables et ce qui peut être déduit est de savoir si la voie de transmission ou de contamination a été la même, par exemple si l'infection nosocomiale s'est produite par un appareil ou si la même seringue a été utilisée chez les patients pour administrer l'anesthésie, etc.
Notre équipe de travail vise donc à développer des méthodes d'identification agiles des virus CHB, GHB et TTV, et à analyser différents groupes de population (donneurs de sang, toxicomanes intraveineuses, hémodifiées, hépatites). Une fois les taux de prévalence des trois virus mentionnés dans ces groupes de notre territoire et certains de leurs génotypes définis, nous détecterons la variabilité génétique des virus de manière malade. Si nous comparons les résultats sur notre territoire avec d'autres sites internationaux, on peut déterminer qu'il existe un génotype différent géographiquement et beaucoup plus important, cliniquement, pour pouvoir rechercher une relation entre génotype et clinique. Avec eux, il est destiné à vérifier quelles sont les voies de transmission ou de transmission des virus et confirmer l'existence d'une infection nosocomiale. Ces informations serviront les médecins et les autorités hospitalières à prendre les mesures préventives nécessaires et à éliminer ces voies de pollution.
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