Como en el resto de ecosistemas, antiguamente actuó como depredador humano en estuarios y prueba de ello es la acumulación de coquillas de mejillón que se han encontrado en yacimientos prehistóricos cercanos a los estuarios. Pero con el desarrollo humano, el uso de estuarios ha ido creciendo y diversificándose a lo largo de los siglos, especialmente en los territorios desarrollados. Hoy en día, como se ve claramente, esta influencia ha sido especialmente negativa para los estuarios, ya que ha provocado la destrucción del hábitat y la desaparición de especies.
Los estuarios, a lo largo de los siglos, han atraído a grandes grupos humanos y, teniendo en cuenta los recursos que ofrecen estas zonas, no es de extrañar; al principio, se observó que son lugares fértiles para la obtención de comida, luego han sido zonas de navegación y comercio y en los últimos siglos han sido zonas idóneas para la implantación de la industria. Así, en la actualidad, la mayoría de las grandes ciudades de los países desarrollados se encuentran en zonas estuarinas como Londres, Nueva York, Tokio, Shanghai, Buenos Aires o Los Ángeles. Por otro lado, los estuarios que han quedado fuera de la masificación humana se están integrando en la red turística, por lo que las infraestructuras que demanda el ocio comienzan a afectar al medio natural de los estuarios.
El uso relacionado con el transporte de mercancías es muy antiguo, ya que las corrientes de marea ayudaban a navegar y los estuarios ofrecían refugios para guardar barcos y construir muelles. Pero el desarrollo de la navegación supuso un aumento de los barcos y puertos. La necesidad de realizar labores de dragado que permitan el paso de embarcaciones cada vez mayores ha hecho desaparecer algunas comunidades en muchos estuarios. En algunos casos, además, la profundidad de los estuarios no suele ser suficiente para las grandes embarcaciones, como las petroleras, y ante ello se han construido nuevas y gigantescas construcciones portuarias en la boca de los estuarios, dejando el interior para su notoriedad y llevando las acciones de transporte hacia el exterior. El ejemplo más cercano lo tenemos en la ría de Bilbao, que a pesar de que el puerto se encontraba en un estuario alto junto a la ciudad, tuvo que trasladarse al exterior del Abra.
El análisis de la actividad industrial revela que el efecto destructivo de la revolución industrial en los países desarrollados ha sido evidente. Las industrias de gran escala (metalurgia, refinerías, industria química, etc.) necesitaban de zonas llanas y de frenos de transporte, por lo que se destinaron principalmente a estuarios. La implantación industrial impulsó por un lado la ampliación de las estructuras portuarias mencionadas anteriormente. Por otro lado, para la ampliación de los talleres que exigían una mayor superficie, se cubrieron las llanuras mareales tan importantes en los estuarios. En la actualidad, la expansión industrial y urbana ha supuesto la pérdida del 90% de las llanuras intermareales de algunos estuarios, junto con la destrucción de hábitats intermareales y la desaparición de peces y aves alimentadas en ellos.
Además, los residuos sólidos y líquidos generados por las ciudades e industrias de la zona se suelen verter a los estuarios provocando tres tipos de contaminación: la de los alimentos inorgánicos, la de la materia orgánica y las sustancias tóxicas. El aumento de los alimentos inorgánicos como los fosfatos de jabón y la materia orgánica como los residuos de comida y de heces, hacen que se inicie un proceso llamado eutrofización, impulsando el crecimiento de la producción de las comunidades.
Sin embargo, cuando la carga de los alimentos es demasiado alta, el resultado es altamente perjudicial, debido principalmente al aumento de la actividad de las bacterias descomponedoras, lo que supone una disminución del oxígeno en el agua, haciendo el medio inhabitable para la mayoría de los animales. La contaminación industrial consiste principalmente en el vertido de sustancias químicas tóxicas para los seres vivos (fenoles, organohalogenados, metales pesados, etc.). Muchas de estas sustancias pueden ser letales incluso en concentraciones muy bajas.
El uso de pescadería, marisqueo y ocio, además de este uso, puede provocar cambios en la estructura y funcionamiento de los estuarios. Para hacer frente a la reducción de las poblaciones naturales de peces (sobre todo peces planos) y mariscos (camarones, cangrejos, almejas, ostras, mejillones...), debido al aumento de las capturas convencionales, se ha desarrollado una acuacultura en algunos estuarios. Entre los cultivos más importantes se encuentran los mejillones, sobre todo en las rías gallegas, y las ostras.
En cuanto al ocio humano, la oferta en estuarios es muy amplia. Las zonas inundadas son idóneas para la navegación deportiva, la natación, el “wind-surf”, etc., actividades que a menudo han estado acompañadas por la construcción de puertos deportivos. La pesca deportiva y la observación de aves son otras actividades de ocio habituales en los estuarios.
En general, el uso de un estuario suele ser muy variado, pero aunque muchos de ellos son compatibles, algunos de ellos son incompatibles, provocando disturbios entre intereses. Por ejemplo, las exigencias de las acuaculturas o conservacionistas difícilmente podrían unirse a las intenciones de la industria, poniendo de manifiesto la necesidad de la gestión de este entorno.
Viendo que los estuarios son ecosistemas de alto valor pero muy frágiles y en la mayoría de los casos muy castigados, algunos gobiernos y sociedades científicas y conservadoras han asumido en los últimos años la protección y/o recuperación de los estuarios. Prueba de esta responsabilidad ha sido, entre otros, el Convenio de Ramsar firmado en 1971 para la protección de humedales de importancia internacional. Otros pasos destacados en la conservación de estuarios son el Tratado de Berna para la protección de la vida silvestre y los hábitats naturales europeos, el Tratado de Bonn para la conservación de especies migratorias y la declaración de Reservas de la Biosfera. En este último caso, el estuario de Mundaka es el eje principal de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai más próxima. La normativa comunitaria en materia de protección de plantas y animales también servirá para la conservación de las comunidades estuarinas.
Si el ser humano quiere vivir en armonía con la naturaleza, la gestión de los estuarios deberá orientarse también hacia este objetivo. Sin embargo, los planes de gestión de estuarios deben aprobar tres requisitos importantes. La primera, que la mayor parte de las grandes ciudades del mundo se han desarrollado a los lados de los estuarios, la segunda, que en la mayoría de los grandes estuarios del mundo la contaminación es alta y la tercera, que los estuarios se encuentran entre los ecosistemas más productivos del mundo.
En general, para la gestión de los estuarios se han de tener en cuenta, al menos, los usos futuros: eliminación de residuos generados en las ciudades y polígonos industriales, pesca comercial y artesanal, navegación, turismo y ocio, abastecimiento de agua para uso agrícola e industrial y conservación de la naturaleza. En cuanto a la calidad del medio, lo que puede garantizar la salud del estuario es la persistencia de los usos humanos, la duración de la biota necesaria para la pesca y la industria marisquera, la capacidad de actividad de los peces y aves migratorias y no superar el nivel de contaminación química y/o microbiológica que pueda ser perjudicial para el hombre o para otros seres.
Los primeros pasos prácticos para conseguirlo en estuarios muy degradados son la reducción de los vertidos contaminantes y la paralización de la ocupación de las llanuras intermareales. Sin embargo, hemos dado el paso más importante: nos hemos dado cuenta de que los estuarios y sus seres son elementos clave del patrimonio natural. A partir de ahora, se está realizando una gran labor, y a largo plazo, para corregir los daños que se han producido en los estuarios en tan poco tiempo, y para establecer y ejecutar las medidas necesarias para minimizar la afección a los estuarios en el futuro. Pero es un trabajo esperanzador.