Na evolución animal desenvolvéronse dous tipos principais de inmunidade, propia e adquirida. O propio actúa sobre calquera patógeno de forma rápida e xeralmente sen especificidad. O captado, pola súa banda, desenvolve una agresión específica contra cada infección, o anticorpo, que os almacena paira a introdución posterior do mesmo patógeno no corpo.
Todos os animais teñen un sistema inmunitario propio, mentres que o adquirido é exclusivo dos vertebrados. O beneficio do sistema inmunitario adoptado sobre os vertebrados non está moi claro paira os investigadores. Moitos creen que os vertebrados son máis resistentes aos microbios patógenos porque teñen un sistema inmunitario adicional. Margaret McFall-Ngai, una investigadora da Universidade de Wisconsin, lanzou una proposta que se opón a esta idea. Escribiu un artigo dicindo que os vertebrados non son máis resistentes ás infeccións, xa que non son máis sans que os invertebrados e non sofren menos infeccións que os invertebrados. Na súa opinión, o sistema inmunitario adoptado cumpre una función máis importante de coñecer e protexer os microbios beneficiosos paira os vertebrados que de atacar aos microbios nocivos.
Dicir si un microbio é patógeno ou beneficioso paira un determinado ser vivo non é fácil, non é posible establecer un límite claro entre ambos. Algúns si son beneficiosos e outros patógenos. Hai nin beneficios nin inocuos, e outros son beneficiosos mentres permanecen nunha cantidade limitada, pero si crecen en exceso poden chegar a ser prexudiciais.
Todos os animais teñen microbios no seu corpo. Algúns destes microbios conviven co animal e outros permanecen sós durante un tempo. Á comunidade microbiana que vive co animal chámaselle microbiota.
Os microbios que forman a comunidade non son prexudiciais paira o animal, polo menos en cantidades normais. É máis, en condicións normais, a relación entre o animal e o microbiota é mutualista, é dicir, ao reunirse todos os participantes benefícianse: os microbios conseguen unha contorna idónea paira vivir do hóspede, e os hostaleiros poden obter dos microbios, sobre todo, certos alimentos e protexerse en parte das infeccións producidas polos microbios.
Aínda que todos os animais teñen microbiota, existe una gran diferenza entre os vertebrados e as comunidades microbianas de invertebrados. Os vertebrados presentan una microbiota moi complexa. Existen miles de especies de bacterias distribuídas na pel, a boca e o intestino, con poboacións superiores ao billón. O microbiota individual adoita ser bastante estable, cada individuo mantén a súa composición microbiana aproximadamente constante.
McFall-Ngai cre que esta estabilidade está garantida por un sistema inmunitario adoptado. Segundo explicou, nas comunidades microbianas as especies viven nun enfrontamento, tratando de imporse entre elas. Os vertebrados teñen una comunidade tan complexa na que os microbios resístense ao crecemento excesivo e manteñen un certo equilibrio entre todos. Así mesmo, as especies non microbianas, como os microbios patógenos, dificultan o seu crecemento. Pero se algo rompe ese equilibrio, o sistema inmunitario ponse en marcha paira devolver á comunidade ao equilibrio.
O caso dos invertebrados é moi diferente. Poden conter decenas de especies microbianas no intestino, pero menos de oito forman parte do microbio do organismo. Por tanto, nos invertebrados predominan os microbios estraños, que a miúdo teñen una invasión de novos microbios. Paira manter os microbios estraños nun número limitado, os invertebrados válense dun sistema inmunológico propio (a medida que investigan este sistema inmunitario, vanse descubrindo que é máis complexo do esperado e que ás veces desenvolve un ataque específico contra os patógenos).
Paira evitar que o sistema inmunitario intrínseco dane ao microbio, os invertebrados protexen ao microbiota. Os investigadores non os coñecen moi ben, pero identificaron tres posibles estratexias de protección.
Nalgunhas especies de invertebrados observouse que os animais almacenan dentro das células 1-3 especies de microbios beneficiosas paira eles, a excepción do ataque do sistema inmunitario propio. Outras veces han visto que o hostaleiro illa fisicamente o microbiota mediante unha tapa realizada con algún composto como a quitina. Na terceira estratexia identificada detectouse que en ocasións o sistema inmunitario propio é capaz de recoñecer algúns compoñentes da microbiota dos invertebrados.
Estas estratexias de protección microbiana non aparecen nos vertebrados. McFall-Ngai cre que isto significa que os vertebrados teñen outra estratexia de protección microbiana, o sistema inmunitario adoptado. Ademais, considera que os últimos avances tecnolóxicos permitirán comprobar se esta idea é correcta ou non.