Després d'un llarg procés, el Govern ha decidit on realitzarà el dipòsit de residus nuclears. Les centrals de José Cabrera i Trillo, situades a Guadalajara, han triat un poble de Conca, Villar de Canyes, a 100-155 km. Aquestes dues centrals són les úniques que es troben a Espanya amb els residus emmagatzemats en superfície i en terra, mentre que la resta es troben en les llacunes d'inactivació. No obstant això, aquests no són suficients per a emmagatzemar a mitjà i llarg termini els residus radioactius que generen les centrals i, amb la finalitat de solucionar aquest problema, es procedirà a un nou dipòsit a Villar de Canyes.
Per tant, aquest magatzem recollirà i emmagatzemarà els residus d'alta radioactivitat generats en les centrals espanyoles. A aquesta mena de magatzems se'l denomina ATC o emmagatzematge temporal centralitzat, que té una durada temporal de 60 anys, per tractar-se d'un edifici passiu i centralitzat per concentrar els residus de les centrals espanyoles en un únic emplaçament.
Fins avui, l'únic magatzem centralitzat a Espanya és el del Cabril (Còrdova). En ella s'emmagatzemen residus de mitjà i baix nivell de radioactivitat, tant procedents de centrals com d'hospitals, centres de recerca i indústria. No obstant això, el principal material radioactiu que es genera en les centrals és el combustible utilitzat, amb un alt grau de radioactivitat.
De fet, el combustible de les centrals és òxid d'urani i, després del seu ús, a més de la calor, emet radiacions alfa, beta i gamma (radiació ionitzant).
Per tant, el dipòsit de Villar de Canyes emmagatzemarà unes 7.000 tones de combustible utilitzat i altres materials que s'aniran quedant a mesura que es vagin tancant les centrals. Enresa és el responsable de la gestió dels residus i de l'execució del magatzem, segons el qual, per a evitar els abocaments de radiació, el magatzem disposarà de parets de formigó de 1,5 m de gruix i les canonades d'evacuació de calor generades aconseguiran una altura de 45 m.
Enresa ha destacat que es tracta d'una instal·lació totalment segura a causa de l'estabilitat geològica de l'entorn en el qual se situa. No obstant això, les organitzacions ecologistes i alguns agents han posat en dubte la seguretat del lloc, no per la seva inestabilitat geològica, sinó perquè consideren que el transport dels residus des de les centrals pot suposar un risc, ja que Villar de Canyes no té ferrocarril i, per tant, el transport haurà de realitzar-se per carretera.
Altres aspectes del magatzem i de la ubicació també han suscitat el debat entre els partidaris i els contraris, però la decisió del Govern espanyol és definitiva i si tot sali com està previst, per a 2015 la primera fase d'execució del magatzem estarà finalitzada.
Per a llavors, les llacunes d'Ascó 1 i 2 (s'ompliran per a 2013 segons Enresa), i les d'altres centrals també estaran bastant plenes. A més, els residus de la central Vandellós 1, de moment, estan emmagatzemats a França sota la responsabilitat de l'empresa Areva, però el termini acordat ja ha finalitzat i seran retornats en breu. Alguna cosa semblança ocorre amb els residus de Garoña que tenen emmagatzemats a Gran Bretanya.
Mentrestant, a França s'estan fent passos per a fer un emmagatzematge geològic profund. Aquest dipòsit cobriria els residus de nivell mitjà i alt de radioactivitat i els emmagatzemaria en el subsòl a llarg termini. El lloc triat es troba en el departament de Meuse, a l'est de França. No obstant això, la normativa francesa exigeix que els residus puguin recuperar-se en un termini de cent anys.