En 1593 els jesuïtes van fundar una escola en aquest bell edifici de la plaça Sant Martí d'Agirre de Bergara; la primera escola fundada pels jesuïtes a Guipúscoa estava en Oñati, però pel fet que van haver de tancar-la, van venir a Bergara. Inicialment les classes s'impartien en domicilis particulars, fins a la finalització de l'edifici definitiu.
XVII. A mitjan segle XX es va derrocar l'antiga església i es va construir la nova, amb un estil especial dels jesuïtes. Els jesuïtes van fundar a la seva casa contigua les “Primeres Lletres” (educació bàsica) i la “Escola d'Humanitats” (educació secundària).
En 1767 Carles III va expulsar als jesuïtes del regne i l'edifici va quedar buit. En aquesta època, d'altra banda, la Reial Societat Vascongada d'Amics del País acabava de fundar-se i, després de llargues negociacions, va aconseguir fer-se amb la casa. El seu principal objectiu era crear en ell un potent centre educatiu, al qual van denominar: Real Seminari Patriòtic Vascongado. És en aquest moment quan s'inicia l'etapa més famosa i gloriosa de l'edifici. Un dels objectius de la RSVAPS era impulsar àrees tècniques de coneixement poc esteses: Mineralogia, Física i Química. En aquesta època s'estaven fent els primers passos de la Química moderna, ja que els científics van començar a superar l'alquímia. A París hi havia un moviment molt important sobre aquest tema i els científics d'aquí es van encarregar de portar totes aquestes novetats aquí. Així mateix, els físics i químics més prestigiosos de París i altres llocs d'Europa van ser “fitxats” i van acudir a fer classes i investigar (Proust, Chabaneau i Tumborg, entre altres). Com s'ha esmentat anteriorment, els germans Elhuyar també van ser aquí com a professors i investigadors.
En un d'ells es va produir el descobriment del nom i prestigi dels germans Elhuyar a tot el món: l'aïllament del wolframi.
En 1794, amb motiu de la Guerra de la Convenció, va arribar l'exèrcit francès i tots els programes d'estudis es van interrompre. Des de llavors ha estat un treball difícil poder recuperar la força de llavors. XIX. En el segle XVIII es van produir grans canvis històrics que van donar nom al centre educatiu. En la primera Guerra Carlista també va funcionar com a hospital. En 1840 es van reprendre els treballs de reparació amb la finalitat de recuperar el centre educatiu; es va comprar amb profusió (sobretot a París) els equips de reconstrucció de laboratoris.
El Real Seminari és el primer institut que vam tenir a Guipúscoa i l'únic de l'època. Durant la Segona Guerra Carlista es van tancar de nou les portes del Seminari i l'institut es va traslladar a Sant Sebastià. En 1880 la casa va quedar en mans dels dominics, on es va instal·lar una escola secundària amb importants col·leccions.
Fins a 1975 van ser els dominics i aquest any l'edifici es va dividir en dues parts. Al fons s'assenteixi la ikastola de Bergara i al capdavant la UNED. En algunes sales es podien veure els aparells per onsevulla, però al no estar sota la responsabilitat de ningú es van anar perdent tots. Alguns bergareses van aconseguir organitzar una exposició permanent amb el material que hi havia a mitjan dècada dels 80. Però l'exposició no era per a les contínues visites, a poc a poc va anar perdent.
En 1992 l'Ajuntament va convocar un lloc de treball per al Museu, quedant a la disposició de Xabier Aramburu. L'objectiu principal era gestionar la col·lecció existent en aquest moment, però Aramburu no era possible gestionar res en aquest context tan complicat com l'absència de mesures de seguretat, l'estat de conservació lamentable, les peces metàl·liques erdoilizadas per la humitat, els animals dissecats, danyats o trencats per fongs, etc., llarg i lamentable.
Ni tan sols hi havia peces, ningú sabia i el mateix Xabier Aramburu ens ha explicat que va haver de començar per zero: “No sabíem què era el que teníem, de quina època eren les peces, quina importància tenien... Així, vaig poder posar en marxa un pla quadriennal amb la subvenció de l'Ajuntament de Bergara i de la Diputació de Guipúscoa”. El primer objectiu va ser assegurar la continuïtat de la col·lecció i el segon tenir un mínim coneixement de la mateixa per a poder avançar. També es comencen a solucionar els problemes d'humitat de la sala, després es van netejar i van tractar les peces. “Avui dia es pot assegurar la permanència de la col·lecció”, afirma Xabier Aramburu. La col·lecció es divideix en cinc apartats:
Instruments científics: 250 peces.
Zoologia: 1.022 peces.
Anatomia humana: 7 peces.
Mineralogia: 1.181 peces.
Paleontologia: 369 peces.
Posteriorment es va procedir a la restauració de la col·lecció i, d'altra banda, a la recerca detallada de les peces. Gràcies a això, ara podem conèixer la importància del tresor que alberga el Real Seminari de Bergara: “La col·lecció compta amb gairebé 2.829 peces de les quals hem analitzat el 91% en aquests quatre anys. Una vegada inventariades totes les peces, les tenim classificades i ara estem treballant amb el catàleg, investigant detalladament cada peça. També hem començat a fer reformes en cadascun dels apartats”, ha dit Aramburu.
La primera fase del Pla està finalitzada, però en coherència amb els objectius fixats en la segona fase, s'ha de preparar la col·lecció de l'exposició que s'instal·larà en el futur museu. Aquest pla té un termini de sis anys i, segons ens ha dit Aramburu, caldrà fer una classificació per a aconseguir aquest objectiu: “De les peces que tenim, algunes són importants i unes altres, no obstant això, són bastant simples, no és important presentar-les. Alguns hem de renovar-los, però uns altres no seran possibles, perquè estan molt malament. En l'últim any hem dissenyat una col·lecció que es pot presentar. Hem triat entre les peces que tenim, sempre coneixent el valor real de cada peça” Cal completar alguns apartats perquè tinguin coherència amb el tema i, per tant, haver d'aconseguir noves peces.
No obstant això, saben perfectament quines són les peces que es podran veure en la tercera fase, amb l'obertura del museu: un total de 686. Segons el projecte, durant aquests sis anys es faran els passos necessaris per a aconseguir aquesta col·lecció: renovar les peces i realitzar una recerca exhaustiva que permeti donar les explicacions oportunes: l'any exacte, qui les va realitzar, etc. En definitiva, es tracta de conèixer a fons cada peça. En aquest moment estaran preparats per a afrontar la tercera fase: trobar la sala adequada per a l'exposició i obrir el museu. Però la sala actual té menys de 200 m² i, com ens va dir Aramburu, difícilment es podrà fer allí el museu.
Les obres de reforma han avançat gràcies a la suor de molta gent. En la primera fase han treballat un zoòleg, un químic i un geòleg. Dirigeix i coordina Xabier Aramburu.
La majoria de les peces científiques són el XIX. Són del segle XX, molts d'ells adquirits a París; és una col·lecció molt important, ja que a Euskal Herria no hi ha res semblant. Els museus de ciències del País Basc presenten peces de camps molt concrets, mentre que el museu que es crearà del Real Seminari de Bergara podrà mostrar peces multidisciplinàries. A més, no hi haurà una selecció d'exposicions que sorgeixin de zero, sinó que el nou museu de l'Aitaponte tindrà una història de segles.
No sabem quan obrirà les seves portes el nou museu; pot ser que passin bastants anys. Però quan arribi aquest moment, no hi ha dubte que ens oferirà una col·lecció bella i interessant.