Les preuves indiquent jusqu'à présent que le SARS-CoV 2 provient de chauves-souris à cheval, mais il n'est pas clair s'il a été transmis directement de la chauve-souris à l'homme ou à travers une auberge intermédiaire. Oui, il semble que ce n'est pas un nouveau virus qui est apparu soudainement. Bien que nous la connaissions en 2019, les chercheurs croient qu'elle existait auparavant. En fait, selon la revue Nature, deux autres couronnes étroitement liées au SARS-CoV-2 ont été retrouvées dans les échantillons de chiroptères congelés depuis longtemps. Les deux, en dehors de la Chine.
On est découvert dans un laboratoire japonais, dans une chauve-souris japonaise à cheval capturé en 2013 (Rhinolophus cornutus). Suite à ce virus, appelé Rc-o319, 81% de son génome est équivalent au virus SARS-CoV-2. Il ne semble donc pas assez de ressemblance pour fournir des informations utiles sur l'origine de la pandémie. Le second virus a été retrouvé au Cambodge, chez deux chiroptères de fer à cheval de Shamel (Rinolophus shameli) piégés en 2010. Ils ne l'ont pas encore entièrement séquencé, mais ils croient qu'il peut être le parent le plus proche du SARS-CoV-2 bien connu. Entre autres choses, il manque de séquencer le gène de protéine qui emploie le virus pour entrer dans les cellules humaines. Le résultat du séquençage donnera la mesure de la parenté, mais devrait être semblable à 99% pour être l'ancêtre direct du virus pandémique actuel.
Avec ou sans ancêtres directs, il semble que les virus étroitement liés à SARS-CoV2 soient fréquents chez les chiroptères de Rinolophus. La Chine a trouvé le virus RaTG13 dans une chauve-souris de 2013, le plus proche trouvé jusqu'à présent (96% de parité). Maintenant, la Chine reprendra l'étude des chiroptères congelés depuis longtemps, à la recherche de données supplémentaires, car on croit qu'il peut y avoir plus de parents proches du SARS-CoV2 dans les laboratoires, encore à découvrir. Des chercheurs américains étudieront les chauves-souris congelées des laboratoires du Laos, de Malaisie, du Népal, de Thaïlande et du Vietnam, à la recherche du prédécesseur direct du SARS-CoV-2.