Bien que presque toutes les espèces utilisant l'écholocation pour la chasse (émission et collecte d'ondes sonores) font généralement partie d'un groupe, les dernières études indiquent qu'il faudrait faire quelque changement.
Les chauves-souris ont été initialement classées en fonction de leur apparence et de leur comportement. Depuis les années 90, cependant, les chercheurs font également des études génétiques. Dans l'étude réalisée par Emma Teeling et Mark Springer de l'Université de Californie, 20 espèces de chauves-souris et neuf de mammifères ont été analysées. Selon leurs résultats, les microcryroptères (qui émettent des ondes d'échographie depuis le larynx) devraient être regroupés en deux groupes distincts en évolution il y a longtemps. En outre, les résultats s'opposent également à l'hypothèse que la chauve-souris regroupe dans le groupe des primates, lémuriens et satiriques. Au contraire, toutes les chauves-souris seraient plus proches des taupes et des fourmiliers, ainsi que des mammifères.