A principal característica da costa é a súa beleza. As escarpadas praias e cantiis, desde Matxitxako até Ogoño, atraen a miles de turistas. A illa de Izaro, situada no centro do estuario, e as pendentes verticais de Ogoño son un dos poucos paraísos ornitolóxicos existentes no País Vasco. De feito, en Ogoño localízanse importantes poboacións de aves acuáticas (Gaivota Argéntea, Gaivota Sombría e Corvo mariño Moñudo), así como algúns depredadores rupícolas (Falcón peregrino e Falcón Vermello).
Entrando na ría, a partir da barra de Mundaka, podemos atopar praias e zonas de limos e arxilas, chamadas en sentido ecolóxico marismas. Estas marismas aparecen representadas por carrizales nas súas zonas máis altas, nas zonas húmidas creadas polos meandros do río Oka ao seu paso por Foru e Kortezubi.
A flora e fauna destes aspectos húmidos é de gran importancia, tal e como demostraron numerosos estudos científicos. A importancia desta marisma de Gernika paira as aves migratorias e invernantes está plenamente recoñecida internacionalmente, polo que diversas institucións europeas mostraron o seu interese en protexer este espazo. As distintas aves observadas na ría son máis de 200 das cales máis de 100 están relacionadas con este tipo de humidais. Doutra banda, a supervivencia dalgunhas aves acuáticas en perigo de extinción, como a da Espátula, require a protección de zonas como as marismas de Gernika.
A zona rural que rodea o caserío, denominada landeta, é a verdadeira alma da paisaxe costeira do País Vasco e de gran importancia ecolóxica. A súa característica máis importante é a paisaxe artificial, orixinado pola acción humana. A estrutura desta paisaxe é complexa, xa que está formada por pasteiros, cultivos, caseríos, frondosas e arboledo de piñeiro. En consecuencia, a riqueza botánica e faunística é de primeira orde. Ademais de ser o mellor hábitat paira a observación dos diferentes animais, diferentes investigacións científicas indican que é moi importante paira a supervivencia de moitas pequenas aves procedentes de Europa do Norte, sobre todo en épocas como os duros invernos de 1985 e 1987.
As zonas altas do val aparecen cubertas por bosques. A maioría dos bosques aparecen, polo menos, moi empobrecidos naturalísticamente, sobre todo por curtas excesivas realizadas polo home. E é que, en tempos dos nosos antepasados, os bosques mixtos de robledales e frondosas, que ocupaban a maior parte do val, hoxe en día practicamente desapareceron. A conservación dos diferentes bosques, plantas e animais depende en gran medida da protección dos bosquetes dos últimos ostozábales citados. O encinar cantábrico aínda está bastante estendido. Aparece nos montes calizos de Ereñozar, Atxerre, Foru e Busturia e ten una importancia botánica xeolóxica innegable. No seu interior aínda se atopan Basakatua, Katajineta e Lepazuria. Pola súa importancia histórica, son coñecidas as covas de Atxeta (Foru), Ereñuko Arizti (Ereño) e Santimamiñe (Kortezubi).
A conservación desta extensa área foi amplamente mencionada nos últimos tempos nos medios de comunicación. Esta preocupación foi consecuencia dos diferentes estudos científicos que se realizaron.
Entre estes traballos, o máis importante foi o realizado pola Sociedade de Ciencias Aranzadi, que serviu de base á UNESCO paira a inclusión desta rexión no Programa de Humanidades e Biosfera (MAB). Este programa ocúpase da conservación dos espazos naturais e dos seus recursos xenéticos. Paira iso impúlsase a creación dunha rede internacional de espazos protexidos denominada Reserva da Biosfera. Os obxectivos destas zonas protexidas son:
A aceptación dun espazo como Reserva da UNESCO pode ter motivos diferentes. A maioría das reservas son exemplos representativos de zonas naturais pouco alteradas (bosques tropicais, ecosistemas de alta montaña...). Urdaibai, pola súa banda, foi declarada Reserva por ser una zona moi adecuada como lugar equilibrado dun paiasaje xerado pola actividade humana.
Dentro do programa MAB inclúense nove reservas nacionais que deben permitir a investigación e a educación e os estudos ecolóxicos. Paira iso, os respectivos gobernos deben apoiar estas reservas, os pasos dados pola UNESCO, serve paira subliñar a importancia da reserva de Urdaibai paira a sociedade e ao mesmo tempo ofrece una axuda moral paira a súa conservación.
Lamentablemente, segue sen lexislarse a protección da ría de Munda, aínda que sexa imprescindible. Por tanto, o que habería que facer o máis axiña posible é a elaboración dunha lei específica paira a zona de Busturialdea. Esta lei esixiría a constitución dun padroado formado por concellos da comarca, asociacións de baserritarras, grupos culturais, ecoloxistas, etc. A función do Padroado sería impulsar acciónelas socio-económicas, ecoloxistas e pedagóxicas que se realizan neste ámbito. Segundo esta lei, cunha especial protección, habería que delimitar as zonas máis importantes e mellor conservadas.
O seu uso sería fundamentalmente cultural e científico. Neste sentido, se os cantiis costeiros, especialmente a illa e as marismas de Izaro, fosen comprados polos poderes públicos, sería moi interesante. Desta maneira o control sería máis preciso e as accións máis adecuadas.
Rodeando e protexendo estas reservas ecolóxicas atópase a zona rural onde se sitúan os caseríos. O primeiro labor do citado Padroado debería ser a investigación dos recursos, o impulso da actividade humana ordinaria e a mellora da economía rural. Dentro das funcións que debería ter o Padroado, tamén deberían incluír a creación dun depósito económico paira os baserritarras que realicen accións de conservación da paisaxe (mantemento de bosques tradicionais, restauración de caseríos antigos...) ou que, ademais de manter os labores ordinarios da actividade humana, protexan o medio natural. Desta forma poderíase ofrecer una subvención paira as accións mencionadas.
Por último, a investigación científica e a educación ambiental deberían ser as tarefas máis importantes neste espazo protexido. Habería que traballar o impulso dos recursos agrícolas, gandeiros e pesqueiros, a investigación doutro tipo de desenvolvemento e os estudos botánicos e zoológicos. Como exemplo, sería de gran interese a creación dun Centro Ornitolóxico paira o estudo e investigación de aves. Doutra banda, a diversidade de hábitats presentes nunha área moi reducida fai que sexa un lugar idóneo paira a elaboración e promoción de programas de educación ambiental.