Les restes oposades en les coves presenten grans dificultats de seqüenciació degut principalment a la seva contaminació per ADN d'altres éssers vius. Perquè ara han aconseguit seqüenciar alguns fragments d'ADN de l'esquelètica de dos óssos óssos óssos de la cova de fa 40 mil anys. Per a això, s'ha descartat el primer pas que es realitza normalment, la realització de còpies d'ADN amb polimerasa, i s'ha procedit a la seqüenciació directa.
S'han comparat les parts seqüenciades amb el genoma del gos per a separar les de l'ós de la resta. Així, els investigadors de Califòrnia han investigat que el 6% de les seqüències eren d'óssos de cova.
En aquest sentit, s'espera que en el futur se seqüenciïn altres vestigis que s'han trobat en les coves, com els de la neardenthal, encara que existeixen altres obstacles per a això.