Una de las grandes controversias en torno a los alimentos transgénicos son los riesgos de la propagación en la naturaleza de los genes manipulados.
El maíz transgénico del grupo Novartis, por ejemplo, produce una toxina antiárabe, pero junto con el gen productor de toxina, también contiene un gen anti-ampizilina, el antibiótico de la familia de la penicilina. Este gen es un gen inactivo en el maíz, pero si las bacterias lo asimilan y lo activan, puede extenderse fácilmente a animales y seres humanos, provocando una resistencia a las enfermedades.
El investigador británico John Heritage ha estudiado cómo se transmite este gen de la planta a la bacteria y de la bacteria a los pollos y ha visto que el gen "nocivo" no se ha activado ni en bacterias ni en pollos. Los resultados son provisionales y se analizan otras especies animales