Aínda que case todas as especies que utilizan a ecolocalización paira a caza (emisión e recollida de ondas sonoras) adoitan formar parte dun grupo, os últimos estudos apuntan a que habería que facer algún cambio.
Os morcegos clasificáronse inicialmente en función do seu aspecto e comportamento. Desde a década dos 90, con todo, os investigadores tamén están a realizar estudos xenéticos. No estudo realizado por Emma Teeling e Mark Springer da Universidade de California analizáronse 20 especies de morcegos e nove de mamíferos. Segundo os seus resultados, os microcrirópteros (que emiten ondas de ecoloquiación desde a laringe) deberían agruparse en dous grupos separados en evolución hai tempo. Ademais, os resultados tamén se opoñen á hipótese que o morcego agrupa no grupo de primates, lemures e satíricos. Pola contra, todos os morcegos estarían máis preto de tópoos e formigueiro, así como dos mamíferos.