Après un long processus, le gouvernement a décidé où il va effectuer le dépôt des déchets nucléaires. Les centrales de José Cabrera et Trillo, situées à Guadalajara, ont choisi un village de Cuenca, Villar de Cañas, à 100-155 km. Ces deux centrales sont les seules qui se trouvent en Espagne avec les déchets stockés en surface et en terre, tandis que le reste se trouvent dans les lagunes d'inactivation. Cependant, ceux-ci ne sont pas suffisants pour stocker à moyen et long terme les déchets radioactifs que génèrent les centrales et, afin de résoudre ce problème, il va procéder à un nouveau dépôt à Villar de Cañas.
Par conséquent, ce magasin recueillera et stockera les résidus de haute radioactivité générés dans les centrales espagnoles. Ce type d'entrepôt est appelé ATC ou stockage temporaire centralisé, qui dure 60 ans, car il s'agit d'un bâtiment passif et centralisé pour concentrer les déchets des centrales espagnoles dans un seul emplacement.
À ce jour, le seul entrepôt centralisé en Espagne est celui d'El Cabril (Cordoba). On y stocke des déchets de moyenne et faible niveau de radioactivité, provenant de centrales et d'hôpitaux, de centres de recherche et d'industrie. Cependant, le principal matériau radioactif généré dans les centrales est le combustible utilisé, avec un haut degré de radioactivité.
En fait, le combustible des centrales est oxyde d'uranium et, après utilisation, en plus de la chaleur, il émet des radiations alpha, bêta et gamma (rayonnement ionisant).
Par conséquent, le réservoir de Villar de Cañas conservera environ 7.000 tonnes de carburant utilisé et d'autres matériaux qui resteront à mesure que les centrales seront fermées. Enresa est responsable de la gestion des déchets et de l'exécution du magasin, selon lequel, pour éviter les rejets de rayonnement, le magasin disposera de murs en béton de 1,5 m d'épaisseur et les tuyaux d'évacuation de chaleur générés atteindront une hauteur de 45 m.
Enresa a souligné qu'il s'agit d'une installation totalement sûre en raison de la stabilité géologique de l'environnement dans lequel il est situé. Cependant, les organisations écologistes et certains agents ont mis en doute la sécurité du site, non pas en raison de son instabilité géologique, mais parce qu'ils considèrent que le transport des déchets depuis les centrales peut être un risque, puisque Villar de Cañas n'a pas de chemin de fer et, par conséquent, le transport devra se faire par route.
D'autres aspects du magasin et de l'emplacement ont également suscité le débat entre les partisans et les contraires, mais la décision du gouvernement espagnol est définitive et si tout sort comme prévu, pour 2015 la première phase d'exécution du magasin sera terminée.
D'ici là, les lagunes d'Ascó 1 et 2 (seront remplies pour 2013 selon Enresa), et celles d'autres centrales seront également assez remplies. En outre, les déchets de la centrale Vandellós 1, pour le moment, sont stockés en France sous la responsabilité de la société Areva, mais le délai convenu a déjà pris fin et seront bientôt restitués. Quelque chose de similaire arrive avec les déchets de Garoña qui sont stockés en Grande-Bretagne.
En France, des mesures sont prises pour faire un stockage géologique profond. Ce réservoir couvrirait les résidus de niveau moyen et élevé de radioactivité et les stockerait dans le sous-sol à long terme. Le lieu choisi est situé dans le département de la Meuse, à l'est de la France. Cependant, la réglementation française exige que les déchets puissent être récupérés dans un délai de cent ans.