Selon Miren Basaras, professeur de microbiologie de l'UPV, le premier facteur qui influence le microbiome est la façon de naître: "Les enfants nés par accouchement naturel et ceux nés par césarienne n'ont pas le même microbiome".
En fait, des études comme celle publiée en 2013 par le magazine International Journal of Obesity ont révélé que ceux qui sont nés avec césarienne ont plus de risque de développer l’obésité et certaines maladies: "The impact of cesarean section on offspring overweight and obesity: a systematic review and meta-analysis". Les auteurs ont analysé les données de la Chine, du Danemark, des États-Unis, des Pays-Bas et du Brésil, et ont conclu que les personnes nées avec césarienne avaient un risque d'obésité ou d'obésité supérieur à 33% au reste.
Basaras a affirmé que l'allaitement a également une grande influence: "On a observé que les enfants nourris avec du lait maternel allaitant contiennent plus de Lactobacillus et Bifidobacterium que d'autres, ainsi que d'autres bactéries à effet anti-inflammatoire comme Faecalibacterum".
En passant du lait à d'autres aliments, Basaras a souligné l'influence de la fibre: "En plus de la quantité de fibres, la qualité influence également le microbiome. Par exemple, les aliments contenant du lignien (graines de citrouille, brocoli...) sont bénéfiques car ils aident à développer des bactéries anaérobies. Ces bactéries ont été liées à la protection contre les cancers du côlon et du sein, qui réduisent le risque de les subir ». Basaras a noté que les fruits et la fibre des grandes graines protègent également du cancer, mais que son effet n'est pas "si évident".
Par leur influence sur le microbiome, les ingrédients actifs contenant les aliments sont appelés prébiotiques. Les aliments contenant des bactéries sont à l'origine appelés probiotiques. Parmi eux, le plus connu est le yaourt. Cependant, Basaras a averti de la convenance d'étudier avec rigueur ce que la publicité dit, car tous les produits qui revendiquent leur effet bénéfique ont ou non pour la raison qu'ils suggèrent.
Un exemple de ceci est l'Actimel de Danone, qui affirme qu'il renforce le système immunitaire et semble être dû aux bactéries qu'il a. C'est ce qu'il revendiquait dans la publicité initiale. Cependant, un petit astérisque qui apparaît sur l'étiquette précise que cet effet est dû à la vitamine B6.
La vitamine B6, cependant, n'est pas la spécificité d'Actimel, puisque le reste des yaourts et beaucoup d'autres aliments contiennent autant ou plus de vitamine B6 que l'Actimela. C'est pourquoi, croyant faire de la publicité confuse, l'Union européenne a obligé Danone à changer l'étiquette d'Actimel. Ainsi, il n'indique plus que le système immunitaire est renforcé par les bactéries, mais a remplacé l'explication associée à l'astérisque.
Parmi les substances ayant des effets nocifs sur le microbiome, on peut citer les antibiotiques. Les antibiotiques sont conçus pour combattre les bactéries nocives pour la santé, mais certains d'entre eux affectent également les bactéries qui nous profitent.
Par exemple, dans une étude réalisée en 2012 par le Conseil Supérieur de la Recherche Scientifique d'Espagne (CSIC), on a analysé comment les antibiotiques betalactiques (comme la pénicilline) affectaient la composition et le fonctionnement du microbiome et on a démontré que la diversité des micro-organismes diminuait drastiquement en onze jours. En outre, des altérations importantes ont été détectées dans la production de protéines et d'autres fonctions.
Selon les auteurs de cette étude, l'influence des antibiotiques sur l'écosystème des micro-organismes intestinaux et sur le métabolisme individuel est supérieure à ce que l'on pensait précédemment, mais, à leur tour, ils suggèrent que ces effets peuvent être réversibles. Cependant, il semble parfois que les dommages peuvent durer longtemps, et c'est que, selon Basaras, "de nombreuses études ont découvert que l'ingestion d'antibiotiques à un âge précoce est liée au risque de maladies auto-immunes".
En ce sens, Basaras a souligné l'importance du type de bactéries vivant dans l'intestin: « Les bactéries qui vivent dans notre intestin sont anaérobies, mais si par les antibiotiques, le régime alimentaire ou d'autres causes nous les perdons, d'autres sont celles qui prennent leur place, les anaérobies facultatives. Lorsque cela se produit, nous perdons la protection anti-inflammatoire fournie par les anaérobies, ce qui facilite le développement de certaines maladies inflammatoires: certains cancers, diabète, atopie..."
Mais Basaras a également expliqué le cas contraire, à savoir son utilisation pour guérir les bactéries: "L'une des infections les plus graves qui se produisent dans les hôpitaux est la bactérie Clostridium difficile. Il produit des diarrhées violentes et élimine presque tous les micro-organismes intestinaux. Donc pour le combattre, on a testé les greffes de mircodrioma et on donne de bons résultats».
Au fur et à mesure que la relation entre le microbiome et la santé est clarifiée, Basaras espère que les portes seront ouvertes à la santé et à de nouveaux traitements.