Dans la revue Nature, les résultats de deux enquêtes ont été publiés, mais tous ne sont pas acceptés par des experts.
Les paléontologues ne sont pas d'accord avec l'origine du Homo floresiensis. Il est difficile de savoir s'il s'agit d'une espèce d'hominide ou d'un cas déformé d'une autre espèce. Le débat est apparu il y a longtemps; les dernières données proviennent de deux articles publiés par la revue Nature.
Dans l'un d'eux, des chercheurs du Musée d'histoire naturelle de Londres analysent le cerveau de l'homme de Flores. C'est un très petit cerveau, environ un tiers de l'homme conventionnel. C'est pourquoi les chercheurs de Londres ont comparé un autre cas similaire, celui des hippopotames nains de Madagascar. Des crânes fossiles de cinquante hippopotames, on a étudié l'évolution de la taille du cerveau. Le cerveau de l'hippopotame nain a perdu un grand volume au cours des 1.500 dernières années. Selon les experts, cette diminution pourrait également se produire dans d'autres espèces isolées d'une île, comme l'homme de Flores.
Les auteurs d'un autre article, l'Université Stony Brook de New York, ont étudié les pieds de l'homme de Flores. Ce sont des pieds très grands, aptes à marcher mais pas à courir. Et les doigts ont aussi un aspect spécial: le pouce est parallèle à d'autres doigts, mais dans la mesure beaucoup moins. Les chercheurs affirment qu'il n'y a pas d'autre hominide avec les pieds de cette proportion.
Les résultats de ces articles ont été remis en question par paléontologues, en particulier l'explication de la diminution du cerveau. Le biologiste du musée Field de Chicago, Robert Martín, affirme que l'hippopotame nanoarena est une recherche d'une seule espèce qui ne suffit pas à expliquer l'homme. Beaucoup d'autres experts affirment qu'il n'est pas logique que le propriétaire d'un petit cerveau puisse faire des outils.
Les réponses peuvent être dans l'étude de l'ADN, mais n'ont pas réussi à extraire l'ADN des os qu'ils ont acquis à ce jour. Le débat reste vivant.