Nanotecnología, microsistemas y wireless, líneas de investigación que priorizarán en los próximos años el CEIT de Donostia. Paralelamente, y de cara al futuro, el reto de que la nueva sede del CEIT esté terminada para el año 2003. Esta sede se ubicará en el parque tecnológico de Miramón, donde se ubicarán laboratorios de investigación en tecnologías de la información, laboratorios de microelectrónica y la sede social del Centro de Investigación de Microsistemas.
Estas intenciones se han dado a conocer en la memoria del CEIT del año 2000. Los ingresos de este centro de investigación, 7,02 millones de euros, crecieron un 4,56% respecto a 1999. Por otra parte, se produjo un cambio en la dirección del centro, ya que Alejo Avello sustituyó a Manuel Fuentes.