Sur la base du travail militant, depuis le Congrès tenu en 1995, les principaux piliers de l'UEU sont les partenaires et leurs formations respectives. Formellement le caractère légal de l'Université Basque d'Eté est l'Association Culturelle UEU, et ainsi il est enregistré aussi bien dans la CAPV qu'en Navarre. En Iparralde est légalisé en tant qu'association, conformément à la législation locale. Cependant, l'Assemblée générale, composée de tous les membres de l'UEU, est le plus grand organe de décision de l'UEU. Il se réunit une fois par an et on y reprend celles réalisées au cours précédent et on approuve les actions et budgets de l'année suivante. Il fixe les directives d'action de l'UEU.
Les départements sont conçus comme un groupe de travail ou de connaissance. Ce sont eux qui organisent les cours de l'UEU, ainsi que ceux qui animent la production de livres ou d'autres activités. Le point de rencontre pour la coordination des Départements est la Conférence des Conseillers. Il est composé des Conseillers de chaque Département (ou de leurs représentants), avec le Directeur et deux représentants du Secrétariat. Sa fonction principale est de mener à bien la planification académique. Il se réunit 3/4 fois par an.
Pour la préparation des cours ou d'autres activités, il est nécessaire de réaliser différents travaux, rechercher des lieux, organiser l'infrastructure, sécuriser les ressources économiques, etc. Aussi penser à l'avenir. Le Directeur, l'Équipe exécutive et le Secrétariat s'occupent de tout cela. Le Groupe Promoteur est le principal organe accélérateur de l'UEU. Ses fonctions sont liées au quotidien de la marche de l'UEU. Son principal objectif est d'encourager les actions nécessaires pour mener à bien la planification des départements approuvés par la Conférence des conseillers et de mener à bien tout ce qui concerne la vie quotidienne de l'UEU. Il est recueilli mensuellement.
Le Groupe exécutif comprend au moins 8 personnes désignées par le Conseil général, plus le Directeur et le représentant du personnel du Secrétariat. Parmi les membres de ce groupe se trouve un représentant de chaque groupe de connaissances de l'UEU et on cherche une représentation aussi complète que possible par pays.
L'autre centre de travail de l'UEU est le secrétariat. Le Secrétariat effectue les tâches administratives et de services de l'UEU. Sa fonction principale est donc de fournir à l'UEU les activités nécessaires de gestion, de soutien et de conseil pour que les fonctions de l'UEU se produisent de la meilleure façon possible.
Quand on parle de la structure de l’UEU, on ne peut oublier un point très important: L'UEU est basée sur le travail militant de nombreuses personnes et c'est ce qui le rend possible dans une large mesure. Aux États-Unis, seules trois personnes perçoivent le salaire, c'est-à-dire celles qui travaillent au bureau. Les autres responsables ne reçoivent pas d'argent pour leur travail, sauf régimes; en outre, les auteurs de livres accordent également à l'UEU leurs droits d'auteur. Car il n'y a pas d'autre manière qu'une organisation comme la nôtre ait une vie de vingt-cinq ans.