La majoria dels estudis amb cèl·lules mare embrionàries no podran ser utilitzats en aplicacions terapèutiques. De fet, els investigadors sospiten que el sistema immune actuarà contra les cèl·lules mare. Així ho han vist en el laboratori: si amb el sèrum de la sang se subministren cèl·lules mare, els anticossos s'uneixen a les cèl·lules.
La resposta del sistema immune és una barrera greu per als investigadors amb cèl·lules mare. Sembla que el problema es deu a com creixen les cèl·lules mare. Els investigadors creixen cèl·lules humanes mare en les caixes de Petri. Aquestes caixes contenen els nutrients i cèl·lules que necessiten les cèl·lules mare per a créixer, que normalment són de ratolí. La veritat és que les cèl·lules de ratolí tenen una molècula que genera rebuig en els éssers humans i que aquesta és presa per les cèl·lules mare. Per tant, el sistema immune reacciona contra la molècula estranya que han pres les cèl·lules mare.
Anteriorment els investigadors sospitaven que el cultiu de cèl·lules mare amb nutrients d'origen animal i cèl·lules anava a causar problemes. Ara han descobert el nucli del problema i saben que les cèl·lules mare així criades no podran utilitzar-les en teràpia. Tanmateix, això no significa que hagin de ser completament rebutjats, ja que serveixen per a la recerca bàsica. D'altra banda, continuaran investigant les millors condicions per al creixement de cèl·lules mare.