Depuis 1982, le scientifique Stanley Prusiner, de l'université californienne de San Francisco, a travaillé de plus en plus sa théorie. Selon cette théorie, les agents infectieux des encéphalopathies transmissibles type éponge (ESB de vaches folles, maladie de Creutzfeldt-Jakob, etc.) ne sont pas des virus ou contiennent de l'acide nucléique. Apparemment, la forme anormale de la protéine cellulaire (PrPsc ou PrPres) est constituée par la forme anormale.
Pour Corine Lasmézas et Jean-Philippe Deslys, la théorie n'est pas correcte. En plus de ce qu'on appelle PrPres, il doit y avoir un autre agent infectieux qui peut être un acide nucléique. En fait, les souris ont été injectées des morceaux cérébraux de vaches avec de l'ESB et tous ont été malades après un an ou deux. 58% d'entre eux, cependant, n'avaient pas d'accumulation de PrPress à la fin de la maladie.
L'agent ESB est fort car il a dépassé la « limite de l'espèce » et il faut le différencier du PrPrPres, car il indiquerait que l'agent s'adapte à l'espèce feuillue. En fait, le morceau cérébral de la souris infecté, “négatif” (sans PrPress), transmet la maladie.
38% sont des souris infectées qui meurent sans accumuler PrPres. Dans la troisième phase, cependant, toutes les souris infectées par le cerveau « négatif » accumulent des formes anormales de PrPres et ont la même période d'incubation (167 jours).