Los restos encontrados en las cuevas presentan grandes dificultades de secuenciación debido principalmente a su contaminación por ADN de otros seres vivos. Pues ahora han conseguido secuenciar algunos fragmentos de ADN de la esquelética de dos osos osos osos de la cueva de hace 40 mil años. Para ello, se ha descartado el primer paso que se realiza normalmente, la realización de copias de ADN con polimerasa, y se ha procedido a la secuenciación directa.
Se han comparado las partes secuenciadas con el genoma del perro para separar las del oso del resto. Así, los investigadores de California han investigado que el 6% de las secuencias eran de osos de cueva.
En este sentido, se espera que en el futuro se secuencien otros vestigios que se han encontrado en las cuevas, como los de la neardenthal, aunque existen otros obstáculos para ello.