Com en la resta d'ecosistemes, antigament va actuar com a depredador humà en estuaris i prova d'això és l'acumulació de conquilles de musclo que s'han trobat en jaciments prehistòrics pròxims als estuaris. Però amb el desenvolupament humà, l'ús d'estuaris ha anat creixent i diversificant-se al llarg dels segles, especialment en els territoris desenvolupats. Avui dia, com es veu clarament, aquesta influència ha estat especialment negativa per als estuaris, ja que ha provocat la destrucció de l'hàbitat i la desaparició d'espècies.
Els estuaris, al llarg dels segles, han atret a grans grups humans i, tenint en compte els recursos que ofereixen aquestes zones, no és d'estranyar; al principi, es va observar que són llocs fèrtils per a l'obtenció de menjar, després han estat zones de navegació i comerç i en els últims segles han estat zones idònies per a la implantació de la indústria. Així, en l'actualitat, la majoria de les grans ciutats dels països desenvolupats es troben en zones estuarinas com Londres, Nova York, Tòquio, Xangai, Buenos Aires o Los Angeles. D'altra banda, els estuaris que han quedat fora de la massificació humana s'estan integrant en la xarxa turística, per la qual cosa les infraestructures que demanda l'oci comencen a afectar el medi natural dels estuaris.
L'ús relacionat amb el transport de mercaderies és molt antic, ja que els corrents de marea ajudaven a navegar i els estuaris oferien refugis per a guardar vaixells i construir molls. Però el desenvolupament de la navegació va suposar un augment dels vaixells i ports. La necessitat de realitzar labors de dragatge que permetin el pas d'embarcacions cada vegada majors ha fet desaparèixer algunes comunitats en molts estuaris. En alguns casos, a més, la profunditat dels estuaris no sol ser suficient per a les grans embarcacions, com les petrolieres, i davant això s'han construït noves i gegantesques construccions portuàries en la boca dels estuaris, deixant l'interior per a la seva notorietat i portant les accions de transport cap a l'exterior. L'exemple més pròxim el tenim en la ria de Bilbao, que a pesar que el port es trobava en un estuari alt al costat de la ciutat, va haver de traslladar-se a l'exterior de l'Abra.
L'anàlisi de l'activitat industrial revela que l'efecte destructiu de la revolució industrial als països desenvolupats ha estat evident. Les indústries de gran escala (metal·lúrgia, refineries, indústria química, etc.) necessitaven de zones planes i de frens de transport, per la qual cosa es van destinar principalment a estuaris. La implantació industrial va impulsar d'una banda l'ampliació de les estructures portuàries esmentades anteriorment. D'altra banda, per a l'ampliació dels tallers que exigien una major superfície, es van cobrir les planes mareals tan importants en els estuaris. En l'actualitat, l'expansió industrial i urbana ha suposat la pèrdua del 90% de les planes intermareals d'alguns estuaris, juntament amb la destrucció d'hàbitats intermareals i la desaparició de peixos i ocells alimentats en ells.
A més, els residus sòlids i líquids generats per les ciutats i indústries de la zona se solen abocar als estuaris provocant tres tipus de contaminació: la dels aliments inorgànics, la de la matèria orgànica i les substàncies tòxiques. L'augment dels aliments inorgànics com els fosfats de sabó i la matèria orgànica com els residus de menjar i de femta, fan que s'iniciï un procés anomenat eutrofització, impulsant el creixement de la producció de les comunitats.
No obstant això, quan la càrrega dels aliments és massa alta, el resultat és altament perjudicial, degut principalment a l'augment de l'activitat dels bacteris descomponedors, la qual cosa suposa una disminució de l'oxigen en l'aigua, fent el mitjà inhabitable per a la majoria dels animals. La contaminació industrial consisteix principalment en l'abocament de substàncies químiques tòxiques per als éssers vius (fenols, organohalogenats, metalls pesants, etc.). Moltes d'aquestes substàncies poden ser letals fins i tot en concentracions molt baixes.
L'ús de peixateria, marisqueig i oci, a més d'aquest ús, pot provocar canvis en l'estructura i funcionament dels estuaris. Per a fer front a la reducció de les poblacions naturals de peixos (sobretot peixos plans) i mariscos (gambetes, crancs, cloïsses, ostres, musclos...), a causa de l'augment de les captures convencionals, s'ha desenvolupat una acuacultura en alguns estuaris. Entre els cultius més importants es troben els musclos, sobretot en les ries gallegues, i les ostres.
Quant a l'oci humà, l'oferta en estuaris és molt àmplia. Les zones inundades són idònies per a la navegació esportiva, la natació, el “wind-surf”, etc., activitats que sovint han estat acompanyades per la construcció de ports esportius. La pesca esportiva i l'observació d'ocells són altres activitats d'oci habituals en els estuaris.
En general, l'ús d'un estuari sol ser molt variat, però encara que molts d'ells són compatibles, alguns d'ells són incompatibles, provocant disturbis entre interessos. Per exemple, les exigències de les acuaculturas o conservacionistes difícilment podrien unir-se a les intencions de la indústria, posant de manifest la necessitat de la gestió d'aquest entorn.
Veient que els estuaris són ecosistemes d'alt valor però molt fràgils i en la majoria dels casos molt castigats, alguns governs i societats científiques i conservadores han assumit en els últims anys la protecció i/o recuperació dels estuaris. Prova d'aquesta responsabilitat ha estat, entre altres, el Conveni de Ramsar signat en 1971 per a la protecció d'aiguamolls d'importància internacional. Altres passos destacats en la conservació d'estuaris són el Tractat de Berna per a la protecció de la vida silvestre i els hàbitats naturals europeus, el Tractat de Bonn per a la conservació d'espècies migratòries i la declaració de Reserves de la Biosfera. En aquest últim cas, l'estuari de Mundaka és l'eix principal de la Reserva de la Biosfera d'Urdaibai més pròxima. La normativa comunitària en matèria de protecció de plantes i animals també servirà per a la conservació de les comunitats estuarinas.
Si l'ésser humà vol viure en harmonia amb la naturalesa, la gestió dels estuaris haurà d'orientar-se també cap a aquest objectiu. No obstant això, els plans de gestió d'estuaris han d'aprovar tres requisits importants. La primera, que la major part de les grans ciutats del món s'han desenvolupat als costats dels estuaris, la segona, que en la majoria dels grans estuaris del món la contaminació és alta i la tercera, que els estuaris es troben entre els ecosistemes més productius del món.
En general, per a la gestió dels estuaris s'han de tenir en compte, almenys, els usos futurs: eliminació de residus generats a les ciutats i polígons industrials, pesca comercial i artesanal, navegació, turisme i oci, proveïment d'aigua per a ús agrícola i industrial i conservació de la naturalesa. Quant a la qualitat del mitjà, la qual cosa pot garantir la salut de l'estuari és la persistència dels usos humans, la durada de la biota necessària per a la pesca i la indústria marisquera, la capacitat d'activitat dels peixos i ocells migradors i no superar el nivell de contaminació química i/o microbiològica que pugui ser perjudicial per a l'home o per a altres éssers.
Els primers passos pràctics per a aconseguir-ho en estuaris molt degradats són la reducció dels abocaments contaminants i la paralització de l'ocupació de les planes intermareals. No obstant això, hem fet el pas més important: ens hem adonat que els estuaris i els seus éssers són elements clau del patrimoni natural. A partir d'ara, s'està realitzant una gran labor, i a llarg termini, per a corregir els danys que s'han produït en els estuaris en tan poc temps, i per a establir i executar les mesures necessàries per a minimitzar l'afecció als estuaris en el futur. Però és un treball esperançador.