Sabíase que en 1347 introduciuse a peste negra ao Mediterráneo a través de buques mercantes procedentes da Horda de Ouro. Estendeuse por Europa, Oriente Medio e Norte de África e estímase que morreu o 60% da poboación. Seguiulle a segunda onda do IXX. Durou até o século XX.
Houbo moitas discusións sobre a orixe desta segunda onda. As únicas evidencias arqueolóxicas proveñen de Asia Central, nas proximidades do lago Dei, por Issy, hoxe en Kirguizistán. De feito, as escavacións realizadas fai 140 anos revelaron algunhas tumbas dos 1338-1339, que foron asasinadas por unha praga descoñecida. Agora investigouse o antigo ADN dos restos das tumbas que contiñan estas inscricións e demostrouse que a bacteria Yersinia pestis, causante da praga negra.
Os estudos xenéticos previos levaron a pensar que X e XIV. entre os séculos produciuse unha gran diversificación desta bacteria. Comparando estes datos cos obtidos na actualidade, afirman que a variante orixinal desta diversificación foi de 1338. É dicir, E. pestis diversifícase e expándese a partir de aquí. Antes disto, os investigadores tamén mencionan que estaría en depósitos. O traballo foi publicado na revista Nature.