Según algunos investigadores australianos, el secreto del color de los ojos está en la regulación de los genes. No hay género que defina el color, sino uno que se encarga de crear el pigmento. Este gen cambia el color del ojo con mayor o menor expresión, por lo que el color de los ojos viene determinado por el punto de control del gen. Es decir, el color de los ojos viene determinado por una pequeña secuencia de bases del ADN molecular que no se encuentra dentro del gen.
Esta pequeña secuencia varía de una persona a otra. La gente que activa mucho el gen produce mucho pigmento y tiene ojos marrones, mientras que quien lo activa poco produce poco pigmento y tiene ojos azules. Los ojos verdes son especiales: otro pequeño cambio en el genoma hace que el pigmento sea de tonalidad verde y no de color azul.
El gen del pigmento, denominado OCA2, también actúa sobre la piel y el cabello. De hecho, quienes tienen el gen completamente silenciado son personas albinas.