Comme dans les autres écosystèmes, il a autrefois agi comme prédateur humain dans les estuaires et la preuve en est l'accumulation de coquilles de moules qui ont été trouvés dans des gisements préhistoriques proches des estuaires. Mais avec le développement humain, l'utilisation d'estuaires a augmenté et s'est diversifiée au fil des siècles, en particulier dans les territoires développés. Aujourd'hui, comme on le voit clairement, cette influence a été particulièrement négative pour les estuaires, car elle a provoqué la destruction de l'habitat et la disparition d'espèces.
Les estuaires, au cours des siècles, ont attiré de grands groupes humains et, compte tenu des ressources offertes par ces zones, il n'est pas surprenant; au début, il a été observé que ce sont des lieux fertiles pour l'obtention de nourriture, puis ont été des zones de navigation et de commerce et dans les derniers siècles ont été des zones idéales pour l'implantation de l'industrie. Ainsi, actuellement, la plupart des grandes villes des pays développés se trouvent dans des zones estuariennes comme Londres, New York, Tokyo, Shanghai, Buenos Aires ou Los Angeles. D'autre part, les estuaires qui sont restés en dehors de la massification humaine sont intégrés dans le réseau touristique, de sorte que les infrastructures que demande les loisirs commencent à affecter le milieu naturel des estuaires.
L'utilisation liée au transport de marchandises est très ancienne, car les courants de marée aidaient à naviguer et les estuaires offraient des abris pour stocker des bateaux et construire des quais. Mais le développement de la navigation a entraîné une augmentation des bateaux et des ports. La nécessité de réaliser des travaux de dragage permettant le passage de bateaux toujours plus grands a fait disparaître certaines communautés dans de nombreux estuaires. Dans certains cas, en outre, la profondeur des estuaires n'est généralement pas suffisante pour les grands bateaux, comme les pétroliers, et devant cela ont été construits de nouvelles et gigantesques constructions portuaires à la bouche des estuaires, laissant l'intérieur pour leur notoriété et en portant les actions de transport vers l'extérieur. L'exemple le plus proche nous l'avons dans la ria de Bilbao, qui bien que le port se trouvait dans un estuaire haut près de la ville, a dû se déplacer à l'extérieur de l'Abra.
L'analyse de l'activité industrielle révèle que l'effet destructeur de la révolution industrielle dans les pays développés a été évident. Les industries à grande échelle (métallurgie, raffineries, industrie chimique, etc.) Ils avaient besoin de zones plates et de freins de transport, donc ils étaient principalement destinés à des estuaires. L'implantation industrielle a poussé d'un côté l'agrandissement des structures portuaires mentionnées ci-dessus. D'autre part, pour l'agrandissement des ateliers exigeant une plus grande surface, les plaines maréales si importantes ont été couvertes dans les estuaires. Aujourd'hui, l'expansion industrielle et urbaine a entraîné la perte de 90% des plaines inter-marées de certains estuaires, ainsi que la destruction d'habitats inter-marées et la disparition de poissons et d'oiseaux alimentés en eux.
De plus, les déchets solides et liquides générés par les villes et les industries de la région sont souvent versés aux estuaires, provoquant trois types de pollution : celle des aliments inorganiques, celle de la matière organique et des substances toxiques. L'augmentation des aliments inorganiques tels que les phosphates de savon et la matière organique tels que les résidus de nourriture et de selles, déclenche un processus appelé eutrophisation, favorisant la croissance de la production des communautés.
Cependant, lorsque la charge des aliments est trop élevée, le résultat est hautement préjudiciable, principalement en raison de l'augmentation de l'activité des bactéries décomposantes, ce qui suppose une diminution de l'oxygène dans l'eau, rendant le milieu inhabitable pour la plupart des animaux. La pollution industrielle consiste principalement dans le déversement de substances chimiques toxiques pour les êtres vivants (phénols, organohalogènes, métaux lourds, etc. ). Beaucoup de ces substances peuvent être mortelles même dans des concentrations très faibles.
L'utilisation de la pêche, des fruits de mer et des loisirs, en plus de cette utilisation, peut entraîner des changements dans la structure et le fonctionnement des estuaires. Pour faire face à la réduction des populations naturelles de poissons (surtout poissons plats) et de fruits de mer (crevettes, crabes, palourdes, huîtres, moules...), en raison de l'augmentation des captures conventionnelles, une aquaculture a été développée dans certains estuaires. Parmi les cultures les plus importantes se trouvent les moules, surtout dans les rías galiciennes, et les huîtres.
En ce qui concerne les loisirs humains, l'offre dans les estuaires est très large. Les zones inondées sont idéales pour la navigation sportive, la natation, le «wind-surf», etc., activités qui ont souvent été accompagnées par la construction de ports de plaisance. La pêche sportive et l'observation des oiseaux sont d'autres activités de loisirs habituelles dans les estuaires.
En général, l'utilisation d'un estuaire est souvent très variée, mais bien que beaucoup d'entre eux soient compatibles, certains sont incompatibles, provoquant des perturbations entre intérêts. Par exemple, les exigences des aquacultures ou des conservationnistes pourraient difficilement se joindre aux intentions de l'industrie, mettant en évidence la nécessité de gérer cet environnement.
Considérant que les estuaires sont des écosystèmes de haute valeur mais très fragiles et dans la plupart des cas très punis, certains gouvernements et sociétés scientifiques et conservatrices ont assumé ces dernières années la protection et/ou la récupération des estuaires. Preuve de cette responsabilité a été, entre autres, la Convention de Ramsar signée en 1971 pour la protection des zones humides d'importance internationale. Le Traité de Berne pour la protection des espèces sauvages et des habitats naturels européens, le Traité de Bonn pour la conservation des espèces migratrices et la déclaration des réserves de biosphère constituent d'autres étapes importantes pour la conservation des estuaires. Dans ce dernier cas, l'estuaire de Mundaka est l'axe principal de la réserve de biosphère d'Urdaibai la plus proche. La réglementation communautaire en matière de protection des plantes et des animaux servira également à la conservation des communautés estuariennes.
Si l'être humain veut vivre en harmonie avec la nature, la gestion des estuaires devra également s'orienter vers cet objectif. Cependant, les plans de gestion des estuaires doivent adopter trois exigences importantes. La première, que la plupart des grandes villes du monde ont été développés sur les côtés des estuaires, la seconde, que dans la plupart des grands estuaires du monde la pollution est élevée et la troisième, que les estuaires sont parmi les écosystèmes les plus productifs du monde.
En général, pour la gestion des estuaires, il faut tenir compte, au moins, des utilisations futures: élimination des déchets générés dans les villes et les polygones industriels, pêche commerciale et artisanale, navigation, tourisme et loisirs, approvisionnement en eau pour usage agricole et industriel et conservation de la nature. Quant à la qualité du milieu, ce qui peut garantir la santé de l'estuaire est la persistance des usages humains, la durée de la biota nécessaire à la pêche et à l'industrie de la mer, la capacité d'activité des poissons et oiseaux migrateurs et ne pas dépasser le niveau de pollution chimique et/ou microbiologique qui peut être préjudiciable à l'homme ou à d'autres êtres.
Les premiers pas pratiques pour y parvenir dans des estuaires très dégradés sont la réduction des rejets polluants et la paralysie de l'occupation des plaines intermarées. Cependant, nous avons fait le pas le plus important : nous avons réalisé que les estuaires et leurs êtres sont des éléments clés du patrimoine naturel. A partir de maintenant, un grand travail est en cours, et à long terme, pour corriger les dommages qui ont eu lieu dans les estuaires en si peu de temps, et d'établir et d'exécuter les mesures nécessaires pour minimiser l'affection pour les estuaires à l'avenir. Mais c'est un travail d'espoir.