En l'evolució animal s'han desenvolupat dos tipus principals d'immunitat, pròpia i adquirida. El propi actua sobre qualsevol patogen de manera ràpida i generalment sense especificitat. El captat, per part seva, desenvolupa una agressió específica contra cada infecció, l'anticòs, que els emmagatzema per a la introducció posterior del mateix patogen en el cos.
Tots els animals tenen un sistema immunitari propi, mentre que l'adquirit és exclusiu dels vertebrats. El benefici del sistema immunitari adoptat sobre els vertebrats no és molt clar per als investigadors. Molts creuen que els vertebrats són més resistents als microbis patògens perquè tenen un sistema immunitari addicional. Margaret McFall-Ngai, una investigadora de la Universitat de Wisconsin, ha llançat una proposta que s'oposa a aquesta idea. Ha escrit un article dient que els vertebrats no són més resistents a les infeccions, ja que no són més sans que els invertebrats i no sofreixen menys infeccions que els invertebrats. En la seva opinió, el sistema immunitari adoptat compleix una funció més important de conèixer i protegir els microbis beneficiosos per als vertebrats que d'atacar als microbis nocius.
Dir si un microbi és patogen o beneficiós per a un determinat ésser viu no és fàcil, no és possible establir un límit clar entre tots dos. Alguns sí que són beneficiosos i altres patògens. Hi ha ni beneficis ni innocus, i uns altres són beneficiosos mentre romanen en una quantitat limitada, però si creixen en excés poden arribar a ser perjudicials.
Tots els animals tenen microbis en el seu cos. Alguns d'aquests microbis conviuen amb l'animal i uns altres romanen solos durant un temps. A la comunitat microbiana que viu amb l'animal se'n diu microbiota.
Els microbis que formen la comunitat no són perjudicials per a l'animal, almenys en quantitats normals. És més, en condicions normals, la relació entre l'animal i el microbiota és mutualista, és a dir, en reunir-se tots els participants es beneficien: els microbis aconsegueixen un entorn idoni per a viure de l'hoste, i els hostalers poden obtenir dels microbis, sobretot, certs aliments i protegir-se en part de les infeccions produïdes pels microbis.
Encara que tots els animals tenen microbiota, existeix una gran diferència entre els vertebrats i les comunitats microbianes d'invertebrats. Els vertebrats presenten una microbiota molt complexa. Existeixen milers d'espècies de bacteris distribuïts en la pell, la boca i l'intestí, amb poblacions superiors al bilió. El microbiota individual sol ser bastant estable, cada individu manté la seva composició microbiana aproximadament constant.
McFall-Ngai creu que aquesta estabilitat està garantida per un sistema immunitari adoptat. Segons ha explicat, en les comunitats microbianes les espècies viuen en un enfrontament, tractant d'imposar-se entre elles. Els vertebrats tenen una comunitat tan complexa en la qual els microbis es resisteixen al creixement excessiu i mantenen un cert equilibri entre tots. Així mateix, les espècies no microbianes, com els microbis patògens, dificulten el seu creixement. Però si alguna cosa trenca aquest equilibri, el sistema immunitari es posa en marxa per a retornar a la comunitat a l'equilibri.
El cas dels invertebrats és molt diferent. Poden contenir desenes d'espècies microbianes en l'intestí, però menys de vuit formen part del microbi de l'organisme. Per tant, en els invertebrats predominen els microbis estranys, que sovint tenen una invasió de nous microbis. Per a mantenir els microbis estranys en un número limitat, els invertebrats es valen d'un sistema immunològic propi (a mesura que investiguen aquest sistema immunitari, es van descobrint que és més complex de l'esperat i que a vegades desenvolupa un atac específic contra els patògens).
Per a evitar que el sistema immunitari intrínsec danyi al microbi, els invertebrats protegeixen al microbiota. Els investigadors no els coneixen molt bé, però han identificat tres possibles estratègies de protecció.
En algunes espècies d'invertebrats s'ha observat que els animals emmagatzemen dins de les cèl·lules 1-3 espècies de microbis beneficioses per a ells, a excepció de l'atac del sistema immunitari propi. Altres vegades han vist que l'hostaler aïlla físicament el microbiota mitjançant una tapa realitzada amb algun compost com la quitina. En la tercera estratègia identificada s'ha detectat que a vegades el sistema immunitari propi és capaç de reconèixer alguns components de la microbiota dels invertebrats.
Aquestes estratègies de protecció microbiana no apareixen en els vertebrats. McFall-Ngai creu que això significa que els vertebrats tenen una altra estratègia de protecció microbiana, el sistema immunitari adoptat. A més, considera que els últims avanços tecnològics permetran comprovar si aquesta idea és correcta o no.