L'evolució avança quan d'una espècie es forma una o diverses. Aquesta evolució pot representar-se mitjançant un esquema arborescent, l'arbre de l'evolució. No obstant això, segons alguns biòlegs de l'Institut Europeu de Bioinformática (IMD), l'evolució té altres maneres d'avançar. De fet, el model de l'arbre no és suficient per a explicar l'evolució dels microbis, ja que manca de connexions entre branques.
Aquestes connexions consisteixen en intercanvis gènics entre microbis de diferents branques, ja que el material genètic és fàcilment intercanviable per organismes allunyats del camí evolutiu. Per a confirmar-ho, els biòlegs han desenvolupat i posat en marxa un mètode que busca aquests intercanvis de gens 'horitzontals'. Entre els microbis analitzats s'han trobat 90.000 pèrdues i 40.000 intercanvis. Consideren que l'intercanvi horitzontal de gens és un procés molt important en l'evolució microbiana. Aquest procés converteix a l'arbre evolutiu en una xarxa que pot connectar branques molt llunyanes.