Una das grandes controversias ao redor dos alimentos transxénicos son os riscos da propagación na natureza dos xenes manipulados.
O millo transxénico do grupo Novartis, por exemplo, produce una toxina antiárabe, pero xunto co xene produtor de toxina, tamén contén un xene anti-ampizilina, o antibiótico da familia da penicilina. Este xene é un xene inactivo no millo, pero se as bacterias asimílano e actívano, pode estenderse facilmente a animais e seres humanos, provocando una resistencia ás enfermidades.
O investigador británico John Heritage estudou como se transmite este xene da planta á bacteria e da bacteria aos pitos e ha visto que o xene "nocivo" non se activou nin en bacterias nin en pitos. Os resultados son provisionais e analízanse outras especies animais